Extracto
Fondo
metilación aberrante de islas CpG adquiridos en las células tumorales en regiones promotoras juega un papel importante en la carcinogénesis. La evidencia acumulada demuestra
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hipermetilación del promotor del gen está implicado en el carcinoma de pulmón de células no pequeñas (NSCLC), indica que puede ser un biomarcador potencial para esta enfermedad. El objetivo de este estudio es evaluar la frecuencia de
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promotor del gen de metilación entre el tejido canceroso y los controles de autólogas con un resumen de los estudios publicados.
Métodos
Por buscar bases de datos Medline, EMBSE y CNKI, los estudios publicados sobre abiertas
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promotor del gen de metilación y CPNM fueron identificados mediante una estrategia de búsqueda sistemática. Las probabilidades combinadas de
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metilación del promotor en el tejido de cáncer de pulmón en comparación con los controles de autólogas se calcularon por el método de meta-análisis.
Resultados
Treinta y cuatro estudios, incluyendo 2 652 pacientes con CPNM con 5 175 muestras fueron incluidos en este meta-análisis. En general, la frecuencia de
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metilación del promotor varió de 17% a 80% (mediana 44%) en el tejido de cáncer de pulmón y de 0 a 80% (mediana 15%) en los controles autólogas, lo que indica la frecuencia de metilación en el tejido de cáncer era mucho más alta que en las muestras autólogas. También nos encontramos con una fuerte y significativa correlación entre el tejido tumoral y controles de autólogas
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frecuencia de metilación del promotor entre los estudios (coeficiente de correlación de 0,71, IC del 95%: 0,51-0,83,
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& lt; 0,0001). Y el odds ratio combinado de
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promotor de la metilación en el tejido canceroso (IC del 95%: 2,63 a 4,54) 3,45. Comparación con los controles bajo el modelo de efectos aleatorios
Conclusión
Frecuencia de
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promotor de la metilación en el tejido de cáncer era mucho más alto que en los controles autólogas, lo que indica la metilación del promotor juega un papel importante en la carcinogénesis del NSCLC. fuerte y significativa correlación entre el tejido tumoral y muestras autólogas de
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la metilación del promotor demostró un biomarcador prometedor para el CPCNP
Visto:. Gu J, Wen Y, Zhu S, F Hua , Zhao H, Xu H, et al. (2013) Asociación entre
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la metilación del promotor y de células no pequeñas Cáncer de pulmón: Un meta-análisis. PLoS ONE 8 (4): e60107. doi: 10.1371 /journal.pone.0060107
Editor: Surinder K. Batra, Universidad de Nebraska Medical Center, Estados Unidos de América
Recibido: November 26, 2012; Aceptado: February 21, 2013; Publicado: 5 Abril 2013
Derechos de Autor © 2013 Gu et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Los autores no tienen el apoyo o la financiación para reportar
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
cáncer
pulmón, representando el 13% (1,6 millones ) del total de casos y el 18% (1,4 millones) de las muertes, fue el cáncer más comúnmente diagnosticado, así como la principal causa de muerte por cáncer en todo el mundo en el año 2008 [1]. Beneficiándose de la lucha contra el tabaco, la tasa de muerte por cáncer de pulmón está disminuyendo en los países desarrollados occidentales. Sin embargo, está aumentando en los países en desarrollo como China, donde la prevalencia del tabaquismo sigue aumentando [1]. cáncer de pulmón de células no pequeñas, que representan el 80% de los carcinomas primarios de pulmón, era el tipo más común con una tasa de supervivencia a 5 años oscila entre 2 y 47% para las diferentes etapas clínicas e histopatológicas [2]. Acerca de veinte por ciento de los pacientes con CPNM son adecuados para la cirugía en el momento del diagnóstico, y el otro 80%, recibiendo quimiorradiación convencional, sólo puede sobrevivir un período corto de tiempo [3]. Por lo tanto, el diagnóstico precoz es esencial para la supervivencia prolongada de esta enfermedad
.
