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PLOS ONE: iTRAQ basada en análisis proteómico de células poliploides cáncer y células gigantes de florecimiento de la progenie revela varias vías diferentes para el Desarrollo cáncer de ovario


Extracto

células cancerosas gigante poliploides (PGCCs) son un subgrupo morfológicamente diferentes de las células tumorales humanas con el aumento del tamaño nuclear o múltiples núcleos, pero por lo general se consideran poco importante, ya que se presume que no se dividen y por lo tanto no viable . Recientemente hemos demostrado que estas grandes células cancerosas no sólo son viables sino que también se puede dividir de forma asimétrica y producir células de cáncer de progenie con propiedades similares a madre de cáncer a través de la división en ciernes. Para entender mejor los eventos moleculares implicados en la regulación de PGCCs y la generación de sus células cancerosas de la progenie, se analizaron comparativamente los perfiles proteómicos de PGCCs, PGCCs con células hijas en ciernes, y las células normales de cáncer de control de la HEY y de células de cáncer de ovario humano SKOV3 líneas con y sin CoCl
2. Se utilizó una metodología basada en la proteómica iTRAQ de alto rendimiento junto con espectroscopía de masas de ionización por electrospray en tándem cromatografía de líquidos para determinar las proteínas reguladas diferenciadas. Se realizó la transferencia Western y análisis inmunohistoquímico para validar las diferencias en los patrones de expresión de una variedad de proteínas entre PGCCs o PGCCs ciernes y células cancerosas regulares representadas por enfoque iTRAQ y también un grupo seleccionado de proteínas a partir de la literatura. Las proteínas reguladas diferencialmente incluyen proteínas implicadas en la respuesta a la hipoxia, la generación de células, remodelación de la cromatina, regulación del ciclo celular y la invasión y la metástasis de STEM. En particular, se encontró que HIF-1 alfa y su conocida STC1 objetivo son upregulated en PGCCs. Además, se encontró que un panel de madre factores células reguladoras y factores de transcripción regulador epitelio-mesenquimal transición se upregulated en PGCCs en ciernes, mientras que la expresión de la familia de la histona 1 de enlazador proteínas nucleosomal fue consistentemente más baja en PGCCs que en las células de control . Por lo tanto, los patrones de expresión proteómicos proporcionan información valiosa sobre los mecanismos subyacentes de la formación PGCC y la relación entre PGCCs y las células madre del cáncer en pacientes con cáncer de ovario

Visto:. Zhang S, Mercado-Uribe I, Hanash S, Liu Análisis proteómico J-Based iTRAQ (2013) de células poliploides cáncer y células gigantes de florecimiento de la progenie revela varias vías diferentes para el desarrollo de cáncer de ovario. PLoS ONE 8 (11): e80120. doi: 10.1371 /journal.pone.0080120

Editor: Nanette H Obispado, Universidad de Miami, Escuela de Medicina de los Estados Unidos de América

Recibido: 3 Junio, 2013; Aceptado: September 29, 2013; Publicado: 14 Noviembre 2013

Este es un artículo de acceso abierto, libre de todos los derechos de autor, y puede ser reproducido libremente, distribuir, transmitir, modificar, construir, o de otra forma utilizado por cualquier persona para cualquier propósito legal. El trabajo está disponible bajo la advocación de dominio público Creative Commons CC0

Financiación:. Este trabajo es apoyado por la Prevención del Cáncer y el Instituto de Investigación de Texas (CPRIT) Multi-Investigador de subvención; Institutos Nacionales de Salud R01CA131183-01A2; IP50CA83639 (MD Anderson Programas Especializados de Investigación de Excelencia [SPORE] en cáncer de ovario). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito

Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia

Introducción

células cancerosas gigante poliploides (PGCCs) son un subconjunto de grandes células cancerosas atípicos se encuentran principalmente en los tumores sólidos. PGCCs son el principal contribuyente a la heterogeneidad del tumor epitelial y comprenden 0,1% a 20% de los volúmenes de los tumores, con estos porcentajes creciente con la etapa y la malignidad [1,2]. Las características nucleares de estos grandes células tumorales, incluyendo su tamaño nuclear y forma, el patrón de la cromatina, el número de nucleolos, y el número de núcleos, están entre las características histopatológicas más comúnmente descritas de tumores humanos. El número de PGCCs por lo general aumenta con el grado histológico y el estadio [3-5]. Nuestros datos recientes demostraron que PGCCs contribuyen a la heterogeneidad de tumor sólido y juegan un papel importante en la iniciación del tumor, metástasis, y la quimiorresistencia [6] y la formación de células eritroides a partir de fibroblastos normales y de cáncer de células [7]. Ciertos medicamentos de quimioterapia antimitótico también pueden aumentar la formación de tumores en PGCCs, y PGCCs a menudo se considera que en la etapa de la catástrofe mitótica y al borde de la apoptosis [8]. células gigantes poliploides también se pueden observar en los músculos esqueléticos durante el crecimiento, osteoclastos, células infectadas por virus, cultivos de tejido normal, el envejecimiento de las células (senescentes) [9], y el subrayado (por ejemplo, oxidativa o estrés metabólico) las células y puede ser generado a través de la fusión celular o ciclos celulares abortivos [10]. PGCCs también puede volver a las células de cáncer de tamaño regular (células de cáncer de diploides) en un proceso de división llamada deploidization [11-14] o neosis [15]. Todas estas características indican que PGCCs pueden desempeñar un papel importante en el desarrollo de tumores. Sin embargo, PGCCs no han atraído gran atención en la comunidad de investigación del cáncer debido a su biología mal entendido en los tumores.

