Extracto
Aplicaciones
El análisis de los
MET
número de copias de genes (CN) ha sido considerado como un posible biomarcador para predecir la respuesta a las terapias dirigidas-MET en varios tipos de cáncer. Sin embargo, los actuales métodos estándar para determinar
MET
CN son SNP 6.0 en el ADN genómico de líneas celulares de cáncer y de fluorescencia
In situ
hibridación (FISH) en modelos de tumores, respectivamente, que son costosos y requieren habilidades técnicas y el resultado avanzado en juicios subjetivos relativamente. Por lo tanto, se empleó un método novedoso, gotita digital de PCR (ddPCR), para determinar el
MET
número de copias de genes con alta exactitud y precisión.
Métodos
El ADN genómico de cáncer de líneas celulares o modelos tumorales fueron probados y comparados con el
MET
gen CN y
MET /CEN-7
relación determinada por SNP 6.0 y FISH, respectivamente.
resultados
En las líneas celulares, la asociación lineal de la
MET
CN detectada por ddPCR y SNP 6.0 es fuerte (correlación de Pearson = 0,867). En modelos de tumores, el
MET
CN detectado por ddPCR fue significativamente diferente entre los
MET
grupos de amplificación de genes y no de amplificación de acuerdo con FISH (media: 15,4 frente a 2,1;
P
= 0,044). Teniendo en cuenta que
MET
amplificación de genes se define como
MET
NC & gt; 5,5 por ddPCR, la tasa de concordancia entre ddPCR y FISH fue del 98,0%, y el coeficiente kappa de Cohen fue 0,760 (IC del 95%, 0,498-1,000;
P
. & lt; 0,001)
Conclusiones
los resultados demostraron que el método ddPCR tiene el potencial para cuantificar el gen
MET
el número de copias con alta precisión y exactitud en comparación con los resultados de SNP 6.0 y pescado en líneas celulares de cáncer y muestras de tumores, respectivamente
Visto:. Zhang y, Tang y, Du Z (2016) Detección de
MET
copia de genes Número de muestras de cáncer, según el método de PCR de la gotita digital. PLoS ONE 11 (1): e0146784. doi: 10.1371 /journal.pone.0146784
Editor: Soheil S. Dadras, Universidad de Connecticut Health Center, Estados Unidos