Extracto
Antecedentes
Después del diagnóstico del cáncer, la terapia para el paciente depende en gran medida del origen del tumor, sobre todo cuando un tumor metastásico está siendo tratado. Sin embargo, casos como la metástasis atípico, tumores mal diferenciados o incluso un número limitado de células tumorales pueden dar lugar a problemas en la identificación del origen. Por otra parte, aproximadamente el 3% a 5% del total de pacientes de tumores sólidos no tendrá que tener su origen tumor identificado en su vida. El THEROS CancerTYPE ID ® está diseñado para identificar el origen del tumor con un procedimiento objetivo, rápida y estandarizada.
Metodología y Principales conclusiones
Este es un estudio retrospectivo ciego para evaluar el desempeño de la THEROS CancerTYPE ID® en una población china. En total, se recogieron 184 (FFPE) muestras incluidas en parafina fijadas con formalina de 23 orígenes tumorales del banco de tejidos de la Universidad Fudan de Shanghai Centro de Cáncer (FDUSCC). Se utilizó un proceso de enriquecimiento de células tumorales estándar, y la predicción de resultados se compararon con el diagnóstico de referencia, lo cual fue confirmado por dos patólogos experimentados en FDUSCC. Todas las 184 muestras fueron analizadas con éxito, y no hay muestras de tumores fueron excluidos debido a problemas de calidad de la muestra. En total, 151 muestras se predijo correctamente. El índice de concordancia fue del 82,1%. Una prueba de Pearson Chi-cuadrado muestra que no hay diferencia entre este estudio y la prueba de evaluación previa realizada por bioTheranostics Inc. No se observó disminución significativa estadísticamente, ya sea en el grupo de metástasis o tumores con altos grados.
Conclusiones
se obtuvo un resultado comparable con el trabajo previo. En concreto, las muestras con una puntuación alta probabilidad (& gt; 0,85) tienen una alta probabilidad (tasa de acuerdo = 95%) de ser predicho correctamente. No se observó ninguna diferencia de rendimiento entre las muestras primarios y metastásicos, y no se observó diferencia entre los tres grados tumorales. El uso de captura por láser microdisección (LCM) hace que el THEROS CancerTYPE ID® accesibles a casi todos los pacientes de cáncer con diferentes estados tumorales
Visto:. Wu F, Huang D, L Wang, Xu Q, Liu M, YE X, et al. (2012) 92-Gen molecular en el cáncer de identificación de origen: un estudio retrospectivo en la población china y rendimiento dentro de los diferentes subgrupos. PLoS ONE 7 (6): e39320. doi: 10.1371 /journal.pone.0039320
Editor: Masaru Katoh, Centro Nacional del Cáncer, Japón
Recibido: 17 Enero, 2012; Aceptado: 23-may de 2012; Publicado: 22 Junio 2012
Copyright: © 2012 Wu et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Los autores no tienen el apoyo o la financiación para reportar
Conflicto de intereses:. los autores no tienen interés los siguientes: FW, QX, FL, XY y XM son los empleados de la empresa bioMérieux. THEROS CancerTYPE ID es comercializado por bioMérieux. No hay patentes u otros productos en desarrollo para declarar. Esto no altera la adhesión de los autores a todos los PLoS ONE políticas sobre los datos y compartir materiales, como se detalla en línea en la guía para los autores.
Introducción
Aproximadamente el 10% y el 15% de los cánceres los pacientes se definieron como pacientes con cáncer metastásico cuando se diagnostica por primera vez [1]. La información sobre el origen del tumor es valioso en las decisiones de tratamiento. El diagnóstico preciso de la localización primaria permite a los médicos para determinar el estadio del cáncer; la cirugía podría aplicarse en algunos casos, y más radio- y quimioterapia o terapia específica del sitio también podría ser de beneficio para los pacientes. Un estudio retrospectivo con 879 pacientes mostraron un aumento en el tiempo de supervivencia en pacientes en los que se identificó el sitio primario [2]. Sin embargo, la metástasis atípico o pobremente diferenciados tumores pueden presentar dificultades en la identificación del origen del tumor
.
Se han hecho mayores esfuerzos para rastrear el origen de un tumor con diferentes habilidades y tecnologías. En algunos casos, un patólogo con experiencia sabrá la respuesta mediante el examen de hematoxilina y eosina-manchado (H & amp; E) diapositivas. La inmunohistoquímica (IHC) es una prueba de rutina en el departamento de patología y a veces proporcionar información útil a nivel de proteínas.