Es bien sabido que los tumores crecen en un ambiente hipóxico, y la hipoxia pueden facilitar la formación y mantenimiento de cáncer las células madre y así estimular el crecimiento del tumor [16-18]. Recientemente, se utilizó cloruro de cobalto (CoCl
2), un mimético de hipoxia ampliamente utilizados para tratar la anemia [19,20], para purificar y lograr un crecimiento estable de PGCCs que de otra manera se han diferenciado en células de cáncer de tamaño regular y demostró que PGCCs tienen madre del cáncer propiedades de células [6]. Para comprender mejor los mecanismos subyacentes que implica la regulación diferencial de las células cancerosas regulares, PGCCs y PGCCs con células hijas en ciernes que empleamos marcaje isobárico para la cuantificación relativa y absoluta (iTRAQ) para identificar las proteínas expresadas diferencialmente en PGCCs y en ciernes células de la progenie mediante el HEY y líneas celulares SKOV3 como sistemas modelo.

Materiales y Métodos

Ética Declaración

El cuidado y uso de los ratones fueron aprobados por el Comité de Cuidado de Animales y el empleo MD Anderson Institucional.

Cáncer líneas celulares y cultivo

las líneas celulares de cáncer de ovario humano y SKOV3 HEY fueron adquiridos de la American Type Culture Collection. El cultivo de células HEY y SKOV3 fue descrito previamente por nuestro grupo [21]. Las líneas celulares de cáncer de dos se mantuvieron en medio esencial mínimo completo de Eagle (EMEM), que es un medio esencial mínimo suplementado con suero bovino fetal y antibióticos.

Generación y purificación de PGCCs

HEY y SKOV3 las células se cultivaron en EMEM completo en matraces T75 hasta que alcanzaron 90% de confluencia. Para la generación PGCC, CoCl
se añadió 2 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, EE.UU.) a los matraces a una concentración final de 300 mM y se cultivaron durante 48 a 72 h, como se describe anteriormente [6]. Después de ser enjuagados con 1 × solución salina tamponada con fosfato (PBS), las células se cultivaron en EMEM regular. La mayoría de las células de tamaño regular HEY murieron después de este tratamiento, y sólo escasas PGCCs sobrevivieron después del tratamiento con CoCl
2. Diez a 14 días más tarde, los PGCCs recuperados de tratamiento con CoCl
2 y la gemación se observaron y fotografiaron las células hijas derivados de PGCCs. Después de tres tiempos de los tratamientos con CoCl
2 (para adquirir suficientes PGCCs purificados), matraces de PGCCs purificadas (1 × 10
6) se cosecharon para la transferencia Western y análisis iTRAQ antes de que los PGCCs generados células hijas. Cuando los PGCCs se cultivaron en medio completo y se recuperaron a partir de tres o cuatro tratamientos con CoCl
2, PGCCs (4 × 10
4) con células hijas recién ciernes (1 × 10
5) (aproximadamente 30% PGCCs y 70% de células hijas en ciernes) se utilizaron para la extracción de proteínas y su posterior análisis.

Preparación de extractos de proteínas

gránulos frescos de PGCCs purificados, 30% recuperaron PGCCs y 70% de células hijas pequeñas, y las células de control se volvieron a suspender en 1 ml de tampón de lavado celular (ProteaPrep Lisis Celular Kit ; Protea Biosciences, Morgantown, Virginia Occidental, EE.UU.) y luego se centrifuga a 12000 ×
g
durante 5 min a 4 ° C. Después de dos lavados, los sedimentos celulares se resuspendieron en 500 l de tampón de lisis celular ProteaPrep y se incubaron en hielo durante 30 min. sonicación intermitente se utilizó para lisar completamente las células; El lisado celular se centrifugó a 12.000 ×
g
durante 10 min a 4 ° C, y el sobrenadante se transfirió a un tubo limpio de 1,5 ml. Antes de almacenar el sobrenadante a -70 ° C, ácido tensioactivo aniónico lábil II detergente (Protea Biosciences) acumulación en el sobrenadante fue degradado utilizando ácido fórmico.

