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PLOS ONE: El polimorfismo de ADN metiltransferasa 3b y asociación con el desarrollo y pronóstico en gástrico Cancer


Extracto

Objetivo

ADN metiltransferasa 3b (DNMT3b) juega un papel importante en la metilación anormal durante la tumorigénesis. El polimorfismo de la
DNMT3b
gen puede influir en
DNMT3b
actividad y estar asociada con el riesgo de cáncer. Este estudio tuvo como objetivo investigar la asociación entre polimorfismos de nucleótido único (SNP) del
DNMT3b
gen y la susceptibilidad y pronóstico del cáncer gástrico.

Métodos

Cuatrocientas cuarenta siete casos confirmados histológicamente-cáncer gástrico, 111 casos de atrofia gástrica y 961 controles libres de tumor fueron incluidos en el estudio. Cinco etiqueta SNPs (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 y rs8118663) del
DNMT3b
gen se genotipo mediante el ensayo TaqMan. DNMT3b expresión fue evaluada en 104 tejidos de cáncer por el método de inmunohistoquímica.

Resultados

La mediana del tiempo de seguimiento de 422 pacientes gástricos con información de pronóstico fue de 55,1 (51,8-58,5) mes. Se encontró que los individuos con la variante rs1569686 genotipo (TG /GG) se asociaron significativamente con un mal pronóstico en el cáncer gástrico en comparación con los portadores del genotipo TT (HR = 1,43 IC del 95%: 1,02 a 1,99). Esta tendencia fue más evidente en la supervivencia a largo plazo del cáncer gástrico. Se observaron resultados similares para los portadores del alelo G de rs4911107 y el alelo T portadores de rs4911259 ya que estos dos sitios estaban en completo desequilibrio de ligamiento con rs1569686. Los portadores de GG rs8118663 tendían a vivir más corto que AA /genotipo AG (HR = 2,72 IC del 95%: 1,45 a 5,12) en los pacientes que viven más de 2,0 años. Ninguno de los cinco SNPs se asoció con el riesgo de cáncer gástrico o atrofia gástrica. Y no se encontró relación entre cada uno de los cinco SNPs y expresión DNMT3b.

Conclusiones

Este estudio proporciona evidencia de que
DNMT3b
polimorfismos podrían predecir la supervivencia a largo plazo del cáncer gástrico . Sin embargo, se necesitan más estudios para revelar las funciones biológicas subyacentes de
DNMT3b
polimorfismo

Visto:. Wang C, Jia Z, Cao D, L, M Jin, Wu X, et al . (2015) El polimorfismo de ADN metiltransferasa 3b y asociación con el desarrollo y pronóstico en el cáncer gástrico. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10.1371 /journal.pone.0134059

Editor: Valli De Re, Centro di Riferimento Oncológico, Instituto Nacional del Cáncer IRCCS, ITALIA

Recibido: 16 de abril, 2015; Aceptado: 3 Julio 2015; Publicado: 11 Agosto 2015

Derechos de Autor © 2015 Wang et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan

Disponibilidad de datos: Todos los datos relevantes están dentro del apoyo de sus archivos de información en papel y

Financiación:. Este trabajo fue apoyado por la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (81072369, JJ), la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (81373084, JJ), Nacional Natural Fundación de Ciencias de China, (81273065, XYC), Norman Programa de Bethune, de la Universidad de Jilin (2013025, JJ), la Fundación de Jóvenes de la primer hospital de la Universidad de Jilin (JDYY42013014, ZFJ), la Fundación de Jóvenes de la primer hospital de la Universidad de Jilin (JDYY42013018 , DHC), y el Programa de Desarrollo de la Ciencia y Tecnología de la provincia de Jilin (20150414014GH, JJ). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito

Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia

Introducción

el cáncer gástrico (CG) es uno de los tumores malignos más comunes en china y es la segunda causa principal de muerte relacionada con el cáncer [1, 2].
Helicobacter pylori gratis (
H
.
pylori
) ha sido clasificado como un carcinógeno que el grupo de cáncer gástrico por la IARC en 1994 [3].
H
.
pylori
es también uno de los factores de riesgo de atrofia gástrica (GA), que está implicado en el desarrollo de cáncer gástrico [4, 5]. Aunque la mitad de la población mundial tiene
H
.
pylori
, sólo una pequeña proporción de ellos progresar a gastritis crónica atrófica y cáncer gástrico. Estos sugieren un posible papel de los factores genéticos del huésped en respuesta a la crónica
H
.
pylori
y el desarrollo de cáncer gástrico, posteriormente [6].

metilación del ADN es uno de las modulaciones epigenéticos y es importante en la regulación de la transcripción y la estructura de la cromatina remodelación [7]. la metilación del ADN aberrante podría resultar en la hipometilación de todo el genoma y la hipermetilación regional, que se identifica como un posible mecanismo de inactivación de genes supresores de tumores [8-10]. ADN metiltransferasa-3b (DNMT3b) es un
de novo
metiltransferasa y se sobre expresa en una variedad de tumores, como el cáncer de pulmón [11], los carcinomas de mama [12], carcinoma hepatocelular [13] y gran B- linfomas de células [14]. Nuestro trabajo anterior mostró que DNMT3b expresó significativamente mayor en el tejido de cáncer gástrico en comparación con la de las muestras de control emparejadas [15]. Y se informó de niveles más altos de DNMT3b estar implicado en la metástasis de los ganglios linfáticos de cáncer de ovario [16] y más corto de supervivencia global de la leucemia mieloide aguda [17]. Estas propuestas de la posible función de DNMT3b en el desarrollo y progresión de tumores.


DNMT3b
localiza en el cromosoma 20q11.2 con un tamaño total de 47kb. Se consideró que los polimorfismos de nucleótido único (SNP) dentro de la región promotora del
DNMT3b
gen pueden modificar los niveles de expresión de genes [18]. Estudios anteriores han demostrado que los SNPs de
DNMT3b
se correlacionaron con la susceptibilidad de varios tipos de cáncer, como el carcinoma hepatocelular [19], cáncer de pulmón [18], carcinomas nasofaríngeos [20], cáncer de mama [7] y gástrico cáncer [21], y Azad et al [22] han demostrado que
DNMT3b
rs2424913 polimorfismo se correlaciona con un mayor riesgo de peligro de cáncer de cabeza y cuello. Se encontró que estos SNPs para afectar a la actividad de
DNMT3b
en la metilación del ADN cambiando el nivel de DNMT3b, modulando de esta manera la susceptibilidad al cáncer [23, 24].

Sin embargo, por lo que saber, no hay papel estaba disponible sobre el papel de
DNMT3b
polimorfismo en el pronóstico del cáncer gástrico. En el presente estudio, hemos examinado la asociación entre polimorfismos de
DNMT3b
de genes y la susceptibilidad de cáncer gástrico, así como la atrofia gástrica, y las características clínico-patológicas y la supervivencia global del cáncer gástrico en una población china.

Materiales y Métodos

Ética declaración

Este estudio fue aprobado por el Comité de Ética de la primer hospital de la Universidad de Jilin. consentimientos informados escritos se obtuvieron de todos los sujetos antes de tomar parte en esta investigación.