Sin embargo, incluso con un panel desplegable de anticuerpos, todavía no es posible obtener una conclusión convincente con IHC de forma independiente, y este diagnóstico puede ser más difícil en tumores de alto grado. Un meta-análisis de cuatro estudios mostró que IHC identificó correctamente el origen del tumor del 66% de las muestras [3]. Algunas pruebas de ADN, incluyendo la pérdida de análisis de heterocigosidad (LOH), análisis de microsatélites y el análisis de mutación del oncogén, se podrían utilizar para demostrar el origen clonal de un tumor maligno. Con la evolución de los criterios de diagnóstico, herramientas y tecnología, la mayoría de las lesiones de cáncer primario finalmente pudieron ser identificados después de una serie de procedimientos que requieren mucho tiempo. Sin embargo, aproximadamente el 3% y el 5% del total de pacientes de tumores sólidos no será capaz de tener su origen tumoral diagnosticada con precisión antes de que comience el tratamiento o incluso en su vida [4], [5].
Recientemente, diferentes molecular análisis para el perfil de expresión de ARNm o miARN fueron desarrollados para identificar el sitio primario [6], [7], [8], [9] utilizando microarrays o en tiempo real la tecnología de PCR. Varios críticos ARNm o miRNAs fueron perfilados en el lugar de la metástasis de los tumores, y los resultados indicaron la posible localización primaria. resultados de la validación de estos ensayos moleculares fueron publicadas, y las tasas de éxito fueron de aproximadamente 75,6% a 89%.
El THEROS CancerTYPE ID ® es una prueba basada en la PCR en tiempo real que se puede utilizar para identificar el origen de cáncer metastásico y determinar el tipo patológico de un tumor sólido. Se detectaron un total de 92 genes, incluyendo 5 de referencia y 87 genes específicos de tumores, en muestras FFPE de diapositivas.
El 1
st versión de THEROS CancerTYPE ID ® fue diseñado y probado en 2006 [6 ]. Se seleccionó un total de 578 muestras de tumor para desarrollar una base de datos completa. Una puntuación posibilidad se da después de la prueba como una medida de la similitud de la muestra analizada fue de 32 orígenes de tumores y subtipos histológicos en la base de datos de referencia. resultados de la validación mostraron una tasa de éxito del 87% en la clasificación de los 32 tipos de tumores y a menos de 119 muestras FFPE. Una validación adicional se demostró en la identificación de las muestras procedentes de 20 pacientes reales CUP al menos 2 meses antes de su reconocimiento primaria latente, y la mayoría de estas muestras eran de tumores mal diferenciados. Este estudio mostró que 15 de las 20 muestras fueron clasificados con precisión y correspondió a los sitios primarios latentes identificadas más adelante [10].
THEROS CancerTYPE ID ® (versión 2) fue desarrollado posteriormente. La base de datos de referencia tumor se amplió a 2.206 muestras, y el algoritmo asociado se modificó para permitir la predicción de los 30 tipos de tumores principales y 54 subtipos histológicos. Más importante aún, un método de enriquecimiento de tumor, de captura láser micro-disección (LCM), se utilizó. Esta adición hace que la tecnología aplicable cuando las células tumorales limitados están disponibles. En un conjunto de prueba independiente de 187 muestras tumorales FFPE que representan a 28 de los 30 tipos de cáncer principales, THEROS CancerTYPE ID ® (versión 2) mostró una sensibilidad global del 83% [11].
En este estudio, nuestro objetivo para evaluar el rendimiento de la THEROS CancerTYPE ID® (Versión 2) dentro de la población china. Se realizó un estudio retrospectivo ciego en el que se seleccionaron 184 muestras FFPE de FDUSCC, PCR en tiempo real se llevó a cabo en Shanghai, y los datos brutos generados fueron analizados por bioTheranostics en San Diego. Los resultados de la predicción se generaron por bioTheranostics. El rendimiento del ensayo dentro de varios subgrupos, como las diferentes tecnologías y características del tumor, se comparó.