iTRAQ etiquetado de las muestras de proteínas

análisis proteómicos basada en iTRAQ hecho por el Protea Biosciences (por favor refiérase a las instrucciones del fabricante). En resumen, después se midieron las concentraciones de cinco muestras de cada proteína analizada, las muestras se precipitaron con acetona a una 6: 1 ratio (acetona: muestra), y la proteína total aislados de cinco muestras se resuspendieron en menos de 60 l de disolución tampón y 1 l de desnaturalizante del kit iTRAQ. A continuación se añadieron 2 l de agente reductor y 1 l de reactivo de bloqueo de cisteína a cada una de las muestras. Después de la digestión mediante la adición de 2 g de tripsina, las muestras se marcaron con reactivos iTRAQ (Tabla S1) mediante la adición de los contenidos del vial iTRAQ a las soluciones de muestra (Protea Biosciences). Los reactivos iTRAQ se reconstituyeron con 50 l de etanol. Después se añadió el vial iTRAQ, las muestras se incubaron a temperatura ambiente durante 60 min. 100 l de agua desionizada se añadió a cada vial de muestra, y las muestras se incubaron durante 30 min a temperatura ambiente. Las muestras que se comparan entre sí se combinaron en un grupo y se liofilizaron y se reconstituyó en intercambio catiónico fuerte (SCX) tampón de reconstitución.

De alto rendimiento de cromatografía líquida de fraccionamiento

Las muestras de proteínas se fraccionaron mediante SCX ProteaTip SpinTips (Protea Biosciences). Las puntas se lavaron dos veces en primer lugar mediante la adición de 50 l de solución de reconstitución SCX (Protea Biosciences). Las muestras se cargaron en las puntas de giro y se centrifugaron a 6000 rpm durante 3 min y después se lavaron mediante la adición de 50 l de solución de reconstitución a la parte superior de la punta de giro. Las muestras en las puntas de giro se lavaron entonces de nuevo con solución de reconstitución SCX y secuencialmente eluyó con 150 l de solución de elución compuesto por 20, 40, 60, 80, 100, 150, 250, o 500 mM de formiato de amonio en 10% de acetonitrilo. Se recogieron ocho fracciones correspondientes a cada concentración de sal. Cada fracción se limpió por liofilización repetitivo y tratamiento con ácido. Después de la liofilización final, las digestiones se reconstituyeron en 40 l de ácido acetonitrilo /agua /ácido fórmico (5% /95% /0,1%)

cromatografía líquida-espectrometría de masas de ionización por electrospray

espectrometría de masas ( MS) análisis de estas muestras se realizó con un sistema de QTRAP 5500 (Applied Biosystems, Toronto, Canadá) para la adquisición de MS y MS en tándem (MS /MS) de datos. Los péptidos se cargaron en una columna C18 × 2,1 mm Kinetex 100,0 (100 Å, 2,6 m; Phenomenex, Torrance, CA, EE.UU.) y luego se sometió a elución de la fase móvil en tampón A y tampón B (véase la Tabla S2 para obtener información detallada sobre elución). Los péptidos se eluyeron a un caudal de 200 l /min. El eluyente de cromatografía líquida fue dirigida a una fuente de ionización por electrospray para el análisis cuantitativo MS de tiempo de vuelo. Ionización por electrospray se llevó a cabo para la adquisición de información dependiente en el modo de ion positivo con un voltaje de pulverización de 5 kV y selecciona la gama de masa de 100 a 1000
m
/
z
. El sistema QTRAP 5500 fue operado en el modo de adquisición dependiente de los datos. Se seleccionaron los tres péptidos más abundantemente cargadas por encima de un umbral del 5-conteo para MS /MS. Se identificaron

Los péptidos y se cuantificaron utilizando el software ABI proteína ProteinPilot 3.0 (Applied Biosystems, CA, USA). El algoritmo de Paragon en el software ProteinPilot se utilizó para la identificación de péptidos. Cada espectro MS /MS se registraron en contra de la base de datos de proteína humana Índice Internacional de Proteínas, y las proteínas identificadas con una confianza del 95% fueron aceptadas sobre la base de sus puntuaciones de confianza obtenidos utilizando el software ProteinPilot. cobertura porcentual se calcula como el porcentaje de búsqueda de aminoácidos de péptidos identificados que tienen confianza mayor que 0, dividido por el número total de aminoácidos en la secuencia.