Las poblaciones de estudio

casos de cáncer gástrico sometidos a tumorectomía recién diagnosticados fueron invitados al estudio en el Departamento de gástrico y colorrectal la cirugía, primer hospital de la Universidad de Jilin (Changchun, china) durante 2008 y 2010. se incluyeron un total de 447 casos con cáncer gástrico diagnosticado histopatológicamente y ninguno de los casos se recibieron quimioterapia o radioterapia antes de la cirugía. Las principales características clínicas se obtuvieron de los registros médicos o mediante entrevista telefónica. Hemos definido la quimioterapia como un tratamiento eficaz para al menos 3 ciclos. Los pacientes recibieron varios regímenes de quimioterapia postoperatorias, incluyendo el régimen FOLFOX-4 (combinación con 5-fluorouracilo, leucovorina y oxaliplatino); régimen de XELOX (capecitabina y oxaliplatino); otras quimioterapias como la capecitabina o 5-fluorouracilo solo. Durante el mismo período, los examinados que asisten al centro de examen de salud y sin la historia del tumor fueron invitados al grupo de control en el mismo hospital y 1072 individuos firmaron el consentimiento informado. Entre ellos, se encontró que 150 sujetos que tienen atrofia gástrica mediante examen pepsinógeno sérico y 111 fueron confirmados por biopsia e histopatología y se incluyeron como grupo atrofia gástrica. Los sujetos restantes (961) se incluyeron en el grupo de control. Cinco mililitros se recogió sangre periférica de todos los participantes y se almacena a -80 ° C hasta la extracción de ADN genómico.

casos de cáncer gástrico fueron objeto de seguimiento por teléfono llama a tres meses y de seis meses, y un año después de la tumorectomía y cada un año más tarde hasta la muerte o el último seguimiento programado. Los casos no se incluirán en el análisis de supervivencia si (i) que se perdieron durante el seguimiento en el primer momento de la entrevista telefónica, o (ii) que se murieron de complicaciones de la intervención quirúrgica en el período perioperatorio. El tiempo de supervivencia se define como la duración desde la fecha de la operación quirúrgica a la fecha de la muerte si los pacientes se murieron o hasta la fecha de la última entrevista con éxito si los pacientes se perdieron durante el seguimiento o vivos hasta el final del estudio . El tiempo de supervivencia fue censurado derecho, sino en que los pacientes se murieron de cáncer gástrico.

Pruebas de
H
.
infección y diagnóstico de atrofia gástrica pylori

El suero de inmunoglobulina G (IgG) anticuerpos a
H
.
pylori
, pepsinógeno I (PGI) y pepsinógeno II (PGII) fueron evaluados por (ELISA) de la enzima ensayo de inmunoabsorción ligado siguiendo las instrucciones del fabricante (Biohit, Finlandia). Los individuos con IGP & lt; 82,3 ng /ml y las proporciones de PGI /PGII & lt; 6,05 fueron positivos para la detección de atrofia gástrica y luego validado por biopsia e histopatología mediante gastroscopia [25]. El coeficiente de variación entre días (CV) de las muestras de control entre los kits fueron 4,5%, 4,3% y 4,7% para
H
.
pylori IgG
, PG I y PG II, respectivamente.

etiquetado SNPs selección

SNPs que cubren la región de
DNMT3b
fueron analizados utilizando v4.0 SNPbrowser software basado en la población china han en el Proyecto HapMap (06-02-2009 HapMap). Se seleccionaron cuatro marcado SNPs (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 y rs8118663), que podría cubrir los 22 SNPs de
DNMT3b
con una frecuencia mínima menor alelo (MAF) de 0,05 y un par de sabios
r

2 de 0,8 o superior [26]. Además, otros tres SNPs, rs2424913, rs6087990 y rs1569686, también se pretende que sean seleccionados como los SNPs candidatos. Sin embargo, sólo se genotipo rs1569686 rs2424913 que tenía demasiado baja MAF (0.012, los datos del Proyecto HapMap) y rs6087990 estaba en un LD absoluta (
D de búsqueda: '= 1 y
r

2 = 1) con rs4911107. Finalmente, se seleccionaron cinco SNPs, rs6119954 (intrones), rs1569686 (promotor), rs4911107 (intrón), rs4911259 (intrón) y rs8118663 (3 'de acompañamiento región) para el genotipado.