Materiales y Métodos
Diseño del estudio
Este es un estudio retrospectivo ciego para evaluar el desempeño del THEROS CancerTYPE ID® en la población china. FFPE muestras de 23 orígenes tumorales fueron seleccionados de FDUSCC. La historia clínica y H & amp; E diapositivas fueron confirmados por al menos 2 patólogos experimentados. Las células tumorales fueron disecados de diapositivas FFPE por raspado o LCM. Después de la digestión durante la noche con proteinasa K, se aplicó un protocolo estándar para aislar y revertir ARN transcribe. Después se usó una 92-gen Taqman en tiempo real panel de PCR para cada muestra. PCR datos se generaron y se envían al laboratorio CLIA en bioTheranostics Inc. para su análisis. Los datos se generaron utilizando un método descrito previamente sin saber nada de la información clínica, excepto por el género y la ubicación del órgano en el que se obtuvieron los tejidos [6], [11].
Un total de 184 muestras de 23 se seleccionaron principales tipos de tumores para este estudio, y estas muestras se describen en la Tabla 1. estas muestras se separaron en 2 grupos para el análisis de acuerdo con la dificultad de evaluación y la práctica clínica: 139 muestras de 17 tipos de tumores se clasificaron en grupos en los que la se identificaron sitio primario (n = 102, 73,4%) y el sitio de la metástasis (n = 37, 26,6%). Las 45 muestras restantes de 6 tipos de tumores, incluyendo el sarcoma, neuroendocrino, mesotelioma, la piel, el melanoma y el cáncer de linfoma, podrían surgir en muchas partes del cuerpo o en múltiples órganos; Por lo tanto, no es fácil de determinar con precisión el sitio primario u origen del tumor. Por ejemplo, el linfoma se puede encontrar en ambos lados del diafragma cuando se diagnostica, y el origen exacto no se pudo determinar. Además, estos 6 tipos de tumores no se encuentran en el informe de la THEROS CancerTYPE ID®. Decidimos comparar estas 45 muestras por separado para sus tumores primarios y metastásicos. Las características clínicas de los pacientes se ilustran en la Tabla 2.
Pacientes y muestras de tumor
Un total de 184 muestras de tumor se obtuvieron del banco de tejidos de FDUSCC. Los tipos de tumores que no estaban en la lista de diagnóstico THEROS CancerTYPE ID® no se incluyeron, y FFPE bloques antes de 2008 tampoco se incluyeron en este estudio. Los diagnósticos fueron hechos basado en la revisión necesaria historia clínica, examen físico, pruebas de imagen y lleno estudio diagnóstico patológico, incluyendo H & amp; E tinción. Todos los casos fueron revisados y diagnosticados por al menos dos patólogos.
Para cada muestra, un mínimo de 300 células tumorales debe obtenerse después de la disección. No hay otros criterios de inclusión especiales, tales como el peso, la representación del tumor y la tasa de necrosis mínima, se requirió debido a la tecnología utilizada disección.
FFPE Diapositivas y células tumorales Enriquecimiento
Las muestras se incluyeron en parafina con un protocolo estándar FFPE y se almacena en el banco de tejidos de FDUSCC. El H & amp; E se desliza para cada bloque de tumor se examinaron para confirmar la existencia de las células tumorales. Las muestras con un área grande del tumor y las células tumorales de alto contenido sin necrosis se preparan para la disección manual. Otras muestras con grandes áreas de interferencia, tales como las células normales, las áreas necróticas, fibrocitos, e infiltraciones de linfocitos, o con representación tumor de bajo y múltiples células tumorales discretas bajo el microscopio se marcaron durante LCM [12]. FFPE bloques se prepararon para cada tratamiento como tres diapositivas sin teñir de 10 micras de vidrio (por rascado) o diapositivas de membrana (por LCM) y uno de H & amp; E-portaobjetos teñido. El tratamiento posterior incluye desparafinación, rodeando el área del tumor (sólo para raspadura) o tinción (sólo para LCM) y la digestión de proteinasa K durante la noche.
En total, las células tumorales de 127 especímenes fueron disecados por LCM, y se rasparon las 57 muestras restantes.
extracción de ARN y Pre-amplificación
Después de proteinasa K (Life Technologies, Inc.) de tratamiento durante la noche (16-20 h), la extracción de ARN se realizó con una Zymo RNA Extraction Kit (Zymo investigación) de acuerdo con el protocolo recomendado. A continuación, 10 l de ARN purificado fue tratado por DNasa (Life Technologies, Inc.) para eliminar la contaminación de ADN del genoma en el proceso de PCR. Después de la transcripción inversa mediante cebadores hexámeros aleatorios de poli-T y, una etapa de pre-amplificación se realizó con un kit ABI pre-AMP (Life Technologies, Inc.).