La tinción inmunohistoquímica de los tumores derivados de PGCC en ratones

La inoculación de ratones desnudos con las células normales Ey cáncer o PGCCs y el crecimiento tumoral posterior se describe anteriormente [6]. Diez PGCCs y 1 × 10
6 células cancerosas HEY regulares para cada uno ratones desnudos fueron inyectados por vía subcutánea en los flancos de ratones. Los ratones fueron sacrificados y los tumores se quitan cuando el diámetro promedio del tumor alcanzó 0,5-1,0 cm. La tinción inmunohistoquímica del tejido tumoral se realizó utilizando el método de avidina-biotina-peroxidasa tal como se describe anteriormente [6]. tejido tumoral incluido en parafina se deparaffinized en xileno y rehidratada utilizando diluciones graduadas de alcohol en agua. Después de ser lavado con PBS, las secciones del tejido del tumor se sometieron a la recuperación de antígenos en tampón de citrato de sodio 0,01 M (pH 6,0) en un autoclave durante 10 min. Después de la actividad de peroxidasa endógena y vinculantes en las secciones de la proteína no específica se bloquearon, las secciones fueron incubadas con anticuerpos primarios durante la noche a 4 ° C en una cámara húmeda (véase la Tabla S3 para obtener información detallada de anticuerpos). posteriormente se trataron las muestras con una IgG anti-conejo de cabra biotinilado, y se detectó la señal usando un sistema de estreptavidina-biotina marcado en presencia del cromógeno 3,3'-diaminobencidina. Los núcleos se contratiñeron con hematoxilina.

análisis de transferencia de Western

Basándose en los resultados de proteómica, un grupo de proteínas potencialmente importantes seleccionado de la literatura se determinó por transferencia de Western. Los extractos celulares de PGCCs purificados, PGCCs con células hijas en ciernes, y control de las células se lisaron en una solución de tampón enfriado con hielo. Las proteínas en las células se separaron en un gel de poliacrilamida con dodecilsulfato de sodio al 10% y se transfirieron a una membrana de fluoruro de polivinilideno (GE Healthcare, Waukesha, WI, EE.UU.). Después de ser bloqueados con 5% de leche sin grasa en solución salina Tris tamponada con con 0,1% de Tween-20 durante 1 h a temperatura ambiente, las membranas se incubaron con los anticuerpos primarios apropiados a 4 ° C durante la noche y luego con anticuerpos secundarios a temperatura ambiente durante 1 marido. La expresión de proteínas se midió utilizando el reactivo premezclada ECL Plus (GE Healthcare Life Sciences, Pittsburgh, PA, USA) y se desarrolló usando un procesador de la película X-OMAT 2000 (Eastman Kodak, Rochester, NY, EE.UU.). Todos los experimentos de Western blot se duplicaron, y β-actina se utilizó como control de carga de proteína.

Resultados

CoCl
2 inducida por la formación de PGCCs

Como ya hemos descrito anteriormente, la formación de PGCCs puede ser inducida por el tratamiento con CoCl
2 [6 ]. Las altas concentraciones de CoCl
2 matan selectivamente las células diploides, mientras que las concentraciones bajas pueden inducir la formación de PGCC a través de la fusión celular. Como se muestra en la Figura 1, las células de control HEY eran de forma irregular con pequeñas apófisis. El tratamiento con CoCl
2 en una concentración alta (300 m para 72 y 48 h de Hey y células SKOV3, respectivamente) mató a la mayoría de las células diferenciadas, y PGCCs podría visualizarse claramente después hemos eliminado las células muertas que flotan. Después los cultivos se recuperaron de CoCl
2 de tratamiento, los supervivientes PGCCs generados células hijas a través de gemación cuando se cultivan en medio completo con 10% de suero [6].

(A) Control de las células HEY. (B) HEY PGCCs después del tratamiento con CoCl
2. (células C) HEY generación PGCCs hija a través de florecimiento (flechas negras). (D) Control de las células SKOV3. (E) SKOV3 PGCCs después del tratamiento con CoCl
2. células hijas de generación (F) SKOV3 PGCCs a través de florecimiento (flechas negras).

identificación y cuantificación de proteínas relativa de proteínas en las células cancerosas y PGCCs de control

