Extracto
El cáncer colorrectal es una de las neoplasias más frecuentes y una causa importante de mortalidad en el mundo desarrollado. síndromes mendelianos representan aproximadamente el 5% de la carga total de CRC, siendo el síndrome de Lynch y la poliposis adenomatosa familiar las formas más comunes. tumores síndrome de Lynch se desarrollan principalmente como consecuencia de la defectuosa desajuste de reparación del ADN asociado con mutaciones en línea germinal
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. Una proporción significativa de las variantes identificadas mediante el cribado de estos genes se corresponden con sentido erróneo o no codificantes cambios sin consecuencia patógena clara, y se designan como "variantes de significado incierto", que es la variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) en el
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gen un claro ejemplo. La implicación de esta variante como una variante de riesgo de baja penetrancia de CCR fue evaluado en el presente estudio mediante la realización de un estudio de casos y controles dentro de una cohorte grande de la COGENT BM1206 consorcio-COST Action incluyendo 18.723 individuos (8.055 casos de cáncer colorrectal y 10.668 controles ) y una correlación genotipo-fenotipo de casos y solamente con varias características clínicas y patológicas restringidas a la cohorte EPICOLON. Nuestros resultados no mostraron ninguna implicación de esta variante como una variante de baja penetrancia de la susceptibilidad genética del cáncer colorrectal y no representan de ninguna características clínicas y patológicas como los antecedentes familiares de esta neoplasia o síndrome de Lynch
Visto:. Abulí A, Bujanda L, J Muñoz, Buch S, C Schafmayer, Valeria Maiorana M, et al. (2014) El
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c.1852_1853delinsGC (p.K618A) Variante en el cáncer colorrectal: estudio de asociación genética en 18.723 personas. PLoS ONE 9 (4): e95022. doi: 10.1371 /journal.pone.0095022
Editor: Nathan A. Ellis, de la Universidad de Illinois en Chicago, Estados Unidos de América
Recibido: 16 de diciembre de 2013; Aceptado: March 21, 2014; Publicado: 17 Abril 2014
Derechos de Autor © 2014 Abulí et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este trabajo fue apoyado por BM1206 Acción COST. Los grupos 1, 4, 5, 6, 7, 8, 10 y 13 son miembros activos de este consorcio. Edimburgo: Este trabajo fue apoyado por una Investigación del Cáncer del Reino Unido Programa de Subvención (C348 /A12076) y un Centro de Beca de la Caridad CORE. EPICOLON: SCB es apoyada por un contrato del Fondo de Investigación Sanitaria (CP 03-0070). JM y CEJ son compatibles con los contratos de la CIBERehd. CIBERehd y CIBERER son financiados por el Instituto de Salud Carlos III. Este trabajo fue apoyado por becas de la Fondo de Investigación Sanitaria /FEDER (11/00219, 11/00681), Instituto de Salud Carlos III (Acción Transversal de cáncer), Xunta de Galicia (07PXIB9101209PR), Ministerio de Ciencia e Innovación (SAF2010 -19.273), la Asociación Española Contra el Cáncer (Fundación Científica GCB13131592CAST y Junta de Barcelona), la Fundación Olga Torres (SCB y PCR) y el 7PM CHIBCHA Consortium (SCB y ACAR). Kiel: Este trabajo fue apoyado por el Ministerio alemán de Educación e Investigación a través de la Red German Cancer Red Nacional de Investigación del Genoma (NGFNplus) Colon (CCN). Leiden: Este trabajo fue apoyado por la Sociedad del Cáncer de Holanda con subvención KWF-UL-2.005 a 3.247. Estocolmo: El recurso de la muestra y los datos de Suecia fueron financiados por la Sociedad Sueca del Cáncer, el Consejo de Investigación Científica de Suecia y la Fundación de Cáncer de Estocolmo. Los organismos de financiación no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer colorrectal (CCR) es una de las neoplasias más frecuentes y una causa importante de mortalidad en el mundo desarrollado. Este tipo de cáncer es causada tanto por factores genéticos y ambientales, aunque 35% de la variación en la susceptibilidad CRC implica heredó diferencias genéticas. síndromes mendelianos representan aproximadamente el 5% de la carga total de CRC, siendo el síndrome de Lynch y la poliposis adenomatosa familiar las formas más comunes. tumores síndrome de Lynch se desarrollan principalmente como consecuencia de la defectuosa desajuste de reparación del ADN (MMR) asociado con mutaciones germinales en el
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y