Ensayo TaqMan PCR
THEROS CancerTYPE ID® (Versión 2) es un ensayo de PCR en tiempo real basado en Taqman que detecta el nivel de expresión de 92 genes y distingue 30 tipos de tumores. Dentro de estos 92 genes, 5 genes de referencia con la expresión estable en todo el amplio espectro de tejidos se utilizan para la escala y control de calidad. Los 87 genes restantes se expresan en tumores múltiples. Aproximadamente el 80% de estos genes tiene anotación funcional, incluyendo factores de transcripción de unión al ADN, proteínas de la membrana celular y varios marcadores tumorales bien caracterizados [6].
El ensayo se procesa con ABI 384 placas prefabricadas. Cuatro muestras se aplicaron a cada placa 384. Para controlar la calidad de los experimentos, un control negativo y un control positivo se utilizan con cada conjunto de experimentos. El control negativo en lugar de la muestra real con H
2O, y el control positivo es un RNA humano universal comprado de Stratagene, Inc. pares de cebadores y sondas MGB Taqman fueron diseñadas para producir un amplicón de menos de 80 bps y sintetizados por Sangon Biotech (Shanghai). La alícuotas de las muestras de pre-amplificación se realizó en un volumen de 10 l en una placa de 384 prefabricado. Las amplificaciones se realizaron con un sistema ABI 7900HT RT-PCR con las siguientes condiciones: 50 ° C durante 2 minutos, 95 ° C durante 10 minutos, y 45 ciclos de 95 ° C durante 15 segundos y 60 ° C durante 1 minuto. Los datos en bruto se generaron con la configuración predeterminada.
Análisis de Datos
Los datos primarios se identificaron con el sitio de la biopsia y el género y enviados a bioTheranostics, Inc. sin ninguna otra información clínica. Con el algoritmo KNN (K vecino más cercano), los perfiles de expresión de las muestras se compararon con una base de datos pre-establecido. Un informe estándar se generó para cada muestra y enviado de vuelta. El informe incluyó un resultado de predicción con una puntuación de probabilidad que indica la similitud de las muestras analizadas de los perfiles de datos en la base de datos. Los informes estándar y diagnóstico clínico se compararon para calcular la tasa de acuerdo. También se describen las estadísticas entre varios subgrupos, como la calidad alta y baja ARN, LCM y el raspado, sitio principal y el sitio de la metástasis, y así pobre diferenciación, para demostrar el rendimiento del Thero CancerTYPE ID®. El rendimiento de Thero CancerTYPE ID® versiones 1 y 2 también se comparó y se describe.
Resultados
Ensayo de Rendimiento
Las 184 muestras se componen de 23 tipos de cáncer dentro de la THEROS CancerTYPE ID® lista de trabajo. Se calculó la tasa de concordancia entre el diagnóstico de referencia y los resultados de predicción THEROS CancerTYPE ID® (Tabla 3). Un tipo de acuerdo de 82,1% (151/184) se logró para todas las muestras. Por otra parte, las muestras de suprarrenal, de mama, de células germinales, GIST, intestino, hígado, linfoma, cáncer de próstata y tiroides fueron del 100% clasificó correctamente. Los especímenes de neuroendocrino, riñón, pulmón, piel, la vesícula biliar, el melanoma y el cáncer de vejiga de la orina mostraron una tasa de acuerdo mayor que 80%. Para cada tipo de cáncer, se calculó la sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y el valor predictivo negativo (VPN) con las siguientes fórmulas:
Sensibilidad: la capacidad de predecir los verdaderos positivos = true positivos /positivos observados en total
Especificidad:.. la capacidad de predecir un resultado negativo = negativos verdaderos /negativos observados en total
PPV: fracción de verdaderos positivos entre los positivos predictivos = verdaderos positivos /número total del predicho positivos
VAN:.. fracción de verdaderos negativos entre los negativos predictivos negativos verdaderos /= número total de negativos predichos
gene Referencia media Ct (ARG Ct) y Probabilidad Score
En este estudio, el ARN fue extraído de FFPE se desliza por cualquiera de raspado o LCM. Estos métodos suelen dar lugar a la cantidad de ARN desfavorable e integridad. Debido a la escasez de estas muestras, no comprobamos la calidad del ARN después de que se extrajo. Después se lleva a cabo PCR en tiempo real, el valor promedio Ct de 5 genes de referencia se utiliza como una indicación de la calidad del ARN. la cantidad de ARN de baja o la integridad conducirán a una mayor Ct, lo que indica una condición no óptima de los materiales de ARN.