Para determinar la firma global de proteína asociada con la formación de PGCCs, se realizó un análisis proteómico de PGCCs purificados y se comparó la expresión de la proteína en ellos con los de las células de control y PGCCs sometidos en ciernes. Se aislaron extractos proteicos totales de HEY PGCCs solos, PGCCs HEY con células hijas en ciernes, el control de las células HEY, SKOV3 PGCCs por sí solos, y controlar las células SKOV3. Las proteínas se digirieron con tripsina, marcado con reactivos iTRAQ (114-117), y se analizaron mediante espectrometría de masas para identificar las diferencias en los niveles de proteína entre estos grupos. Para aumentar la cobertura de la identificación de proteínas y /o la confianza en los datos generados, las muestras fueron iTRAQ-etiquetado por duplicado de la siguiente manera: HEY PGCCs, 114; HEY PGCCs, con cogollos, 115; controlar HEY, 116; SKOV3 PGCCs, 116; y el control SKOV3, 117. Usando iTRAQ, que identifica y clasifica las diferentes proteínas de acuerdo con ProtScore no utilizado. La relación de los diferentes reactivos de marcaje iTRAQ indica la abundancia relativa de las proteínas. Un total de 1.188 proteínas únicas se identificaron con una confianza del 95% por el algoritmo de búsqueda ProteinPilot y concuerda con las proteínas en la base de datos internacional de proteína humana Índice de proteína. Cuantificación relativa de péptido se realizó con el software ProteinPilot 3.0 con el análisis estadístico (
P
& lt; 0,05) para la selección de proteínas potencialmente expresados ​​diferencialmente. En HEY PGCCs, 64 proteínas se expresan de forma diferente cuando se compara con PGCCs con células hijas en ciernes y control de las células; 25 proteínas fueron hasta reguladas en PGCCs y 39 fueron regulados a la baja (Tabla 1). En SKOV3 PGCCs, 62 proteínas se expresan de forma diferente en comparación con las células control, con 40 hasta reguladas y 22 abajo reguladas (Tabla 2). Los datos iTRAQ de los diversos tipos de células de HEY podrían clasificarse en nueve categorías funcionales utilizando el sistema de clasificación PANTHER (www.pantherdb.org; Figura S1), incluyendo, la actividad de unión catalítico, regulador de la actividad enzimática, la actividad del canal de iones, la actividad motora, estructural la actividad de la molécula, regulador de la actividad de transcripción, traducción y regulador de la actividad la actividad del transportador
adhesión
Nombre de la proteína
Función
péptidos (95%)
% Cobertura
Ratio. (Muestra 1: 3)
valor de P (Muestra 1: 3
Ratio (Muestra 2: 3) valor
P (Muestra 2: 3)
upregulated (25) IPI00909303.2CTSB ADNc FLJ58073, moderadamente similar a la catepsina B ( *) La proteína lisosomal cisteína protease2404.701.75E-024.561.46E-02IPI00011229.1CTSD catepsina DTumor invasiveness132.774.165.22E-031.778.00E-02IPI00183695.9S100A10 la progresión del ciclo S100-A10cell y differentiation148.453.386.16E-024.294.91E-02IPI00845339. 1HSPA1B; HSPA1A ADNc FLJ54392, muy similar a un choque térmico de 70 kDa proteína 1 (*) plegamiento de proteínas, y ayudan a proteger las células contra-stress849.453.267.62E-061.443.54E 02IPI00737171.1LOC729317 similares al canal de aniones dependiente de voltaje mediada 2Mitochondria- apoptosis421.842.718.39E-042.658.23E-02IPI00216308.5VDAC1 de tensión dependiente de la proteína canal de aniones selectivo 1Mitochondria mediada apoptosis129.332.538.72E-021.681.73E-02IPI00220827.5TMSB10 timosina beta-10Cytoskeleton479.552.154.82E 012.611.33E- 02IPI00010402.2SH3BGRL3 putativos no caracterizados proteinpotentially implicado en la resistencia de las células a la apoptosis inducida por TNF-α458.412.141.36E-052.191.52E-03IPI00186711.4PLEC isoforma 2 de plectina (*) Un vínculo entre los tres componentes principales de la cytoskeleton433. 