Extracto
Antecedentes
El NCI-60 es un panel de 60 diversas líneas celulares de cáncer humano utilizados por el Instituto Nacional del Cáncer de EE.UU. para cribar compuestos para la actividad anticancerígena. Recientemente hemos agrupado los genes basados en la correlación de los perfiles de expresión a través del NCI-60. Muchas de las agrupaciones resultantes se caracterizaron por las funciones biológicas asociadas con el cáncer. El conjunto de datos de glioblastoma curada (GBM) la expresión del gen de la iniciativa del Genoma del Cáncer Atlas (TCGA) se ha convertido recientemente disponibles. Por lo tanto, ahora estamos en condiciones de determinar cuál de los procesos son compartidos con firmeza tanto por las líneas celulares inmortalizadas y cánceres clínicos.
Resultados
Nuestra observación central es que algunos conjuntos de genes altamente correlacionados en los datos de expresión NCI-60 también están altamente correlacionados en los datos de expresión de GBM. Por otra parte, una estrategia de "doble pesca" identificado muchos conjuntos de genes que muestran correlación de Pearson ≥0.60 tanto en el NCI-60 y los datos de diferencia a GBM con respecto a un gen "cebo" dado. El número de tales conjuntos de genes muy superior al número esperado por casualidad.
Conclusión
Muchas de las correlaciones gen-gen se encuentran en el NCI-60 no reflejan sólo las condiciones de las líneas celulares en cultura; Más bien, reflejan los procesos y las redes de genes que funcionan también
in vivo
. Una serie de correlaciones de la red de genes co-ocurren en los conjuntos de datos del NCI-60 y GBM, pero hay otros que se producen sólo en NCI-60 o sólo en GBM. En resumen, este análisis proporciona una perspectiva adicional en tanto la utilidad y las limitaciones de la NCI-60 en la promoción de nuestra comprensión de los cánceres de
in vivo
Visto:. Zeeberg BR, Kohn KW, Kahn A, Larionov V, Weinstein JN, Reinhold W, et al. (2012) La concordancia de la expresión génica y patrones de correlación funcional a través de los NCI-60 Líneas celulares y las muestras de cáncer de Atlas del Genoma del glioblastoma. PLoS ONE 7 (7): e40062. doi: 10.1371 /journal.pone.0040062
Editor: Javier S. Castresana, Universidad de Navarra, España