Genotipado

ADN genómico fue extraído de muestra de sangre entera usando kits de extracción de ADN genómico de sangre siguiendo las instrucciones del fabricante (Axygen Biosciences, EE.UU.). Los genotipos de cada SNP se determinaron usando los ensayos TaqMan genotipado siguiendo el protocolo del fabricante en las placas de 384 pocillos (Applied Biosystems, EE.UU.). Las secuencias de los cebadores y sondas están disponibles bajo petición. reacciones en cadena de la polimerasa (PCR) fueron las siguientes: 1 ciclo de 95 ° C durante 10 min, seguido de 40 ciclos de 95 ° C durante 15 s y 60 ° C durante 1 min. Los procesos de amplificación se realizaron en BIO-RAD S1000 termocicladores (Bio-Rad, California) y los productos finales se leyeron en un 7900 HT detector de secuencias ABI PRISM utilizando el detector de secuencias Software V2.3 (Applied Biosystems, EE.UU.). Dos controles en blanco se incluyeron en cada ensayo de 384 pocillos facilitar el software para identificar genotipos. El cinco por ciento de las muestras duplicadas seleccionados al azar fueron incluidos en cada placas de 384 pocillos para el control de calidad, y la tasa de concordancia global fue del 99,91%.

La inmunohistoquímica

DNMT3b expresión se evaluó en el tejido tumoral de 104 pacientes con cáncer gástrico por el método de inmunohistoquímica. Las secciones de 4 micras de espesor a partir de bloques de tejido fueron extirpados, deparaffinized y teñidas utilizando una técnica de inmunoperoxidasa estreptavidina-biotina. Brevemente, las secciones de tejido se incubaron durante la noche a 4 ° C con el anticuerpo anti-humano DNMT3b policlonal (1: 200 diluida, sc-20704, Santa Cruz, EE.UU.). Las señales se visualizaron con 3, 3-diaminobencidina (DAB) y las diapositivas se counterstained con hematoxilina. Como los controles negativos, los portaobjetos se trataron con las IgG de isotipo como reemplazo de anticuerpos primarios. Los portaobjetos teñidos fueron evaluados por dos patólogos independientes, que fueron cegados a partir de datos clínicos. El sistema de HSCORE ampliamente aceptada se utilizó para evaluar la intensidad de tinción y los porcentajes de las células teñidas con una magnitud específica de intensidad. El HSCORE se calculó mediante la siguiente ecuación: HSCORE = ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0 a 100%). El i es la intensidad de la tinción, es decir, sin manchas = 0, débil tinción = 1, tinción moderada = 2 y fuerte tinción = 3. Pi representa porcentajes de células teñidas con intensidades que varían de 0 a 100%. El HSCORE va de 0 a 300.

El análisis estadístico

Los datos continuos tales como la edad y anota HSCORE de expresión DNMT3b se resumieron como mediana (percentiles 25 y 75) y se compararon mediante Mann-Whitney o la prueba de Kruskal-Wallis. Los datos categóricos se describieron como frecuencias y porcentajes y se compararon mediante χ
2 test o prueba exacta de Fisher cuando sea apropiado. Las frecuencias de los genotipos de cada SNP se determinaron mediante conteo directo y la desviación de equilibrio de Hardy-Weinberg en el grupo control fue evaluado por un χ
2 prueba de bondad de ajuste. El desequilibrio de ligamiento (LD) entre pares de loci bialélicas se determinó utilizando dos medidas,
D
'y
r

2. Se utilizó un análisis de regresión logística no condicional para calcular la odds ratio (OR) y los intervalos de confianza del 95% (IC), con ajuste por la posible confusión (edad como una variable de escala, el sexo como una variable nominal y
H
.
anticuerpo pylori
como una variable nominal). Las funciones de supervivencia de los pacientes con cáncer gástrico dentro de cada SNP se representaron mediante el método de Kaplan-Meier y se compararon mediante la prueba de log-rank. Las razones de riesgo (HR) con IC del 95% se utilizaron para cuantificar la influencia de genotipos de cada SNP en la supervivencia global y se calcularon con el modelo de regresión de Cox. Para haplotipos con frecuencias & gt; 1%, se evaluaron los riesgos en peligro la susceptibilidad y la muerte en comparación con el haplotipo de referencia (principal haplotipo en el grupo control) utilizando el modelo de regresión logística incondicional y el modelo de regresión de Cox, respectivamente, con el software THESIAS versión 3.1 [27, 28]. Todas las pruebas estadísticas fueron de dos colas y
P
valor & lt; 0,05 se consideró estadísticamente significativa. A menos que se indique lo contrario, por encima de los análisis se realiza en el software SAS 9.1.3 (SAS Institute Inc, EE.UU.).