672.042.02E-031.781.81E-02IPI00020984.2CANX ADNc FLJ55574, muy similares a las moléculas que ayudan CalnexinChaperone (plegamiento de proteínas y control de calidad) 231.901.981.38E-012.424.26E-02IPI00940656.1LOC723972; ANP32A 28 kDa proteinInhibitor 1 de PP2A443.721.902. 36E-031.851.55E-02IPI00872814.1MSN (moesina) 68 kDa proteinCross-enlazadores entre las membranas plasmáticas y actina basado cytoskeletons443.061.892.20E-041.794.65E-02IPI00025491.1EIF4A1 eucariótica factor de iniciación 4A-IProtein synthesis225.371.645.89E-030,969 .17E-01IPI00220362.5HSPE1 10 kDa proteína de choque térmico, mitocondrial (*) Molecular chaperones1081.371.601.84E-020.979.53E-01IPI00019502.3MYH9 isoforma 1 de la miosina-9 (*) La contracción muscular y eucariota motility233.521.574.19E-021,274 .70E-01IPI00795408.1RPL23 15 kDa proteinRibosomal protein355.711.521.68E-020.895.64E-01IPI00012442.1G3BP1 Ras GTPasa de la activación de la proteína de unión a proteínas de unión a 1RNA proteins333.481.503.45E-021.058.64E-01IPI00018352.1UCHL1 ubiquitina carboxiterminal hidrolasa isoenzima L1Protein después de la traducción modification260.091.434.29E-021.153.60E-02IPI00789551.1SNHG4; MATR3 putativos MATR3Interaction proteína no caracterizada con las proteínas de la matriz nuclear para formar el fibrogranular network431.841.267.42E-011.454.94E-02IPI00021405.3LMNA isoforma a de este Prelamin -A /CReassembly de la envoltura nuclear y celular division1570.481.247.53E-031.057.28E-01IPI00294578.1TGM2 Isoforma 1 de 2absorption gamma-glutamiltransferasa Protein-glutamina y secretion321.401.249.07E-031.213.24E-01IPI00021812.2AHNAK neuroblasto diferenciación- proteína asociada AHNAK (*) El saliente seudópodo y migration9084.771.204.81E-021.431.18E-02IPI00099550.1UBQLN1 celular isoforma 1 de la ubiquitina-1Protein posterior a la traducción de proteína no caracterizada modification222.241.189.96E-020.664.57E-02IPI00916861.1MDH1 putativos MDH1An enzima que cataliza la oxidación de malato 134.321.115.28E-010.668.16E-03IPI00927101.1RPSA; RPSAP15; SNORA62; SNORA6 putativo proteína no caracterizada familia RPSANon-integrina, el receptor de laminina 1.231.821.073.88E-010.401.30E-02Downregulated (39) IPI00217030 .10RPS4X proteína ribosómica 40S S4, la familia X de isoformS4E ribosomal proteins.150.190.988.27E-010.434.20E-02IPI00003362.2HSPA5 HSPA5 proteinMolecular chaperones1454.200.955.95E-010.774.22E-02IPI00554788.5KRT18 la queratina, la proteína queratina tipo I 18A del citoesqueleto relacionados con secretora epithelia853.260.883.80E-020.791.58E-01IPI00003865.1HSPA8 isoforma 1 de choque térmico 71 kDa proteína afín (*) las chaperonas moleculares y como una ATPasa en el desmontaje de clatrina recubiertos vesicles1156.660.843.24E-010.448.60E- 04IPI00646304.4PPIB peptidil-prolil isomerasa cis-trans y BApoptotic celular death255.560.832.00E-010.491.41E-03IPI00396485.3EEF1A1 necrótico factor de elongación 1 alfa 1 (*) Traducción y exportación nuclear de proteins1157.360.811.24E-010.405.84E -03IPI00010204.1SRSF3 serina /ricos en arginina factor de empalme 3RNA splicing262.200.813.40E-020.756.19E-01IPI00909232.1HNRNPC ADNc FLJ53542, muy similar a la heterogénea nuclear ribonucleoprotein CTranscription566.320.798.86E-020.541.71E-02IPI00472119.2- 30 kDa proteinOther450.000.751.33E-020.582.80E-02IPI00025252.1PDIA3 la disulfuro isomerasa A3Other330.100.753.20E-010.673.85E-02IPI00290460.3EIF3G eucariótica factor de iniciación de la traducción 3 subunidad proteína G-synthesis118.440.751.95E 020.442.14E-01IPI00383296.5HNRNPM isoforma 2 de la heterogénea nuclear ribonucleoprotein MProtein synthesis661.220.741.81E-030.674.79E-02IPI00784154.1HSPD1 proteína de choque térmico de 60 kDa, mitochondrialMolecular chaperones1356.200.723.32E-020.607.56E-02IPI00216691.5PFN1 Profilin-1Cell motility1092.140.721.06E-010,414 .52E-02IPI00465248.5ENO1 isoforma alfa-enolasa de alfa-enolaseOther2274.420.711.51E-040.418.15E-03IPI00910458.1HNRNPK ADNc FLJ54552, muy similar a la heterogénea nuclear ribonucleoprotein KProtein synthesis665.830.699.61E-020.461.39E-51 