Tumor supresor de promotor del gen de metilación se considera como un importante mecanismo para su inactivación, que se produce en la primera etapa de la tumorigénesis para muchos tipos de cáncer [2], [4]. Por lo tanto, la detección de la metilación aberrante de genes supresores de tumores podría ser un método potencial para el diagnóstico precoz de diversos tipos de cáncer, incluyendo el NSCLC. El estado de metilación aberrante de los tumores primarios se puede detectar mediante PCR específica de metilación (MSP), que podría detectar un alelo metilado en presencia de 10
3-10
4 alelos metilados [5]. Y muchos estudios también han demostrado que la metilación específica del cáncer de genes supresores de tumores se puede encontrar en muestras clínicas autólogas tales como plasma, suero, esputo o lavado broncoalveolar (BALF) de NSCLC, lo que indica que puede ser biomarcadores potenciales para no invasiva diagnóstico de esta enfermedad [6] - [8]. Pero la frecuencia de metilación del ADN en los genes supresores de tumores entre el tejido de cáncer y muestras clínicas autólogas varió mucho entre los estudios publicados con el tamaño pequeño de la muestra. De acuerdo con ello, se realizó un meta-análisis sobre la base de los artículos publicados de
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promotor de cáncer de pulmón metilación y con el fin de identificar mejor la correlación de estado de metilación entre el tejido del cáncer y las muestras autólogas.
Materiales y Métodos
estudios de identificación
El procedimiento de selección de los estudios se ilustra en las (los elementos de Información preferidos para revisiones sistemáticas y meta-análisis) PRISMA diagrama de flujo comunicado (Fig. 1 ). Los estudios acerca de
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promotor del gen de metilación en el CPNM, publicado antes de enero de 2012, se identificaron a través de una búsqueda sensible electrónica de bases de datos Medline, EMBSE y CNKI. La estrategia de búsqueda se ha realizado mediante "-de células no pequeñas de pulmón Carcinoma" Y "metilación", como el Medical Subject Headings (MeSH) y el correspondiente plazo la búsqueda de texto libre de palabras. El título y el resumen de los artículos identificados iniciales fueron evaluados para comprobar su adecuación a los criterios de inclusión. A continuación, todos los artículos potencialmente relevantes fueron evaluados en el documento de texto completo y todas las referencias de los artículos incluidos fueron escaneados más para el análisis adicional.
(datos de algunos estudios se utilizó más de una vez, ya que faciliten los datos en múltiples controles. )
Extracción de datos y Evaluación de la Calidad
los criterios de inclusión de la meta-análisis fue el siguiente:. los pacientes se limitan a carcinoma de pulmón de células no pequeñas, sin restricción de etapas. Los métodos utilizados para la detección de la metilación se limitan a la reacción en cadena de la polimerasa específica de metilación (MSP), en tiempo real MSP (RT-MSP) y MSP cuantitativa (q-MSP). Los resultados fueron los
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estado de metilación del promotor del gen en el tejido tumoral y el correspondiente controles autólogas, incluyendo el tejido de pulmón no de tumor (NLT), plasma, esputo y líquido de lavado broncoalveolar (BALF) de los pacientes con CPNM . La información sobre el nombre del primer autor, año de publicación, en la región de los sujetos incluidos y estado de metilación de
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gen en el tejido canceroso y los controles fueron registrados de cada estudio. La información detallada sobre cada artículo fue extraído por dos revisores (JG y PA) y después se comprueba por el tercer revisor (SZ) como se describe en el Manual Cochrane para las revisiones sistemáticas [9].