Resultados

Características de los sujetos

Un total de 1519 sujetos, 447 casos de cáncer gástrico, 111 casos de atrofia gástrica y 961 controles libres de tumor se incluyeron en este estudio. Las características de todos los sujetos se resumen en la Tabla 1. La factores demográficos, edad y sexo, no se distribuyeron uniformemente en los tres grupos que el grupo GC tenía temas más masculino y de edad avanzada. Y el 69,1% de los casos fueron positivos para GC
H

pylori
, significativamente mayor que el grupo control (49,7%,
P Hotel & lt; 0,001). Mientras que no significativamente menor que el grupo gástrico atrofia (75,7%,
P = 0,176
). A medida que estos factores pueden confundir los efectos de SNPs, las comparaciones de distribución de los genotipos a continuación se ajustaron por edad, sexo y
H
.
pylori
. La mayor parte de los casos de cáncer gástrico de tipo intestinal tenían de cáncer (87,3%) y 140 pacientes recibieron quimioterapia postoperatoria (31,3%).

Asociación de SNPs con el riesgo de cáncer gástrico o la atrofia gástrica

Cuatro loci SNP, rs1569686, rs4911107, rs4911259 y rs8118663, fueron consistentes con el equilibrio de Hardy-Weinberg en el grupo de control (
P
era 0,321, 0,341, 0,362 y 0,874, respectivamente). El locus rs6119954, sin embargo, se encontró que se desvió de él (
P = 0,0331
). Sin embargo, este locus se incluyó en el análisis final, ya que la tasa de concordancia de las muestras duplicadas de rs6119954 era 100%. mediciones por pares de desequilibrio de ligamiento se enumeran en la Tabla S1. Tres loci, rs1569686, rs4911107 y rs4911259 mostraron completa desequilibrio de ligamiento (
D
'& gt; 0,98,
r

2 & gt; 0,96). Por tanto, sólo rs1569686 se analizaron representando rs4911107 y rs4911259.

En comparación con el genotipo más común de cada SNP, no se observaron diferencias en las distribuciones de los tres loci entre el grupo de cáncer gástrico y el grupo de control después de ajustar por edad , sexo y
H
.
pylori
infección (Tabla 2). Ninguno alelo o haplotipo se asoció con el riesgo de cáncer gástrico. resultados negativos similares se obtuvieron en el riesgo de atrofia gástrica (Tabla 2). Por otra parte, no se observaron asociaciones entre SNPs o haplotipo y riesgo de
H
.
pylori
en el grupo control (Tabla S3).

Asociación de SNPs con parámetros clínico de cáncer gástrico

distribuciones genotípicas de SNPs se analizaron de acuerdo con los parámetros clínico-patológicas tales como el tamaño del tumor, estadio, grado y metástasis a distancia en casos de cáncer gástrico. Los pacientes que portan el genotipo AA de rs6119954 tuvieron mayor frecuencia de metástasis a distancia (25,6%
vs
. 9,1%,
P
= 0,003). Y los pacientes que llevan el genotipo AA de rs8118663 tenían más proporción de tamaño de los tumores mayores de 5 cm (33,5%
vs
. 23,3%,
P = 0,040
) (Tabla S4).