Estas 184 muestras analizadas tienen una amplia gama de valores de Ct gen de referencia promedio, desde el 21,7 al 36.3 (figura 1). La prueba de Kolmogorov-Smirnov mostró que estos valores ARG Ct se distribuyen normalmente (
P
= 0,2). La media y la mediana fueron 27,34 y 27,36, respectivamente. Un total de 29 muestras mostraron valores ARG Ct dentro del rango del 21,7 a 25, y 26 de ellos fueron correctamente predichas (89,7%). Para el rango de 25 a 30, 107 de 132 muestras (81,1%) fueron predicho correctamente. Para las muestras que tienen un mayor ARG Ct (& gt; 30), 18 de 23 muestras (78,3%) se predijeron correctamente. Una prueba de Chi-cuadrado de Pearson no mostró diferencias significativas entre estos 3 grupos (
P = 0,484
).
Un histograma del número de muestras en comparación con los genes de referencia promedio de valor de Ct muestra una distribución normal. Es posiblemente debido a la naturaleza de la calidad de la muestra (cantidad y la integridad) de LCM. También esta distribución normal apoya el punto de vista de que el valor Ct ARG es un buen indicador de la calidad de la muestra.
La puntuación de probabilidad es un indicador de certeza clasificación. En nuestra prueba, la puntuación varió de 0,28 a la 0,96 (Figura 2). En total, 121 de 184 muestras (65,8%) mostraron una probabilidad puntuación superior a 0,85, entre los que estaban mal clasificados sólo los orígenes de tumor de 6 muestras. El índice de concordancia fue del 95% (115/121). Las 63 muestras restantes tenían una puntuación de probabilidad inferior a 0,85, entre los que estaban mal clasificados 27 muestras. La tasa de acuerdo es mucho menor (57,1%, 36/63).
Un histograma del número de muestras en comparación con la puntuación de probabilidad muestra una distribución altamente sesgada. La mayoría de las muestras analizadas tienen una probabilidad más alta puntuación de 0,85 y tiene un muy alto índice de concordancia (95%).
La puntuación de probabilidad para todas las muestras tienen una correlación cercano a 0 (-0.003 ) con el valor Ct ARG. Una prueba t no mostró diferencias en el valor Ct ARG entre el grupo clasificado correctamente e incorrectamente clasificada (
P = 0,953
). Sin embargo, la puntuación de probabilidad muestra una diferencia significativa entre los grupos correctas e incorrectas (
P
= 1.794E-7).
Comparación de rendimiento de Primaria y Metástasis del sitio
Como ya se ha se describe, a excepción de los tipos 6 tumorales (piel, sarcoma, melanoma, mesotelioma, neuroendocrino, y linfoma), 139 muestras fueron representados por 17 tipos de tumores. De ellos, 102 (73,4%) eran del tumor primario, y 37 eran metástasis (26,6%). La precisión de la clasificación para el sitio y la metástasis de sitio primario fue del 86,3% (n = 102) y 73,0% (n = 37), respectivamente.
Para el grupo de metástasis, se evaluó el sitio de la biopsia y el resultado de la predicción. Dos muestras compartían la misma placa de tipos de tumores. Tanto de las muestras eran tumores de esófago gastro metástasis en el ovario y se predijo que el cáncer de ovario. Además, las células tumorales para ambas muestras se aislaron por LCM. Esta clasificación errónea podría ser causada por errores técnicos en LCM. Después de la eliminación de estas muestras 2, la tasa de acuerdo del grupo de metástasis fue del 77,1%.
En la práctica clínica, muchos cánceres primarios desconocidos fueron identificados por primera vez en los ganglios linfáticos. En la mayoría de estos casos, había células tumorales limitados y elevada contaminación de los linfocitos. En nuestro conjunto de datos, 19 muestras de tumor se obtuvieron de los ganglios linfáticos. La precisión global fue del 68,4% (n = 19).