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genes [1]. Una vez que se cumplen los criterios clínicos para este síndrome, la detección genética de estos genes se lleva a cabo cuando se detecta un defecto MMR en el tumor del paciente. Cuando se detecta una variante patógena, la gestión de esta enfermedad puede ser mejorada significativamente mediante la identificación de portadores que se beneficiarán de la detección específica, preventiva y medidas terapéuticas. Además, la identificación de los no portadores de miembros de la familia adicionales permiten liberar a estos individuos de vigilancia intensiva. Digno de mención, una proporción significativa de las variantes identificadas en el cribado genético MMR se corresponden con sentido erróneo o no codificantes cambios sin consecuencia patógena clara, y que son designados como "variantes de significado incierto" (VUS). Por lo tanto, la diferenciación de variantes genéticas patógenos y neutros sigue siendo un reto importante en la genética clínica [2]
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La variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) en el
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gen corresponde a una clara ejemplo de VUS en el síndrome de Lynch. Al consultar la base de datos de Leiden abierto Variación (LOVD v.2.0), hay 120 entradas para esta variante [3]. Disponible estudios anteriores llegaron a conclusiones contradictorias sobre su patogenicidad de informes perjudiciales
In silico
predicciones [4], la ausencia de empalme de ARNm o alteración [5], la presencia en los pacientes con un tumor MMR defectuoso [6], co-ocurrencia con MMR mutaciones patógenas claramente [7], la segregación de manifiesto con la enfermedad [8], y una mayoría de no alterado
in vitro
estudios funcionales [9], [10]. Todos los datos anteriores permitidas para categorizar en LOVD como clase 1 variante (no patógeno /baja significación clínica) [11]. Por lo tanto, debe ser considerada como una variante neutra en términos de su implicación con el síndrome de Lynch.
Recientemente, los estudios de asociación de genoma completo (GWAS) identificaron con éxito hasta el momento, 30 de baja penetrancia susceptibilidad variantes comunes en riesgo 25 loci de CRC [12] - [19]. Algunas variantes genéticas en los genes hereditarios CRC etiquetados como VUS podrían constituir alelos de riesgo de baja penetrancia del CCR. De hecho, esta hipótesis ha sido probado previamente para algunas variantes en esos genes [20]. De acuerdo con esta lógica, el principal objetivo del presente estudio fue evaluar la implicación de la c.1852_1853delinsGC (p.K618A) variante en el
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gen como una variante de riesgo de baja penetrancia de CCR mediante la realización de un estudio de casos y controles dentro de una cohorte grande de la COGENT consorcio-COST Action BM1206, un esfuerzo internacional para facilitar el estudio de la predisposición genética heredada de CRC [21], [22].
Materiales y Métodos
estudio de la población
El estudio de asociación genética de corriente totalizado 8.055 casos de CCR y 10.668 controles de 7 cohortes diferentes (Edimburgo, EPICOLON, Groningen, Kiel, Leiden, Milano, Estocolmo) y los detalles de contratación se resumen a continuación. El estudio fue aprobado por el comité de ética institucional de cada hospital participante y el consentimiento informado por escrito se obtuvo de todos los pacientes.
cohorte de Edimburgo (1.553 casos de CCR y 932 controles).
Un basados en la población serie de pacientes de toda Escocia, que fueron diagnosticados con cáncer colorrectal cuando tenían menos de 55 años de edad, fueron reclutados para el estudio entre febrero de 1999 y junio de 2004. Durante el mismo período, los controles no afectados se determinaron a partir de un registro basado en la población (índice de salud de la comunidad) y fueron invitados a participar.
EPICOLON (2,001 casos de CCR y 1.647 controles).
los casos y controles fueron reclutados a través del Consorcio EPICOLON que se basa en un estudio prospectivo, multicéntrico y la epidemiología encuesta basada en la población de la incidencia y características de CCR en la población española [23]. En pocas palabras, los casos fueron seleccionados como los pacientes con
de novo
histológicamente confirmado el diagnóstico de adenocarcinoma colorrectal. Los criterios de exclusión fueron las formas hereditarias de CRC, como el síndrome de Lynch y la poliposis adenomatosa familiar (PAF) y una historia personal de enfermedad inflamatoria intestinal. Los controles fueron desde el banco de ADN Nacional española y se confirmó que no tiene cáncer o antecedentes de neoplasia y sin antecedentes familiares de CCR. Todos los casos y los controles eran de etnia caucásica.