Asociación de SNPs con la supervivencia del cáncer gástrico

Seguimiento de la información estaba disponible para 435 (97,3%) pacientes con cáncer gástrico hasta febrero de 2015. Trece pacientes murió de complicaciones postoperatorias dentro de los 30 días al inicio del estudio y estos casos se excluyeron del análisis de los efectos de SNPs en la supervivencia. Finalmente, 422 casos fueron incluidos en el análisis de supervivencia. Durante el seguimiento, 195 (46,2%) pacientes murieron de cáncer gástrico, 14 (3,3%) casos murieron de otras causas, 203 pacientes (48,1%) vivían y 10 (2,4%) pacientes se perdieron durante el seguimiento. El tiempo medio de seguimiento fue de 55,1 meses (rango de 1,1 a 79,2 meses) para todos los casos incluidos en el análisis de supervivencia.

Los análisis de regresión de Cox se realizó para evaluar la asociación de
Dnmt3b
genotipos en la supervivencia del cáncer gástrico mediante el modelo dominante o recesiva. Se encontró que rs1569686 variante genotipo TG /GG se asoció con una reducción estadísticamente significativa mayor riesgo 43% de muerte en comparación con el genotipo TT en el modelo dominante. Por otra parte, la tendencia de los efectos sobre la supervivencia a largo plazo se puede observar a partir de los gráficos de supervivencia. Por lo tanto, se realizaron análisis de subgrupos de pacientes que viven más de dos años. Se encontró que los pacientes que llevan el alelo G (TG o genotipo GG) de 1.569.686 a vivir más cortos que los de genotipo TT (HR = 2,46 IC del 95%: 1,29 a 4,69,
P
= 0,006) tras ajustar por edad, el sexo, el estadio TNM y la quimioterapia después de la tumorectomía (figura 1A). Se observaron resultados similares para los portadores de G de los alelos de rs4911107 y el alelo T portadores de rs4911259 en la supervivencia global de cáncer gástrico (Tabla 3). Y los que llevan el genotipo GG de rs8118663 tendían a tener un menor tiempo de supervivencia que los portadores del alelo A (AA o AG) después de ajustar por edad, sexo, estadio TNM y la quimioterapia después de la tumorectomía (HR = 2,72 IC del 95%: 1,45 a 5,12,
P
= 0,002) (figura 1B).

(a) parcela para rs1569686 utilizando el modelo dominante (TG /GG
vs
.TT). Los pacientes portadores del genotipo rs1569686 TG /GG tendían a vivir más cortos que los que llevan el genotipo TT. Esta tendencia fue más evidente en los pacientes que vivieron más de 2,0 años con un cociente de riesgo (HR) (IC del 95%: 1,29 a 4,69) 2,46 después de ajustar por edad, estadio TNM sexo y tipo de quimioterapia. (B) parcela para rs8118663 utilizando el modelo recesivo (GG vs AA /AG). Al igual que en rs1569686, rs8118663 portadores GG tendían a tener un menor tiempo de supervivencia.

Asociación entre SNPs y expresión de DNMT3b
expresión
DNMT3b se evaluó en el tejido canceroso de 104 cáncer gástrico casos, utilizando el método de inmunohistoquímica. se observó principalmente expresión DNMT3b en núcleo de la célula y los niveles de expresión eran altos (HSCORE & gt; 200) en 64 casos (61,5%), moderada (100 & lt; HSCORE≤200) en 30 (28,8%), baja (HSCORE≤100) en 2 (1,9%) y negativo (HSCORE = 0) en 8 (7,7%). Los resultados de expresión de acuerdo con los genotipos de los tres loci SNP se muestran en la Tabla 4. Sin embargo, no hay diferencia de expresión DNMT3b se pudo observar entre los genotipos de cada SNP.

Discusión

En el presente estudio, hemos explorado sistemáticamente el papel de las variantes de
DNMT3b
gen en el desarrollo y pronóstico del cáncer gástrico en una población grande. Se encontró que los genotipos rs1569686 TG /GG se asoció significativamente con una mala supervivencia de cáncer gástrico. Por otra parte, se observó que
Dnmt3b
polimorfismos afectan a largo plazo la supervivencia del cáncer gástrico y el efecto fue aún mayor en los pacientes que viven más de dos años.

