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PLOS ONE: terc-CLPTM1L Rs401681 C & gt; T polimorfismo se asoció con una disminución del riesgo de cáncer de esófago en un chino Population


Extracto

Antecedentes

El cáncer de esófago es el quinto cáncer más comúnmente diagnosticado y la cuarta causa principal de muerte por cáncer en china en 2009. esofágico carcinoma de células escamosas (CECA) representa más del 90 por ciento de los cánceres de esófago. Los factores genéticos juegan probablemente un papel importante en la carcinogénesis CECA

Métodos

Se realizó un estudio de casos y controles basado en el hospital para evaluar funcional
hTERT
rs2736098 G & gt;. A y
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en el riesgo de CECA. Se reclutaron seiscientos veintinueve CECA casos y 686 controles. Sus genotipos se determinaron utilizando el método de reacción de detección de ligadura (LDR).

Resultados

Cuando el
terc-CLPTM1L
genotipo homocigoto CC rs401681 se utilizó como grupo de referencia, la genotipo CT se asoció con un riesgo significativamente menor de la CECA (OR ajustada = 0,74; IC del 95% = 0,58-0,94,
p = 0,012
); las variantes CT /TT se asociaron con un 26% menos de riesgo de CECA (OR ajustada = 0,74 IC 95% = 0,59 a 0,93,
P
= 0,009). La disminución significativa del riesgo de CECA asociado con el
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T polimorfismo se asoció con el sexo masculino, la edad joven (& lt; 63 años en nuestro estudio) y el consumo de alcohol. No se encontró asociación entre el
hTERT
rs2736098 G & gt;. Se observó un polimorfismo y el riesgo de la CECA

Conclusión


terc-CLPTM1L
CT rs401681 y CT /TT genotipos se asociaron con un menor riesgo de CECA, especialmente entre los hombres jóvenes, los pacientes y los reportados a ser bebedores. Sin embargo, nuestros resultados son conclusiones preliminares. Se requieren estudios más grandes con diseños de los estudios más rigurosos para confirmar los hallazgos actuales

Visto:. Yin J, L Wang, Zheng L, Wang X, Y Shi, Shao A, et al. (2014)
terc-CLPTM1L
Rs401681 C & gt; T polimorfismo se asoció con una disminución del riesgo de cáncer de esófago en una población china. PLoS ONE 9 (7): e100667. doi: 10.1371 /journal.pone.0100667

Editor: Sai Yendamuri, Roswell Park Cancer Institute, Estados Unidos de América

Recibido: 31 de julio de 2013; Aceptado: 29-may de 2014; Publicado: 9 Julio 2014

Derechos de Autor © 2014 Yin et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan

Financiación:. Este estudio fue apoyado en parte por la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (81101889, 81000028), Jiangsu Fundación de Ciencias Naturales Provincia (BK2010333, BK2011481), Fundación de Desarrollo Social de Zhenjiang (SH2010017), Talentos Changzhou jóvenes y Fundación Ciencia-Tecnología de la Oficina de Salud (QN201102 ), y el "333" Programa de Capacitación elitista de Jiangsu (BRA2013135). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito

Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia

Introducción

el cáncer de esófago es el quinto cáncer más comúnmente diagnosticado y la cuarta causa principal de muerte por cáncer en china en 2009 [1]. El cáncer de esófago es muy agresivo y se asocia con un mal pronóstico [2]. El carcinoma de células escamosas de esófago (CECA) representa más del 90 por ciento de los cánceres de esófago [3]. El tabaquismo y consumo excesivo de alcohol son los principales factores de riesgo ambiental para la CECA [4]. Sin embargo, sólo un subconjunto de individuos expuestos a estos factores de riesgo ambiental se desarrolla la CECA, lo que sugiere que los factores genéticos, tales como polimorfismos de nucleótido único (SNP), también pueden contribuir a la carcinogénesis CECA
.
Recientemente, varios de asociación del genoma estudios (GWAS) informaron que los polimorfismos comunes de la telomerasa transcriptasa inversa-labio leporino y el paladar transmembrana 1 como, CLPTM1L (