Groningen (559 casos de CCR y 501 controles).
CRC casos no seleccionados y controles de pacientes del hospital de los Países Bajos incluidas en el alcance del proyecto.
Kiel (1.768 casos de CCR y 2.030 controles).
Los casos y controles de proyectos basados en la población biobancos incluyendo POPGEN (genética poblacional de cohortes) de Schleswig-Holstein, al norte de Alemania, y de la nave (Encuesta de Salud de Pomerania) desde el este y el noreste de Alemania.
Leiden (505 casos de CCR y 836 controles).
Los casos y controles fueron reclutados como se describe anteriormente [24]. En pocas palabras, la mayoría de los casos fueron reclutados a través del departamento de genética clínica. Todos los casos fueron diagnosticados con CRC y tuvo inicio temprano y /o antecedentes familiares de CCR. Conocidos síndromes de poliposis dominantes, fueron excluidos síndrome de HNPCC /Lynch o portadores de la mutación MUTYH bi-alélica. Un único individuo afectado de cada familia se incluyó en este estudio. Los controles fueron los donantes de sangre sanos de la región suroeste de los Países Bajos. Todos los casos y los controles eran de etnia caucásica.
Milano (619 casos de CCR y 2.526 controles).
En pocas palabras, los casos fueron personas afectadas consecutivos con CRC que se sometió a una cirugía en la Fondazione IRCCS Istituto Nazionale Tumores de Milán (INT). Los controles fueron reclutados donantes de sangre a través del Servicio de Inmunohematología y Medicina de Transfusión de la INT Associazione Volontari Italiani Sangue Comunale en Milán. Todos los casos y los controles eran de etnia caucásica.
Estocolmo (1.729 casos de CCR y 1.487 controles).
Los casos no seleccionados comprobados a través de 12 hospitales que atienden a la Estocolmo-Gotland y regiones de salud Uppsala-Örebro en los controles de Suecia y de los donantes de sangre.
Genotipado
ADN se obtuvo a partir de sangre periférica mediante procedimientos de extracción estándar. discriminación alélica para determinar el genotipo de la variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) en el
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de genes se realizó mediante el uso de un ensayo de encargo con el sistema TaqMan discriminación alélica (Life Technologies, Foster City, EE.UU.). Como control de calidad, se usó el ADN de un portador conocido de esta variante como control positivo, así como duplicados y controles negativos para la amplificación. Los datos podrían estar disponibles a petición. Un ejemplo de discriminación alélica para esta variante se muestra en la Figura 1.
Los puntos rojos corresponden a los no portadores (AA /genotipo AA) y los puntos verdes de portadores heterocigóticos (AA /GC).
el análisis estadístico
Para probar la asociación entre la variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) en el
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de genes y el riesgo de CCR, las odds ratio (OR) y el 95% CI se calcularon para cada genotipo utilizando v1.07 PLINK [25], por separado en cada cohorte y global. Ninguna desviación de la frecuencia del genotipo en los controles de los previstos en virtud de Hardy-Weinberg (HWE) fue detectado por χ
2 de prueba (1 df) (p-valor = 0,6294) [26].
para explorar si las características personales y /o familiares se asociaron con la presencia de la variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) en el
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gen, el análisis univariante se realizó limita a los casos de CCR de la cohorte EPICOLON debido a la disponibilidad de datos en esta cohorte. Las variables clínicas seleccionadas para ser evaluadas fueron: sexo, edad (dicotomizada por los 50 años), la ubicación de la CRC, neoplasia previa, anterior /síncrono adenoma, CRC historia familiy (ninguna relación con el CRC), la historia de Lynch familia síndrome de (cualquier pariente afectado), la inestabilidad de microsatélites (MSI) y el estadio tumoral TNM. Las variables categóricas se compararon mediante la χ
2 de prueba (1 df), aplicando la corrección de Yates cuando sea necesario. Todos los
P
-valores fueron de dos caras, y un valor inferior a 0,05 fue considerado estadísticamente significativo. Los cálculos se realizaron con el programa SPSS versión 18.0 (SPSS Inc., Chicago, Illinois).
Resultados y Discusión
La genotipificación de la variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) en el
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gen fue un éxito en los casos de CCR 8.055 y 10.668 controles de 7 cohortes independientes. Porcentaje de portadores varió entre 0,4-2,6% en los casos de CCR y 0,5 a 3,1% de los controles en las diferentes cohortes, siendo 1,4% y 1,5% en toda la cohorte de casos y controles de CRC, respectivamente. resultados de la asociación genotípica se muestran en la Tabla 1 para cada cohorte y global. No se detectó ninguna asociación de esta variante con el riesgo de CCR ni en una cohorte específica ni a nivel mundial.