De acuerdo con la prueba exacta de Fisher, el rendimiento de sitio primario, sitio de metástasis y muestras de metástasis de ganglios linfáticos no fue significativamente diferente (86,3%, 73,0% y 68,4% ;
P = 0,060
)
Un unidireccional ANOVA de genes promedio de referencia los valores de Ct y puntuaciones de probabilidad no mostró diferencias significativas entre el sitio primario, metástasis y grupos metástasis de ganglios linfáticos (ARG Ct.
P = 0,726
;. puntuación de probabilidad
P = 0,996
)
Comparación de rendimiento de LCM y el raspado
En total, 127 de los 184 especímenes fueron disecados por LCM para enriquecer las células tumorales en secciones, y se rasparon las 57 muestras restantes. La tasa de acuerdo es 91,2% (52/57) para el grupo de raspado y 78,0% (99/127) para el grupo de LCM, y esta disminución en el grupo de LCM es estadísticamente significativa (
P
= 0,03).
Además, el valor ARG Ct del grupo LCM se redujo significativamente por 2.48 (prueba t
P
= 3.75E-11) en comparación con el grupo de raspado (diferencia de medias). En general, las muestras LCM tienen una puntuación de 0,05 de probabilidad más baja que las muestras de raspado, y esta diferencia también es estadísticamente significativa (prueba t
P = 0,045
).
grado del tumor y Ensayo de rendimiento
Dentro de las 184 muestras, 90 tienen información sobre el grado del tumor (48,9%, 90/184) en sus informes patológicos. En total, 12 fueron bien diferenciados (grado bajo o grado I), 28 fueron moderadamente diferenciados (grado intermedio o de grado II) y 50 eran pobremente diferenciado o indiferenciado (de alto grado o grado III).
El índice de concordancia es 83,3% (10/12) en el grupo de grado I, 75% (21/28) para el grado II y 76% (38/50) para el grado III (tabla 4). Sin embargo, las diferencias de rendimiento no son estadísticamente significativas (prueba exacta de Fisher
P = 0,884
). La prueba ANOVA mostró también que tanto la puntuación de probabilidad y el valor Ct ARG no fueron significativamente diferentes entre los tres grupos (
P = 0,298 para
ARG Ct;
P = 0,096
para la puntuación de probabilidad) .
Comparación de rendimiento con un estudio anterior
En un estudio previo realizado por Ma et al., el ensayo THEROS CancerTYPE ID® (Versión 1) se evaluó mediante pruebas de 119 muestras tumorales FFPE. La precisión global fue del 82% dentro de 32 tipos de tumores procedentes de 26 orígenes tumorales.
En comparación con Thero CancerTYPE ID ® (versión 1), Thero CancerTYPE ID ® (versión 2) se desarrolló más tarde. La base de datos de referencia tumor se amplió a 2.206 muestras, y el algoritmo asociado se ajustó para permitir la predicción de la lista modificada de 30 tipos de tumores principales y 54 subtipos histológicos. En la prueba de conjunto de 187 muestras tumorales FFPE que representan a 28 de los 30 tipos de cáncer principales, la Thero CancerTYPE ID ® (versión 2) mostró una sensibilidad global del 83% en la versión anterior en una población estadounidense [11].
con el fin de comparar el rendimiento de equipo de prueba previa de Ma et al., con nuestros datos generados por el ensayo THEROS CancerTYPE ID ® (versión 2), los tipos de tumores anteriores de la ID CancerTYPE (Versión 1) se ajustaron para obtener un tumor comparables lista de tipos. Algunos subtipos de tumores del mismo origen, tales como de pulmón carcinoma de células pequeñas, escamosas de pulmón, de pulmón de células grandes y adenocarcinoma, se combinaron juntos. Mientras que algunos otros tipos de tumores que no habían sido ensayadas, tales como tumor cerebral y meningioma, fueron retirados. Finalmente, se obtuvo una lista de los 18 principales tipos de tumores comunes probados para ambos estudios. También el rendimiento del ensayo ha sido comparada como se ilustra en la Tabla 5.