Análisis estadístico
STATA /sE 11.0 (StataCorp LP, http://www.stata.com) y MetaAanlyst 3,13 (http://www.biomedcentral.com) se utilizaron para el análisis estadístico. El estado de metilación en el tejido tumoral y los controles se calculó como tasa de metilación. Las probabilidades de
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promotor de la metilación en el tejido de cáncer de pulmón en comparación con los controles de autólogas se expresó como la odds ratio (OR) y sus intervalos de confianza del 95% (IC). La heterogeneidad estadística entre los estudios se evaluó mediante chi-cuadrado (χ
2) prueba [10], y la inconsistencia se calcula I
2 [11]. Si la heterogeneidad fue significativa (χ
2
p Hotel & lt; 0,1 o I
2 & gt; 50%), se empleó el análisis de meta-regresión para una evaluación adicional de la fuente de heterogeneidad. Y se realizó un análisis de subgrupos según la fuente de heterogeneidad para una evaluación adicional. Por último, si se detectó una heterogeneidad significativa entre los estudios y se ha encontrado ninguna explicación clínico apropiado de la heterogeneidad, se utilizó el método de efectos aleatorios (método de DerSimonian-Laird) para agrupar los datos. A la inversa, sin heterogeneidad significativa entre los estudios, se adquirió el método de efectos fijos. Y análisis de sensibilidad también se realizó para evaluar la contribución de cada estudio para los resultados finales de la meta-análisis. El gráfico en embudo de Begger y la prueba de Egger se utilizaron para evaluar el posible sesgo de publicación [12]. La correlación de
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promotor del gen de metilación entre el tejido tumoral y muestras de control clínicos autólogas se compararon mediante la prueba de correlación de Spearman.
Resultados
Un total de trescientos noventa y cuatro estudios se identificaron inicialmente mediante la búsqueda en las bases de datos electrónicas. Y 268 potenciales artículos aplicables, publicados entre 2000 y 2012, fueron recuperados en texto completo. De ellos, 234 se excluyeron los estudios por las razones: cerca de otros genes estado de metilación sin
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, publicación duplicada, no hay datos de los resultados apropiados, sobre líneas celulares, sobre animales, sin los controles adecuados. Por último, treinta y cuatro estudios [6] - [8], [13] - [43] de que los datos de frecuencia de metilación en no microcítico de pulmón tejido de carcinoma, y los controles de autólogas finalmente fueron agrupados en el meta-análisis (Fig . 1). De los 34 artículos incluidos, 25 se llevaron a cabo en Asia y el Pacífico (18 en la parte continental de China, 3 en Taiwán, 1 en Hong Kong, 2 en Corea, 1 en Japón), 4 en EE.UU. y 5 en Europa (3 en Italia, 1 en Grecia, 1en Inglaterra). Algunos de los estudios incluidos informaron estado de metilación por separado en función del sexo, tipos de histopatología, el tabaquismo y las fases del tumor. Las características generales de los estudios incluidos se resumen en la tabla 1.
combinaron los resultados del metanálisis
En el meta-análisis, los datos de 2 652 cáncer no microcítico de pulmón de células los pacientes incluidos 5 175 muestras se combinaron con una odds ratio de 3,45 (IC del 95%: 2,63 a 4,54) en el tejido tumoral frente a los controles autólogas bajo el método de efectos aleatorios (Fig. 2). El análisis de sensibilidad indicó que el rango de la odds ratio (IC del 95%: 2,52 a 4,28) a la 3.28 3,57 (IC del 95%: 2,72 a 4,68) al omitir un solo estudio en el marco del modelo de efectos aleatorios (Fig. 3). Sólo muy ligero cambio de odds ratio se observó en el análisis de sensibilidad, lo que demostró que el odds ratio agrupado no fue sensible a un solo estudio.
Los cuadrados y las líneas horizontales representan la O y el 95% CI específico del estudio . El área de los cuadrados refleja el peso (inversa de la varianza). El diamante representa el OR agrupados e IC del 95%.
Los círculos y las líneas horizontales representa el OR agrupados e IC del 95% al omitir un determinado estudio. El área de los círculos refleja el peso (por tamaño de la muestra). El diamante representa el OR agrupados y el 95% IC mediante la inclusión de todos los estudios.