Con el fin de explorar más a fondo la implicación putativa de este
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variante con el riesgo de CCR, nos realizado una correlación genotipo-fenotipo de casos y sólo se restringe a la cohorte EPICOLON (2,001 casos de CCR) con varias características clínicas y patológicas. Los resultados se muestran en la Tabla 2. De nuevo, ninguna de las variables analizadas mostró una asociación clara con la presencia de la variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A). Resultados para la historia familiar de CRC y la historia familiar síndrome de Lynch fueron estadísticamente significativos, pero la presencia de cualquiera de estas variables se vinculó con el genotipo de tipo salvaje (AA /AA). El resto de las variables mostró una distribución similar entre portadores y no portadores.
Obviamente, las variantes genéticas que provocan una mutación patógena tienen una interpretación menos claras que las que causan una terminación prematura de la proteína. La variante c.1852_1853delinsGC (p.K618A) en el gen
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es un ejemplo destacado de un VUS que ha sido motivo de controversia durante muchos años en el contexto del diagnóstico genético del síndrome de Lynch. Sin embargo, estudios recientes han permitido funcionales para caracterizar más a fondo su verdadero efecto de la proteína MLH1 y se puede concluir que su efecto es neutro, o con efecto muy sutil [5], [8] - [11].
en cuanto a su implicación en la supuesta riesgo de CCR como una variante de baja penetrancia rara, los estudios anteriores eran escasos e incluyeron un pequeño número de casos y controles [27] CRC, [28]. En consecuencia, se justifica realizar un estudio de asociación de casos y controles en una gran cohorte con el fin de llegar a conclusiones más sólidas. Nuestros resultados no mostraron ninguna implicación de esta variante en el riesgo de CCR como una variante de baja penetrancia en el
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gen.
En cuanto a su implicación en la supuesta familiar de CRC, esta variante también afectó a ser más -representada en familias con sospecha de síndrome de Lynch en un estudio anterior [29]. Nuestros resultados no estarán de acuerdo con esta observación anterior, ya que la variante K618A no estaba vinculado en la cohorte EPICOLON a la presencia de historia familiar de CRC y la historia de la familia Lynch síndrome. Por lo tanto, nuestro estudio se suma a la literatura existente al demostrar que esta variante no está vinculada a familiar de CRC.
Finalmente, podemos concluir a partir de nuestros resultados y la evidencia previa de que el (p.K618A) variante c.1852_1853delinsGC en el
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gen debe considerarse a partir de ahora como un polimorfismo sin efecto funcional sobre la proteína MLH1, ningún papel en la predisposición genética al síndrome de Lynch, así como ningún efecto aparente como una variante de baja penetrancia para CRC susceptibilidad genética.
Apoyo a la Información
Apéndice S1.
Miembros del Consorcio EPICOLON (Grupo de Oncología Gastrointestinal de la Gastroenterología español Association).
doi:10.1371/journal.pone.0095022.s001
(DOCX)
Acknowledgments
Epicolon: Estamos sinceramente agradecidos a todos los pacientes que participaron en este estudio que fueron reclutados en 25 (EPICOLON 1) y 14 (EPICOLON 2) hospitales españoles como parte del proyecto EPICOLON. También estamos en deuda con los nodos de la USC y la UPF de español Centro Nacional de Genotipado (CEGEN-ISCIII), la Unidad de Genómica del Instituto de Investigaciones Biomédicas August Pi i Sunyer (IDIBAPS) y los bancos biológicos del hospital Clínic -. IDIBAPS y el hospital Donostia de ayuda técnica el trabajo se llevó a cabo (en parte) en el Ester Koplowitz Centro, Barcelona
Leiden:.-Shanti Jagmohan Changur y Melanie Schrumpf son reconocidos por el apoyo técnico
Milano:.. agradecemos a todas las personas que aceptaron participar en el estudio también gracias al personal del Banco de Tejidos de la Fundación IRCCS Istituto dei Tumori para la recogida de muestras y todos los patólogos por su contribución y colaboración
Estocolmo:. reconocemos la contribución al reclutamiento y la recolección de datos de la sueca de bajo riesgo del cáncer colorrectal Grupo de Estudio.