Con el fin de comparar el rendimiento global de Thero CancerTYPE ID ® (versión 2) realizado en la población estadounidense con nuestro estudio en la población china, 5 principales tipos de tumores que no fueron probados en este estudio fueron retirados para obtener un comparables 23 tipos de tumores en 171 muestras.
la tasa general de acuerdo es del 84,8% (89/105) para la primera prueba de conjunto de Thero CancerTYPE ID ® (Versión 1) y 84,6% (121/143) en nuestro estudio. Una prueba de Chi-cuadrado de Pearson no muestra diferencias significativas (
P = 0,975
). (Tabla 5).
La comparación entre la prueba de conjunto de 187 muestras y este estudio mostró una tasa de acuerdo del 83,6% (143/171) frente al 82,1% (151/184). No se encontraron diferencias significativas (
P = 0,697
). (Tabla 6).
Discusión
Para determinar el origen de un tumor, los médicos deben revisar el historial médico, realizará un examen físico cuidadoso, realizar diferentes tipos de endoscopias y utilizar varias imágenes dispositivos, como la mamografía, tomografía, resonancia magnética o PET. IHC es también un tratamiento de referencia actual en el diagnóstico de tumores. Sin embargo, incluso con un panel creciente de anticuerpos, la tasa de éxito de la determinación del origen del tumor no es completamente satisfactoria. Un meta-análisis mostró que un extenso estudio diagnóstico IHC identificó correctamente el sitio principal para el 66% de todas las muestras de metástasis [3]. perfiles de expresión génica se ha utilizado para la clasificación de tumor en muchos estudios [6] - [9], [13]. Sin embargo, en la práctica clínica, los médicos se encontrarán con todo tipo de muestras de tumores, metástasis de ganglios linfáticos con el cáncer primario, a partir de la biopsia con aguja fina para la resección de la cirugía, desde bien diferenciado a los tumores poco diferenciados y con una variedad de la cantidad y la integridad del ARN. Se necesita un ensayo de perfilado molecular que se puede aplicar a todos los tipos de muestras. Por otra parte, debido a la complejidad y la naturaleza cuantitativa de dicha tecnología, un proceso paso a la inclusión de la muestra y el tratamiento estándar de la muestra se debe aplicar para obtener un resultado un rendimiento comparable y reproducible.
En este estudio, hemos evaluado el rendimiento de la THEROS CancerTYPE ID®, una PCR en tiempo real basado en la expresión de ARNm de 92 genes de perfiles del panel, con 184 muestras de tejido FFPE de pacientes chinos. Este estudio se realiza a ciegas y de forma independiente en un laboratorio externo, bioTheranostics Inc., utilizando muestras almacenadas en el banco de tejidos de FDUSCC. Este estudio demostró que el ensayo CTID pudo realizarse cuidadosamente fuera del laboratorio CLIA en los Estados Unidos con diferentes muestras tomadas de la población china y muestran un rendimiento comparable. Además, también tratamos de explorar el efecto de varios subgrupos de la muestra.
Publicado genes basados en ensayos de expresión CUP a menudo tienen algunos criterios de inclusión de la muestra sobre la representación del tumor, necrosis mínima y la calidad del ARN total. . Por ejemplo, en la obra de Rosenfeld et al, la mayoría de muestras incluidas (& gt; 90%) tenían tumor, al menos, 50% en el área de la sección, y se necesitaba 5 g de RNA total [9]. . En el trabajo de Monzon et al, era necesario un examen visual por los patólogos, y al menos 60% de representación tumor y & lt; se incluyeron 20% de necrosis [7], [8]. En el anterior estudio de evaluación de la THEROS CancerTYPE ID® por Ma et al., El contenido medio de los tumores de todas las muestras fue de aproximadamente el 65% [6].
Con la aplicación de LCM, THEROS CancerTYPE ID® (Versión 2) es capaz de tratar las muestras con células tumorales diseminadas, tales como metástasis en los ganglios linfáticos. En nuestros datos, aunque se observa una disminución del rendimiento en el grupo de LCM, todavía mostró una tasa de acuerdo 78%.
Sin embargo, existen dificultades técnicas cuando se utilizan LCM. Debido a que las células tumorales altamente dispersas y la baja presencia del tumor en algunos ejemplares, la baja cantidad de ARN, la contaminación con células circundantes, tales como los fibrocitos, linfocitos o áreas necróticas, y la degradación del ARN durante la coloración y la disección, QRT-PCR resultados se pueden cambiar .