terc-CLPTM1L), que se encuentra en el locus 5p15.33, se asociaron con el riesgo de que muchos tipos de cáncer [5], [6]. El locus 5p15.33, que se asocia con la función de la telomerasa, contiene dos genes clave: el
de TERT
gen y
CLPTM1L
gen. El
terc-CLPTM1L
SNP, rs401681 (C & gt; T, que se encuentra en el intrón 13 del
CLPTM1L
, 27 kb del
de TERT
gen), es uno de los más ampliamente estudiado SNPs. Dos variantes en 5p15 (rs401681 y rs2736098) se asociaron significativamente con el cáncer de vejiga en individuos de ascendencia europea. Estas variantes están en desequilibrio de ligamiento (LD) con
CLPTM1L
y

de TERT, y ambas variantes también están asociados con el carcinoma de células basales [6], el cáncer de pulmón [7], glioma [8] y otros tumores [6]. El
terc-CLPTM1L
rs401681 alelo C también se asocian a menor media longitud de los telómeros en los linfocitos [9]. La telomerasa se expresa en líneas de células madre y es inactivo en las células somáticas [10]. De TERT es la transcriptasa inversa subunidad catalítica de la telomerasa, cuya inducción, junto con la activación de la telomerasa, son pasos críticos durante la inmortalización celular y la transformación [11]. Los telómeros pueden llegar a ser disfuncional para una serie de razones, tales como el acortamiento progresivo causado por la replicación incompleta de cromosomas, daño oxidativo del ADN o mutaciones en las proteínas estructurales, tales como terc [12]. Las mutaciones en las regiones codificantes de de TERT pueden afectar a la actividad de la telomerasa y la longitud del telómero, que resulta en fenotipos clínicos graves, incluyendo síndromes de insuficiencia de la médula ósea y un aumento sustancial en la frecuencia del cáncer [13].

El papel de CLPTM1L fue descrito inicialmente en células de cáncer de ovario, en los que la sobreexpresión de la apoptosis inducida por cisplatino génica en las células sensibles a [14]. CLPTM1L también está implicado en la apoptosis mitocondrial en las células normales, y se informó de que se sobreexpresa en células de cáncer de pulmón [15]. El
CLPTM1L
gen puede jugar un papel en la respuesta apoptótica. La sobreexpresión de
CLPTM1L
ARNm se ha observado en muchos tipos de cáncer, incluyendo el cáncer de piel no melanoma [13]. Aunque la función del gen
CLPTM1L
es en gran medida desconocida, los estudios han demostrado que puede inducir apoptosis. Por ejemplo, CLPTM1L, como una proteína de transmembrana predicho, es upregulated en líneas celulares de cáncer de ovario resistentes al cisplatino, y puede estar implicado en la respuesta apoptótica de las células a estrés genotóxico inducida por cisplatino.
CLPTM1L
variantes son la hipótesis de mejorar la activación metabólica de los metabolitos reactivos y /o la formación y persistencia de aductos de ADN [6]. Jiang et al. encontrado que
terc-CLPTM1L
rs401681 era una variante genética asociada con el riesgo de cáncer de pulmón [16].

El significado biológico y patológico de hTERT y terc-CLPTM1L sugiere que las variaciones genéticas funcionales en
hTERT
y
terc-CLPTM1L
genes puede contribuir al desarrollo de la CECA. Por lo tanto, el objetivo de esta investigación fue evaluar la asociación entre el
hTERT
rs2736098 G & gt; A y
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; polimorfismos T y la susceptibilidad CECA en un caso-control basado en el hospital estudiar. Se realizaron análisis de genotipado de
hTERT
rs2736098 G & gt;
y terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt A;. T SNPs en 629 casos y 686 controles CECA en una población china

Pacientes Métodos y

la aprobación ética del protocolo de estudio

Este estudio de casos y controles de base hospitalaria fue aprobado por la Junta de Revisión de la Universidad de Jiangsu (Zhenjiang, china). Hemos cumplido con la Declaración de la Asociación Médica Mundial de Helsinki respecto a la conducta ética de la investigación con sujetos y /o animales humanos [17]. Todos los sujetos dieron su consentimiento informado por escrito para ser incluidos en el estudio.

Los sujetos del estudio

629 sujetos con cáncer de esófago fueron reclutados consecutivamente desde el Hospital Popular Afiliado de la Universidad de Jiangsu y el Hospital Afiliado de la Universidad de Jiangsu ( Zhenjiang, china) entre octubre de 2008 y diciembre de 2010. Todos los casos de cáncer de esófago fueron diagnosticados de la CECA mediante patológicos. Los criterios de exclusión fueron los pacientes que anteriormente habían tenido cáncer; cualquier cáncer metástasis; radioterapia o quimioterapia. Los controles fueron 686 pacientes sin cáncer de frecuencia de concordancia de los casos con respecto a la edad (± 5 años) y sexo reclutados en los dos hospitales mencionados, durante el mismo período de tiempo. La mayor parte de los controles fueron ingresados ​​en los hospitales para el tratamiento del trauma.