Meta-regresión y análisis de subgrupos
Como se encontró que la heterogeneidad significativa entre los estudios (I
2 = 69,8%, χ
2 = 135,7,
P Hotel & lt; 0,0001), el meta-regresión se realizó para una evaluación adicional de la fuente de heterogeneidad con el método de modificación Knapp-Hartung. Asumimos la heterogeneidad puede surgir a partir de los tipos de control, la edad de los sujetos, el origen étnico de los pacientes, los tipos histológicos, el tabaquismo, las fases del tumor, tamaño de la muestra y los métodos de detección de metilación. Sin embargo, los datos completos del subtipo sólo pueden ser obtenidos en los métodos de control de tipos, origen étnico, tamaño de la muestra y la detección de metilación. Por lo tanto, la regresión se llevó a cabo mediante la inclusión de cada uno de los subtipos de datos completos en las covariables. En los resultados del meta-regresión, no se encontró una fuente de heterogeneidad significativa en todos ellos, excepto para el tipo de control (coeficiente = -0.36,
P = 0,018
, Tabla 2). El τ
2 disminución de 0,48 a 0,37, lo que indica 23% de heterogeneidad [/0.48 (0,48 a 0,37)] puede explicarse por diferentes tipos de control. Sin embargo, el ajuste de todos los otros factores con datos completos mencionados anteriormente reduce la varianza residual a través de estudios sólo en un 6%, lo que indica que los métodos de detección de la etnicidad, tamaño de la muestra y de metilación diferentes pueden explicar sólo una ligera proporción de la heterogeneidad entre los estudios. Pero para los conservadores, todavía realizó un análisis de subgrupos en función de las posibles fuentes de heterogeneidad. En el análisis de subgrupos, las probabilidades significativas de la
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promotor de la metilación en el tejido tumoral, sólo se modificó en los no fumadores (OR = 4,53 IC del 95%: 0,68 a 30,26,
P
= 0,120) y el control autólogo de esputo (OR = 1,49, IC del 95%: 0,86 a 2,57,
P = 0,151
, Tabla 3). Sin embargo, el cambio de los resultados deben interpretarse con precaución, ya que sólo un pequeño tema fue incluido en los no fumadores y los análisis de control de esputo subgrupo (Tabla 3).
Correlación de
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promotor del gen de metilación entre el tejido tumoral y autólogos muestras clínicas
En general, la frecuencia de
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la metilación del promotor varió del 17% al 80% (mediana 44%) en el tejido de cáncer de pulmón y de 0 a 80% (mediana 15%) en los controles autólogas de acuerdo con los estudios incluidos. La frecuencia de metilación en el tejido de cáncer era mucho más alto que en los controles clínicos. También nos encontramos con una fuerte y significativa correlación entre el tejido tumoral y muestras autólogas de
P
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promotor de la metilación en todos los estudios (coeficiente de correlación de 0,71, IC del 95%: 0,51-0,83,
P
& lt; 0,0001,). Higo. 4 demuestra que la mayoría de los estudios se encuentran por encima de la línea de igualdad entre el tejido y los controles de tumor, que ilustra el exceso de tejido tumoral. En las muestras de plasma, la frecuencia de metilación varió de 6% a 74% (mediana 33%), que mostró una correlación significativa de
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metilación del promotor con el tejido de cáncer (coeficiente de correlación 0,72, 95% CI : 0,27 a 0,91,
P = 0,0059
, la figura 5A). También se encontró que la correlación similar entre el tejido de cáncer de esputo y /BALF (coeficiente de correlación de 0,85, IC del 95%: 0,35 a 0,97,
P = 0,0082
, la figura 5B.). La fuerte y significativa correlación entre el tejido tumoral y controles autólogas clínicos indica que la detección de estado de metilación en las muestras clínicas, tales como plasma, esputo o BALF puede ser un método potencial para el diagnóstico de NSCLC sin invasión.
publicación Bias
Un gráfico en embudo de Begg y la prueba de Egger se utilizaron para evaluar posibles sesgos de publicación [13]. Como se demuestra en la Fig. 6, la forma del gráfico en embudo mostraron una ligera asimetría en la parte inferior, con una tendencia a la presentación de informes más grandes probabilidades relación. Sin embargo, la prueba de Egger no se ilustran ninguna evidencia de sesgo de publicación estadística (t = 0,78,
P
= 0,44).