02IPI00479191.2HNRNPH1 kDa proteinOther548.730.691.38E-010.234.10E-02IPI00554648.3KRT8 la queratina, tipo II citoesqueleto 8cell skeletal655.690.647.05E-020.352.24E-03IPI00382470.3HSP90AA1 isoforma 2 de la proteína de choque térmico HSP-90 alphaMolecular chaperones941.220.621.20E-010,582 .89E-02IPI00215780.5RPS19 proteína ribosómica 40S S19Protein synthesis562.070.602.58E-020.274.04E-02IPI00020599.1CALR CalreticulinPromoting macrófagos para engullir peligrosos canceroso proteína cells331.650.584.41E-040.835.25E-01IPI00008524.1PABPC1 isoforma 1 de polyadenylate vinculante 1Translation initiation533.650.547.06E-040.517.02E-02IPI00010740.1SFPQ isoforma larga del factor de empalme, prolina y glutamina-richProtein synthesis347.810.542.56E-030.481.33E-01IPI00005087.1TMOD3 tropomodulina-3127.270.549.94E-031.106.73E-01IPI00012493 .1RPS20 proteína ribosómica 40S S20Protein synthesis147.900.534.10E-020.422.01E-01IPI00465365.4HNRNPA1 isoforma A1-A de la heterogénea nuclear ribonucleoprotein A1Protein synthesis1281.560.516.02E-040.463.10E-01IPI00010779.4TPM4 isoforma 1 de tropomiosina alfa-4 chainCell motility887 .500.471.42E-021.591.75E-01IPI00027834.3HNRNPL heterogéneo nuclear ribonucleoprotein LProtein synthesis129.710.474.74E-020.572.79E-01IPI00396378.3HNRNPA2B1 isoforma B1 del heterogéneos ribonucleoproteínas nucleares A2 /B1Protein synthesis1271.390.467.20E-030.392.49E-03IPI00419585. 9PPIA peptidil-prolil cis-trans isomerasa AApoptotic y necróticas death992.730.464.23E-030.372.04E-02IPI00796366.2MYL6 celular ADNc FLJ56329, muy similar a la miosina luz del polipéptido 6Cell motility255.040.452.54E-021.171.84E-01IPI00749113.2DUT isoforma 3 de desoxiuridina nucleotidohydrolase 5'-trifosfato, mitochondrialCycle de ADN repair142.060.451.67E-010.572.32E-02IPI00419258.4HMGB1 de alto valor proteico grupo de movilidad B1In el núcleo interactúa con nucleosomas, factores de transcripción y las histonas, organiza y regula el ADN transcription.550.230.446.41 E-021.744.03E-03IPI00410693.4SERBP1 SERPINE1 mRNA proteína de unión 1, CRA_dInteract isoforma con CHD3 que es uno de los componentes de un synthesis333 proteína histona desacetilasa proteína complex348.600.442.48E-040.642.95E-01IPI00966060.1SYNCRIP SYNCRIP (fragmento). desmontaje y estructura celular cycle346.310.276.36E-030.513.94E-02IPI00217468.3HIST1H1B histona H1.5Nucleosome 330.441.52E-020.261.77E-04IPI00479997.4STMN1 StathminMicrotubule del cromosómica fiber980.090.263.88E-021.185.91E-01IPI00217465.5HIST1H1C histona H1.2Nucleosome estructura de la estructura fiber1182.160.231.27E-021.145.41E-01IPI00217466.3HIST1H1D histona H1.3Nucleosome cromosómica del cromosoma fiber1077.830.232.02E-020.897.04E-01Table 1. las proteínas expresadas diferencialmente Entre HEY PGCCs, HEY PGCCs ., con cogollos, y control HEY
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Nombre de la proteína
Función
péptidos (95%)
% Cobertura
Ratio (PGCC muestra: control)
P valor
proteínas reguladas al alza (40) IPI: IPI00923597.2NDRG1 ADNc FLJ39243 fis, OCBBF2008283 clon, muy similar a la proteína NDRG1Increase fosforilación de NEU /tirosina quinasa receptora erbB2 e inducir el crecimiento y la diferenciación de cells528.296.493.94E-03IPI: IPI00845339 .1HSPA1B; HSPA1A ADNc FLJ54392, muy similar a un choque térmico de 70 kDa proteína 1Important para el plegamiento de proteínas, y ayudan a proteger las células de stress1245.875.152.95E-04IPI: IPI00169383.3PGK1 fosfoglicerato quinasa 1 es una enzima implicada en glycolysis1172.662.491.36E- 03IPI: IPI00479186.7PKM2 isoforma M2 de piruvato quinasa isoenzimas M1 /​​M2M2-PK es una enzima citosólica que participa en la fosforilación de la histona-1.1874.392.431.40E 07IPI: IPI00219018.7GAPDH gliceraldehído-3-fosfato enzima dehydrogenaseAn relacionada con la glucólisis 1577.312. 