En nuestros datos, la integridad y la baja cantidad de ARN no afectó significativamente los resultados de la clasificación. Se ha observado una disminución de la sensibilidad, con un aumento del valor Ct ARG, pero esta diferencia no fue estadísticamente significativa. Además, no se encontraron diferencias en ARG Ct entre el grupo clasificado correctamente e incorrectamente clasificada.
La contaminación también se ha encontrado en por lo menos 2 muestras. Ambas muestras son gastro metástasis tumorales esofágico para el ovario. Las muestras se tomaron desde el sitio metastásico, y ambos se predijo como el cáncer de ovario. Teniendo en cuenta estas dificultades técnicas, una disminución en el rendimiento de la clasificación de un 91% en muestras de raspados a 78% en las muestras LCM parece inevitable.
En la práctica clínica, las metástasis a menudo aumentan la demanda para el origen del tumor primario a ser identificado rápidamente y precisa. Sin embargo, muchos estudios anteriores ya habían descrito el cambio en la morfología, IHC y mRNA perfil. Este cambio se traducirá en una disminución de la precisión de la clasificación por patólogos o pruebas moleculares basados en los perfiles de expresión de genes. En nuestros datos, los tumores primarios mostraron la sensibilidad más alta, con un índice de concordancia de 86,3%. Todos los 37 tumores metastásicos mostraron un índice de concordancia del 73%. Para algunos pacientes, el único sitio de metástasis identificado es el ganglio linfático. También se calculó el índice de concordancia de las muestras 19 de metástasis de ganglios linfáticos y obtuvimos sensibilidad del 68,4%. Sin embargo, esta disminución no es significativa (
P
= 0,06).
El grupo tenía metástasis más muestras LCM. Es difícil determinar si la disminución de rendimiento se debe principalmente a cambios en el perfil de expresión relacionadas con metástasis o la contaminación durante la LCM. Además, el tamaño limitado de la muestra dentro del grupo de metástasis hizo el resultado menos convincente.
El grado del tumor también puede cambiar el perfil de la morfología y la expresión. Los tumores poco diferenciados son a veces difíciles de identificar y provocarán un mal diagnóstico. Sin embargo, en nuestros datos, las muestras de tumores de grado III 50 tenían un índice de concordancia del 76%, y las diferencias de rendimiento entre los tres grados no fueron estadísticamente significativas (p = 0,884).
Anteriormente, se habían realizado dos ejercicios de validación mediante el uso de muestras para las que el origen del tumor ya se identificó en la población estadounidense. Nuestro estudio mostró que el rendimiento global de THEROS CancerTYPE ID ® (versión 2) en la población china es comparable a la prueba anterior con THEROS CancerTYPE ID ® (versión 1) [6] y la prueba vuelve a enviar por THEROS CancerTYPE ID ® (versión 2) en población estadounidense [11]. Sin embargo, el rendimiento de algunos tipos de cáncer, como el cáncer de endometrio y ovario, se disminuyó en la población china. Los tumores como el cáncer de pulmón y el cáncer de intestino grueso mostraron un aumento en el rendimiento en estas pruebas de validación. Sin embargo, debido a las muestras limitadas de cada tipo de tumor y el tipo histológico, es difícil confirmar si esta diferencia de rendimiento fue causada por una diferencia de perfil de expresión entre diferentes poblaciones o el tipo de histología probado
.
Aunque un total de 184 muestras se incluyeron en el estudio, para ciertos tipos de tumor con muestras pequeñas, el análisis han sido incapaces de conseguir la suficiente potencia estadística. Tales como el cáncer suprarrenal, se probaron sólo 2 muestras. estudios adicionales con el tamaño de la muestra ampliada para ciertos tipos de tumores, tanto en hechos necesarios en el futuro.
Conclusión
Se evaluó el rendimiento de la THEROS CancerTYPE ID® en 184 muestras de tumor chinos de 23 tipos. El ensayo se realizó a ciegas y de forma independiente. Un criterio de inclusión bajo la muestra se fijó (al menos 300 células tumorales), y ninguna de las muestras fue excluido durante la inclusión y la fase experimental.
Un resultado comparable con el trabajo previo se generó, con un rendimiento total de 82,1%.