Cada sujeto fue interrogado personalmente por entrevistadores entrenados utilizando un cuestionario pre-prueba para obtener información sobre los datos demográficos (edad, sexo) y relacionados factores de riesgo (incluyendo el tabaquismo y consumo de alcohol). Después de la entrevista, se recogieron muestras de 2 ml de sangre venosa de cada sujeto. Los individuos que fumaban un cigarrillo al día durante & gt; 1 año, fueron definidos como "fumadores". Los sujetos que consumieron ≥ 3 bebidas alcohólicas a la semana durante & gt; 6 meses fueron considerados como "bebedores de alcohol"

El aislamiento de ADN y genotipado mediante la reacción de detección de la ligadura y la predicción de la función en línea SNP

Sangre. muestras se recogieron de pacientes utilizando Vacutainers y se transfirieron a tubos alineados con ácido tetra-acético de etilendiamina (EDTA). ADN genómico se aisló de sangre total con el kit de ADN QIAamp Blood Mini (Qiagen, Berlín, Alemania) [18]. Las muestras fueron genotipo utilizando el método de reacción de detección de ligadura (LDR) con el apoyo técnico del Shanghai Biowing Biotecnología Aplicada de la empresa como se describe anteriormente [19]. SNPs se genotipo utilizando el ensayo LDR reacción en cadena de la polimerasa (PCR) por ABI 9600 del sistema (Applied Biosystems, EE.UU.). Las secuencias de ADN diana se amplificaron por themultiplex método PCR. La sonda común se marcó en el extremo 3 'con 6-carboxi-fluoresceína y fosforilada en el extremo 5'. parámetros LDR fueron las siguientes: 94 ° C durante 2 min, 20 ciclos de 94 ° C durante 30 s y 60 ° C durante 3 min. Después de la reacción LDR, mezclamos 1 l de producto LDR-reacción con 1 l de tampón de carga ROX y 1 l. Después de eso, la mezcla se desnaturalizó a 95 ° C durante 3 min y se enfrió en agua helada inmediatamente. Los productos fluorescentes de LDR se diferenciaron por ABI secuenciador 377 (Applied Biosystems, EE.UU.). Para el control de calidad, análisis repetidos fueron realizados por 160 (12,17%) muestras seleccionadas al azar con una alta calidad de ADN

Hemos utilizado la herramienta en línea predictivo:. Http://www.regulomedb.org/and http: //snpinfo .niehs.nih.gov /snpinfo /snpfunc.htm para predecir
hTERT
rs2736098 G & gt;
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt a y;. función T SNPs

Los análisis estadísticos

las diferencias en la distribución de las características demográficas, variables seleccionadas, y los genotipos del
hTERT
rs2736098 G & gt; A y
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T variantes entre los casos y los controles fueron evaluados utilizando el
χ

2 test. Las asociaciones entre el
hTERT
rs2736098 G & gt; A y
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; genotipos T y riesgo de CECA se estimaron mediante el cálculo de las RUP y sus IC del 95% mediante análisis de regresión logística para el crudo RUP y ajustado RUP al ajustar por edad, sexo, tabaquismo y el estado de la bebida. El equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) se puso a prueba por una bondad del ajuste
χ

2 prueba para comparar las frecuencias genotípicas observadas a los esperados entre los sujetos de control. Todos los análisis estadísticos se realizaron con SAS 9.1.3 (SAS Institute, Cary, NC, EE.UU.).

Resultados

Características de la población estudiada

Características de los casos y controles incluidos en el estudio se resumen en la Tabla 1. los casos y los controles parecían estar emparejado de manera adecuada en la edad y el sexo como lo sugiere el
χ

2 pruebas (
P = 0,541 y

P = 0,185
, respectivamente). Como se muestra en la Tabla 1, se detectó una diferencia significativa en el consumo de tabaco entre los casos y los controles (
P Hotel & lt; 0,001), y la tasa de beber fue mayor en los pacientes CECA que en los sujetos control (
P
& lt; 0,001). La información primaria para los dos SNPs genotipo fue en la Tabla S1. Para el
hTERT
rs2736098 G & gt; A, la determinación del genotipo tuvo éxito en 600 (95.39%) CECA casos y 651 (94,90%) controles en todas las muestras de 1315, y por
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T, la determinación del genotipo tuvo éxito en 604 (96.03%) CECA casos y 664 (96.78%) controles. Las tasas de concordancia de análisis repetidos fueron del 100%. alelo menor frecuencia (MAF) en nuestros controles fue similar al MAF para los chinos en la base de datos para todos los dos SNPs (Tabla S1). Las frecuencias genotípicas observadas para estos dos polimorfismos en los controles estaban todos en HWE (Tabla S1).