Cada círculo vacío representa un estudio separado de la asociación indicada. El área del círculo hueco refleja el peso (inversa de la varianza). La línea horizontal representa la magnitud media del efecto.
Discusión
La hipermetilación de inlsnds CpG en regiones promotoras es uno de los mecanismos importantes para la inactivación de los genes supresores de tumores, que implica la apoptosis , ciclo celular, reparación del ADN y etc. la desregulación del sistema de control del ciclo celular se consideró importante en el procedimiento de la tumorigénesis.
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es conocido como uno de los más importantes genes supresores de tumores, que desempeña un papel importante en la regulación del ciclo celular. Este gen genera varias variantes de transcripción que regulan la transición G1-S del ciclo celular [44]. En NSCLC, este producto de genes se ha demostrado que la ausencia en aproximadamente 32-70% de las células del cáncer [45], [46]. Sin embargo, las mutaciones de la
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gen sólo se encuentran para ser 0-10% [25], lo que indica la pérdida de expresión de -60%, al menos el 22% de
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se asocia con otros mecanismos, como la hipermetilación del promotor.
en el CPNM, la hipermetilación del promotor de
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gen que codifica un inhibidor de la quinasa dependiente de ciclina, se ha encontrado en variedad de estudios con una frecuencia de 17% [26] a 83% [23] en el tejido tumoral y 6% [29] a 80% [23] en muestras clínicas autólogas. La frecuencia de metilación aberrante de este gen varió de 6% [17] a 74% [18] en suero o plasma y 10% [27] a 80% [23] en el esputo o BALF. Aunque muchos estudios han informado de la prevalencia de
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metilación de genes en el CPNM, la asociación entre el cáncer y el tejido autólogo muestras clínicas no era definitivo con las razones de tamaño pequeño de la muestra. Por lo tanto, se realizó un meta-análisis para cuantificar la asociación metilación de la enfermedad, mediante la agrupación de los datos de los estudios publicados, que pueden aumentar el poder estadístico.
En el presente estudio, se incluyeron un total de treinta y cuatro artículos que reportan datos de frecuencia de metilación en el tejido no pequeñas carcinoma pulmonar de células y las muestras autólogas. La frecuencia de
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metilación del promotor varió de 17% a 80% (mediana 44%) en el tejido de cáncer de pulmón y de 0 a 80% (mediana 15%) en los controles autólogas, que muestra una gran variedad de tasa de metilación entre los estudios. En general, el odds ratio agrupado de metilación (IC del 95%: 2,63 a 4,54) 3,45 en el tejido tumoral en comparación con las muestras autólogas bajo el método de efectos aleatorios, lo que indica la
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la metilación del promotor juega un importante papel en la tumorigénesis del NSCLC.
en el análisis de subgrupos, las probabilidades de metilación en el tejido tumoral osciló entre 1,49 (0,86 a 2,57) a 5,49 (3,77 a 8,00) al comparar a diferentes conjuntos de muestras autólogas (pulmón no tumoral tejido, plasma, esputo y BALF). Las probabilidades de metilación en el tejido tumoral no fue significativa cuando se compara con el esputo (
P = 0,151
) indica que no hay frecuencia diferente estadístico de
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se observó 16INK4A
metilación del promotor entre el esputo y el tejido de cáncer en pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas. Sin embargo, los resultados deben interpretarse con cautela, ya que sólo un pequeño tema fue incluido en el análisis de subgrupos de control de esputo. En otros subgrupos, las probabilidades de metilación en el tejido tumoral osciló entre 2,53 (1,85 a 3,44) a 7,28 (3,89-13,62) de acuerdo a las características clínicas tales como el sexo, el origen étnico, la histología, el tabaquismo y etapas. Y las probabilidades más altas 7,28 (3,89-13,62) en el tejido tumoral se encontró en los fumadores, lo que demuestra el fumar puede desempeñar un papel importante en la metilación de
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regiones promotoras, que estaba de acuerdo con estudios anteriores [47]. Las probabilidades más bajas de 2,53 (1,85-3,44) en el tejido tumoral se muestran en el adenocarcinoma, lo que sugiere la influencia de
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metilación del promotor se redujo en este tipo de tipo histológico.