331.51E-04IPI: IPI00015947.5DNAJB1 DnaJ miembro homólogo subfamilia B 1Interact con STUB1 y HSP (proteínas de choque térmico) A4132.622.171.27E-02IPI: IPI00302592.2FLNA isoforma 2 de Filamina-AParticipates en el anclaje de proteínas de membrana para la actina cytoskeleton1945.622.163.50E-02IPI: IPI00018140.3SYNCRIP isoforma 1 de QInteract heterogéneo nuclear ribonucleoprotein con ACF, APOBEC1, SYT7 y SYT9126.652.114.37E-02IPI: IPI00947127.1LDHA L-lactato deshidrogenasa Una enzima cadena isoforma 3Un relacionado con glycolysis859.002.071 .65E-05IPI: proteína de choque térmico HSP IPI00414676.6HSP90AB1 90 betaMolecular chaperones852.352.064.19E-03IPI:: proteínas de transporte de vesículas y fusion642.062.072.67E-03IPI IPI00022774.3VCP Transición retículo endoplásmico ATPasePutative de unión a ATP IPI00298994.6TLN1 Talin- 1Assembly de los filamentos de actina y la difusión y migración de células 330.262.042.55E-03IPI: IPI00396485.3EEF1A1 factor de elongación 1 alfa-1 (*) La traducción y la exportación nuclear de proteins1157.362.021.77E-04IPI: IPI00218319.3TPM3 Isoforma 2 de tropomiosina alfa -3 contracción chainMuscle y el citoesqueleto de no músculo cells765.732.006.43E-04IPI: IPI00900293.1FLNB filamin-B isoforma comunicación 1Intracellular y la señalización por reticulación de la proteína actin1134.181.998.81E-06IPI: IPI00465248.5ENO1 isoforma alfa enolasa de alfa-enolaseA glicolítica enzyme2784.561.969.69E-07IPI: IPI00003865.1HSPA8 isoforma 1 de choque térmico 71 kDa proteína afín (*) las chaperonas moleculares y como una ATPasa en el desmontaje de clatrina recubiertos vesicles1455.571.862.00E-04IPI: IPI00019502.3MYH9 isoforma 1 de la miosina-9 (*) la contracción muscular y eucariota motility538.981.841.17E-02IPI: IPI00218918.5ANXA1 Anexina A1Inhibits la activación de NF-kB mediante la unión a la p65-subunit669.361.775.58E 03IPI: IPI00909232. 1HNRNPC cDNA FLJ53542, muy similar a ribonucleoproteínas nucleares heterogéneas CInfluence pre-mRNA de procesamiento y otros aspectos del metabolismo del mRNA y transport366.671.754.91E-03IPI: IPI00930688.1TUBA1B tubulina alfa-1B chainForm microtubules1248.121.742.23E-02IPI: IPI00014898.3PLEC Isoforma 1 de enlace PlectinA entre los tres componentes principales de la cytoskeleton332.711.713.68E-02IPI: proteína de unión a actina IPI00013808.1ACTN4 alfa-actinina-4En e implicado en metastásico processes321.621.713.42E-02IPI: IPI00549725.6PGAM1 fosfoglicerato mutasa 1Catalyzes la transferencia interna de un fosfato group235.041.704.29E-02IPI: IPI00007752.1TUBB2C tubulina beta-2C chainForm microtubules1062.471.661.00E-02IPI: IPI00930226.1ACTG1 ADNc FLJ57283, muy similar a la actina, 2Mantenimiento citoplasmática de la cytoskeleton2070.511.638.74E- 03IPI: proteínas celulares IPI00179330.6RPS27A ubiquitina-proteína ribosómica 40S S27aTargeting para degradation557.051.586.80E-03IPI: IPI00382470.3HSP90AA1 isoforma 2 de la proteína de choque térmico HSP-90 alphaMolecular chaperones 1051.051.561.10E-02IPI: IPI00000874.1PRDX1 peroxiredoxina-1 ( *) Un miembro del antioxidante enzyme1070.851.552.46E-04IPI: IPI00335930.1DAZAP1 isoforma 2 de la proteína asociada a DAZ 1Involved en el desarrollo de células germinales y gametogenesis217.721.541.22E-02IPI: La proteína disulfuro-IPI00010796.1P4HB isomeraseprotein isomerase338.391.524 disulfuro. 68E-03IPI: IPI00909303.2CTSB ADNc FLJ58073, moderadamente similar a catepsina BLysosomal cisteína protease339.271.503.55E-03IPI: proteína IPI00027463.1S100A6 la progresión del ciclo S100-A6Cell y differentiation350.001.451.28E-02IPI: IPI00418471.6VIM VimentinThe importante componente del citoesqueleto de mesenquimales cells3581.761.431.61E-02IPI: IPI00418169.3ANXA2 Isoforma 2 de Anexina A2Involved en la motilidad celular, la vinculación de complejos de proteínas asociadas a la membrana al citoesqueleto de actina, endocitosis, 1168.351.414.26E-02IPI: IPI00017963.1SNRPD2 pequeña ribonucleoproteína nuclear Sm D2Pre (SEGUNDO).

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