Las asociaciones entre dos polimorfismos y el riesgo de CECA

Las distribuciones de genotipo de
hTERT
rs2736098 G & gt; a y
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T en los casos y los controles se muestran en la Tabla 2. en el único locus análisis, las frecuencias genotípicas de
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T fueron 47.68% (CC), 41,72% (TC) y 10,60% (TT) en los pacientes de casos y 40,06% (CC), 47,74% (TC) y 12,20% (TT) en los sujetos de control, y la diferencia fue estadísticamente significativa (
P = 0,024
). Cuando el
terc-CLPTM1L
alelo C rs401681 se utilizó como grupo de referencia, el alelo T se asoció con un riesgo significativamente menor para la CECA (T
vs
C: OR ajustada = 0,81, 95 IC = 0,69 a 0,96%,
P = 0,014
). Cuando el
terc-CLPTM1L
genotipo homocigoto CC rs401681 se utilizó como grupo de referencia, el genotipo CT se asoció con un riesgo significativamente menor para la CECA (CT
vs
CC: OR ajustada = 0,74; IC del 95% = 0,58 hasta 0,94,
P = 0,012
). Cuando el
terc-CLPTM1L
genotipo homocigoto CC rs401681 se utilizó como grupo de referencia, el genotipo TT no se asoció con el riesgo para la CECA (TT
vs
CC: OR ajustada = 0,75, 95 CI = 0,51-1,09%,
P = 0,126
). En el modelo dominante, los
terc-CLPTM1L
CT rs401681 /variantes TT se asociaron con un 26% menos de riesgo de la CECA, en comparación con el
terc-CLPTM1L
genotipo CC rs401681 (OR ajustada = CI 0,74, 95% = 0,59 hasta 0,93,
P
= 0,009). En el modelo recesivo, cuando el
terc-CLPTM1L
CC rs401681 /genotipos CT se utilizaron como grupo de referencia, el genotipo homocigoto TT no se asoció con el riesgo para la CECA (OR ajustada = 0,87, 95% CI = 0,61 a 1,24,
P = 0,447
) (Tabla 2) guía empresas

hTERT
rs2736098 G & gt;. a no se mostró una diferencia significativa en las distribuciones genotípicas entre casos y controles (
P = 0,727
). Los análisis de regresión logística reveló que el
hTERT
rs2736098 G & gt;. Un polimorfismo no se asoció con el riesgo de CECA (Tabla 2)

Uso de la alimentación y el tamaño de la muestra de cálculo (PS, la versión 3.0 de 2009 , http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize) y teniendo en cuenta
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T alelos mutantes en el grupo de control, RUP, CECA y muestras muestras de control, el poder de nuestro análisis (α = 0,05) fue de 0,708 en 604 CECA casos y 664 controles, con una OR de 0,74

análisis de estratificación con terc-CLPTM1L rs401681 C & gt;. polimorfismos T y el riesgo de CECA

para evaluar los efectos de
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T genotipos sobre el riesgo de la CECA función de la edad diferente, el sexo, el tabaquismo y el estado de consumo de alcohol; hemos realizado los análisis de estratificación (Tabla 3). Una disminución significativa del riesgo de CECA asociado con el
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T polimorfismo fue evidente entre los pacientes masculinos (CT
vs
CC:
P = 0,0003
; CT /TT
vs
CC:
P = 0,0002
), los pacientes más jóvenes (& lt; 63 años en nuestro estudio) (CT /TT
vs
CC:
P
= 0,049) y los pacientes que se encontraban en estado de beber (CT
vs
CC:
P = 0,012
; CT /TT
vs
CC:
P
= 0,016) (Tabla 3).