en general, una fuerte y significativa correlación entre el tejido tumoral y muestras autólogas en
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metilación del promotor se encuentra entre los estudios (coeficiente de correlación de 0,71, IC del 95%: 0,51 a 0,83,
P
& lt; se encontró 0,0001), lo que sugiere la mayor frecuencia de metilación en la muestra autóloga, la mayor prevalencia de metilación se puede observar en el tejido de cáncer en pacientes con NSCLC. Y esto indica que la detección de estado de metilación en muestras autólogas tales como plasma, esputo o BALF puede ser un método potencial para el diagnóstico de NSCLC sin invasión. Y según Esteller [48], la detección de promotor hypermethylaiton en los genes supresores de tumores tenía uso clínico importante, como herramienta de diagnóstico, biomarcadores para el pronóstico, predictor de la respuesta al tratamiento y
etc.
consideración Sin embargo, varias limitaciones necesarias de este estudio. La primera limitación es la heterogeneidad. En este meta-análisis se existía una heterogeneidad significativa entre los estudios (I
2 = 69,8%, χ
2 = 135,7,
P Hotel & lt; 0,0001). Aunque, el meta-regresión se realizó para una evaluación adicional de la fuente de heterogeneidad con el método de modificación de Knapp-Hartung, datos completos sólo se pueden obtener en los subtipos de los tipos de control, etnia, tamaño de la muestra y métodos de detección de metilación. En los resultados del meta-regresión, sólo una pequeña parte de la heterogeneidad puede explicarse por diferentes etnias, tamaño de la muestra y los métodos de detección de metilación, lo que indica que debe existir alguna otra fuente de heterogeneidad entre los estudios. En segundo lugar, aunque no hay evidencia de sesgo de publicación se encontró en este estudio mediante la prueba de Egger, el pequeño número de estudios y posible existencia de artículos no publicados son inevitables y completamente descartar esta posibilidad en todos los aspectos es difícil [49]. La tercera limitación es el análisis de co-variable de la metilación. Lo que demuestra por los estudios anteriores, la hipermetilación del promotor se asoció con muchas características clínicas, demográficas y moleculares, como el género, la edad, el tabaquismo y el origen étnico [21], [23], [28]. Y los eventos de metilación mismos también pueden estar vinculados e interactúan unos con otros, lo que sugiere el análisis de metilación de un solo gen puede ser lejos de ser suficiente [50]. En cuarto lugar, como sabe que la metilación del promotor se correlaciona con la reducción de la expresión génica. Sin embargo, sólo tres artículos incluidos en este meta-análisis proporciona el
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16 estado de la expresión génica
mediante el uso de análisis inmunohistoquímico. Los datos de los pacientes individuales (DPI) para la relación entre el estado de metilación y la expresión de este gen no se dan en los artículos originales. Para el
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mutación, con cuidado examen de los estudios incluidos, sólo se encontraron dos estudios [13], [25] informó de la
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mutación en exón 1, 2a y 2b regiones. Y ninguno de los 34 artículos incluidos informó el estado de la mutación de
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Hoteles en 16INK4A región promotora.
En conclusión, los resultados de este estudio mostraron una mayor prevalencia de metilación en el tejido tumoral frente a muestras autólogas en pacientes con NSCLC, que demuestran la metilación del promotor juega un papel importante en la carcinogénesis. Y la correlación significativa entre el tejido tumoral y controles clínicos de
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promotor del gen de metilación indicó un prometedor biomarcador para el diagnóstico de NSCLC. Sin embargo, importantes cuestiones metodológicas y validación siguen pendientes de resolución para proporcionar los datos que permitirá a esta información para ser considerados para su posterior uso clínico [51].