Extracto
Para identificar los cambios de regulación transcripcional que son más extendida en los tumores sólidos, se realizó un análisis por cáncer sartén usando más de 600 pares de tumores y tejidos normales adyacentes perfilados en el Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA) . Frecuencia de la regulación positiva se calculó a través de los niveles de expresión de ARNm, los niveles de expresión de microARN y sitios de metilación CpG y se proporciona aquí como un recurso. alteraciones asociadas a tumores más frecuentes fueron identificadas usando un enfoque estadístico simple. Muchos de los cambios identificados fueron consistentes con el aumento de la tasa de división celular en el cáncer, tales como la sobreexpresión de los genes del ciclo celular y la hipermetilación de sitios de unión PrC2. Sin embargo, también hemos identificado alteraciones proliferación independiente, que ponen de relieve nuevas vías esenciales para la formación de tumores. Casi todos los receptores de GABA son frecuentemente downregulated, con el gen que codifica la subunidad delta (GABRD) fuertemente upregulated como la notable excepción. genes metabólicos son también frecuentes downregulated, en particular alcohol deshidrogenasas y otros consonancia con la función disminuida de la fosforilación oxidativa en las células cancerosas. Las alteraciones en la composición de los receptores de GABA y el metabolismo pueden jugar un papel clave en la diferenciación de células cancerosas, independiente de la proliferación
Visto:. Bruto AM, Kreisberg JF, Ideker T (2015) Análisis de Tumor Matched y Normal Revela perfiles transcripcional y epigenéticos señales compartidas entre los tipos de cáncer. PLoS ONE 10 (11): e0142618. doi: 10.1371 /journal.pone.0142618
Editor: Jindan Yu, de la Northwestern University, Estados Unidos