Discusión

En este estudio de casos y controles de base hospitalaria, se investigó la asociación de la
hTERT
rs2736098 G & gt; a y
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt; T SNP con el riesgo de CECA en una población china. El análisis multivariado reveló que el
terc-CLPTM1L
CT rs401681 y genotipos CT /TT se asociaron con un menor riesgo de CECA, mientras que ninguna asociación significativa entre el
hTERT
rs2736098 G & gt; Un polimorfismo y la se observó riesgo de CECA. Un riesgo significativamente menor de CECA asociado con el
terc-CLPTM1L
rs401681 C & gt;. T polimorfismo, especialmente entre los hombres jóvenes, los pacientes y los reportados a ser bebedores

La función de CLPTM1L y su papel en la tumorigénesis es en gran parte desconocida. Sin embargo, un estudio reciente informó que CLPTM1L era un factor anti-apoptótica comúnmente sobreexpresa en cáncer de pulmón [15]. Esto sugiere un papel inhibitorio en la apoptosis inducida por el estrés genotóxico, y se identificó CLPTM1L como un factor importante que afecta a la supervivencia de las células tumorales de ADN dañado y, potencialmente, la susceptibilidad al cáncer de pulmón [20].

El
CLPTM1L
gen está regulada positivamente en las líneas celulares resistentes al cisplatino, y está vinculada a la apoptosis inducida por cisplatino; Por otra parte, la sobre-expresión de
CLPTM1L
ARNm se ha observado en muchos tipos de cáncer [6], [14], [21], [22]. Las variantes en este locus son la hipótesis de regular la longitud de los telómeros y estar asociados con varias enfermedades malignas, incluyendo los cánceres de pulmón, próstata, vejiga urinaria, cuello uterino y el páncreas. Rs401681 se encuentra en el intrón 13 de
CLPTM1L
en 5p15.33, y es uno de los más estudiados SNPs. Aunque se conoce poco sobre la función de este SNP, nuestro análisis bioinformática indicó que podría afectar a la regulación de transcripción y afectar aún más la expresión del gen. Para demostrar que estas alteraciones de hecho pueden contribuir a las propiedades de cáncer, se warrented estudios de validación in vitro con líneas celulares in vitro específica de la CECA que albergan estas alteraciones genéticas. Tales como cultivos celulares, transfecciones transitorias, ensayo de luciferasa, ensayos de cambio de movilidad electroforética, Western blot, PCR transcriptasa inversa, ensayos de inmunoprecipitación de la cromatina y cuantitativa en tiempo real PCR.

Varios estudios sobre la asociación entre el
CLPTM1L
polimorfismo rs401681 y el cáncer se han publicado, con resultados inconsistentes [6], [15], [19], [23], [24], [25]. Un estudio de asociación que incluía 2.396 casos de cáncer de pulmón y 3.001 controles mostró que el
CLPTM1L
alelo T se asoció con un riesgo significativamente menor de cáncer de pulmón [15]. Nan y colaboradores observaron una relación positiva entre el alelo sugerente rs401681 C y más corta longitud de los telómeros relativo [7]. Rafnar et al. sugiere que el alelo C rs401681 podría estar asociado con la aceleración de la reducción gradual de los telómeros con la edad [6]. Se han reportado posibles vínculos entre los telómeros más cortos y menor riesgo de melanoma. Esto podría atribuirse a la vida útil más corta replicativa de melanocitos conferidos por la longitud de los telómeros más cortos, que proporciona una barrera más estrictas para la división celular ilimitada. Una disminución del riesgo de melanoma también podría estar asociado con la reducción del tamaño de los nevos y contar en individuos con telómeros más cortos. Rs401681 también se asocia con el riesgo de cáncer de páncreas, como se muestra por la presencia del cromosoma extremos que carecen de secuencias de repetición telomérica en este tipo de cáncer [26]. Jiang et al. encontrado que
terc-CLPTM1L
rs401681 alelo T se asoció con un menor riesgo de cáncer de pulmón [16]. Y en CECA cohorte, la tendencia de los
terc-CLPTM1L
rs401681 alelo T es protectora, pero no alcanza significativa (OR = 0,935; IC del 95% = 0,800-1,093 en modelo aditivo) [16], lo que indica necesarios para replicaciones en otras cohors.

Las frecuencias de los polimorfismos genéticos a menudo varían entre los grupos étnicos. En el presente estudio chino, la frecuencia del alelo
rs401681 terc-CLPTM1L
T fue de 0,361 en 686 sujetos de control, lo cual es consistente con los valores reportados en la base de datos de SNP de los chinos Han (0.305) y las poblaciones japonesas ( 0,3

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