La mayoría de los trabajos publicados sólo se centran en el papel de
DNMT3b
en el cancerigenos de diversos tumores malignos. Por lo que sabemos, este es el primer informe que describe la asociación entre el
DNMT3b
polimorfismo y la supervivencia del cáncer gástrico en una población china. Nuestro estudio mostró que
DNMT3b
variantes contribuyó a la supervivencia a largo plazo del cáncer gástrico. El
DNMT3b
rs1569686 variante TG o portadores del genotipo GG mostraron un aumento de recursos humanos con un
P
-valor de 0,036 (HR = 1,43; IC95: 1,02 a 1,99) en comparación con TT de tipo salvaje. Además, rodamientos individuales bajo el alelo de rs1569686 G (TG o GG) tienen aumento de 2,46 veces de riesgo de mortalidad que los portadores del alelo no G en pacientes que viven más de 2 años (figura 1A), y los individuos portadores del genotipo rs8118663 GG tienden a tener mayor riesgo en la supervivencia a largo plazo (figura 1B).

además, por primera vez investigó la asociación entre el
Dnmt3b
polimorfismos y las características clínicas de los pacientes con cáncer gástrico. Los pacientes que portan el genotipo rs6119954 AA tenían más frecuencia de metástasis a distancia, lo que sugiere que el polimorfismo rs6119954 puede estar implicado en la progresión del cáncer gástrico. Del mismo modo, los pacientes con el genotipo AA rs8118663 tendían a tener mayor tamaño del tumor (≥5cm), lo que sugiere que rs8118663 SNP puede jugar un papel en la progresión del tumor de los pacientes de GC. Tomados en conjunto, todos estos resultados demuestran el valor predictivo de
DNMT3b
polimorfismos para el pronóstico de progresión y la supervivencia en pacientes con cáncer gástrico.

El
DNMT3b
gen codifica DNMT3b, una miembro de la familia de ADN metiltransferasa que participa en una amplia gama de procesos biológicos, incluyendo el desarrollo de tumores y la tumorigénesis [29]. Varios estudios previos han mostrado que los polimorfismos de
DNMT3b
están asociados con el desarrollo del cáncer en una variedad de tumores. Shen et al [18] informó de que en primer lugar, los portadores de alelos T, en particular heterocigoto (CT) de rs2424913, tenían casi 2 veces más riesgo de riesgo de cáncer pulmonar en comparación con el genotipo CC homocigóticos en la población caucásica. Además, se encontró que esta variante genética común C a T en el promotor para aumentar DNMT3b profundamente la expresión de ARNm [30]. Sin embargo, el papel de rs2424913 sobre el cáncer en chino podría ser insignificante, ya que el alelo C en población china está ausente o poco frecuentes [20], el significado de una gran diversidad en
DNMT3b
distribución SNP puede ser debido a diferentes grupos étnicos , factores ambientales desconocidos o la interacción entre factores ambientales y la predisposición genética. Se informó que el rs1569686 estar asociado con la susceptibilidad de cáncer de pulmón [31] y el cáncer gástrico [21], pero no en el carcinoma hepatocelular [19], cáncer de esófago [32] y el carcinoma nasofaríngeo [20]. En un metanálisis anterior basado en 24 estudios de casos y controles, el
DNMT3b
rs1569686 alelo G se ha identificado como un factor de riesgo bajo de desarrollar cáncer colorrectal [33]. El rs1569686 está situado en la región pobre promotor CpG. En ensayo de promotor in vitro han puesto de manifiesto que el polimorfismo rs1569686 no afecta a la actividad transcripcional del
DNMT
promotor [34], pero los mecanismos exactos son en gran parte desconocidos. Un estudio realizado por Lee et al [35] mostró que el rs6087990 en la región promotora de
DNMT3b
, que estaba en LD completo con rs1569686, podría modificar la actividad del promotor de
DNMT3b
, la transcripción la actividad del alelo T fue significativamente menor en comparación con el alelo C, pero el polimorfismo rs1569686 no afectó a la actividad del promotor. En nuestro estudio, sin embargo, no se observó ninguna asociación de rs1569686 con el desarrollo de cáncer gástrico o atrofia gástrica, un importante factor de riesgo para el cáncer gástrico (Tabla 2). Además, no se observaron diferencias de expresión DNMT3b dentro de los genotipos de cada uno de los SNPs utilizando el método de inmunohistoquímica. El mecanismo subyacente de
DNMT3b
sobre el cáncer gástrico es necesario aclarar en futuros estudios. Otra sitios, rs2424908, que está en completo desequilibrio de ligamiento con rs8118663 (
r

2 = 0,956), también se ha encontrado a participar en el tumor, como el cáncer de esófago [32] y el cáncer colorrectal [ ,,,0],34]. Sin embargo, en nuestro estudio, no se observó asociación positiva con el cáncer gástrico. Al igual que en nuestros hallazgos, informó Yang y otros que
DNMT3b
rs2424908 polimorfismos no estaban asociados con la susceptibilidad al cáncer gástrico en la población del sur de China [36]. Por lo tanto, pueden ser necesarios más estudios para concluir el papel del polimorfismo genético de
DNMT3b
en el desarrollo de cáncer gástrico.

Dos limitaciones deben ser reconocidos en nuestro estudio. Uno de ellos era que sólo los SNPs con un alelo menor mínimo de 0,10 o mayor se incluyeron debido a los criterios de selección. variaciones de baja frecuencia también pueden correlacionarse con el desarrollo del cáncer como rs2424913 [22]. Se necesitan más estudios que cubre los SNPs con baja frecuencia. La otra es que el tiempo de seguimiento para los casos de cáncer gástrico parece insuficiente ya que la mayoría de los casos en el lado derecho de los gráficos de supervivencia están censurados. Influencias de SNPs en la supervivencia a largo plazo no podrían resolverse totalmente, aunque se pudo observar una tendencia. Sin embargo, cuando los casos se estratifican en subgrupos que viven más de dos años, se observó una asociación significativa en el pronóstico a largo plazo. No obstante, el papel de
DNMT3b
sobre el cáncer gástrico se reevaluó y actualizado en el futuro como el seguimiento está todavía en curso.

Conclusiones

En resumen, nos encontramos con los polimorfismos de
DNMT3b
puede afectar a la supervivencia global del cáncer gástrico, lo que sugiere el potencial de
DNMT3b
SNPs como un marcador útil para predecir la supervivencia global del cáncer gástrico, especialmente en los pacientes que sobreviven durante más de dos años. Sin embargo, no se observó ninguna asociación significativa entre
Dnmt3b
variantes y riesgo de cáncer gástrico o atrofia gástrica. Se necesitan más investigaciones para aclarar plenamente el papel de la
DNMT3b
sobre el cáncer gástrico en diferentes poblaciones étnicas.

Apoyo a la Información sobre Table S1. coeficientes de desequilibrio de ligamiento (
D
') y
r

2 entre
DNMT3b
htSNPs
doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s001
(DOCX)
S2 tabla. Los datos clínicos de los pacientes con cáncer gástrico
doi: 10.1371. /journal.pone.0134059.s002 gratis (DOCX)
S3 Tabla. Asociación de SNPs y
H

pylori
en el grupo control
doi:.. 10.1371 /journal.pone.0134059.s003 gratis (DOCX)
S4 Tabla . Las distribuciones de genotipos de acuerdo con los parámetros clínicos en casos de cáncer gástrico
doi: 10.1371. /Journal.pone.0134059.s004 gratis (DOCX)
S1 Datos de apoyo. Los datos clínicos y frecuencias genotípicas de los polimorfismos del gen Dnmt3b en casos y controles
doi: 10.1371 /journal.pone.0134059.s005.
(XLS)

Reconocimientos

Los autores le gustaría dar las gracias a todos los que participan en este estudio, especialmente en Ying canción por su trabajo sobre el seguimiento de los sujetos y Chang-canción Guo por su apoyo técnico.

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