Extracto
O
metiltransferasa 6-metiltransferasa-ADN (MGMT) es una de las principales proteínas de reparación del ADN que contrarresta la alkalyting agente inducida por daño en el ADN mediante la sustitución de O
6-metiltransferasa (lesión mutagénica) de vuelta a la guanina, finalmente, la supresión de los errores de desadaptación y entrecruzamientos de doble cadena. alteraciones Exonic en forma de polimorfismo de nucleótido pueden resultar en la estructura de proteínas alterada que a su vez puede conducir a la pérdida de la función. En el presente estudio, nos centramos en la población temía por la alta exposición a agentes alquilantes, debido a sus hábitos dietéticos típicos y especializados. Con este fin, los pacientes con cáncer gástrico agruparon hacia fuera de se selecciona la población para la detección de mutaciones de un error región propensa específico de gen MGMT. Se encontró que casi el 40% de las muestras estudiadas neoplásicas albergaba mutación sin sentido en el codón
151 resultante en serina a isoleucina variación. Esta variación resultó en el logro de la desorden estructural, posteriormente subsiguiente en una importante variación estequiométrica en dominio de reconocimiento, la unión del sustrato y el bucle de la selectividad del sitio activo de la proteína MGMT, como se observa bajo el microscopio virtual de simulación de dinámica molecular (MDS). La idea atómica en proteína MGMT por enfoque computacional mostró un cambio significativo en el patrón de enlace de hidrógeno molecular intra, lo que conduce a las anomalías estructurales observados. Para examinar más a fondo las implicaciones de mutación en los enchufes de regulación de MGMT que contiene la proteína en una posición de unión al ADN, un análisis basado en el MDS se llevó a cabo en adelante, todos los aminoácidos que interactúan físicamente conocidos esencialmente agrupados en grupos en función de su posición y función. Los resultados generados por la agrupación física funcional de proteínas indicaron que la mutación identificada en la proximidad del sitio activo de la proteína MGMT provoca la desestabilización local y global de una proteína por cualquiera de la eliminación de los puentes de sal de estabilización en clúster C3, C4 y C5 o al desestabilizar localmente la "proteína estabilizante hing" mapeado sobre el grupo C3-C4, que precede al sitio activo
Visto:. Chikan NA, Bujari S, N Shabir, Amin a, S Shafi, Qadri RA, et al. (2015) Atómica La comprensión de la Altered O
6-metiltransferasa-ADN metiltransferasa proteína Arquitectura en el cáncer gástrico. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10.1371 /journal.pone.0127741
Editor Académico: Reiner Albert Veitía, Instituto Jacques Monod, Francia |
Recibido: 16 de diciembre de 2014; Aceptado: April 19, 2015; Publicado: 26 de mayo de 2015
Derechos de Autor © 2015 Chikan et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos: Todos los datos relevantes están dentro del apoyo de sus archivos de información en papel y
financiación:. la investigación fue financiada por la Universidad de VIT subvención asociado de investigación y el organismo de financiación no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:. los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
a pesar de la disminución, la enfermedad del cáncer gástrico, de acuerdo con GOLOBOCON 2012 es. siendo la tercera causa principal de muerte por cáncer en todo el mundo [1, 2]. En la patogénesis de esta enfermedad, diversas alteraciones genéticas y moleculares tienen lugar conduce a la transformación maligna de la mucosa gástrica [3]. Esta transformación es un proceso de múltiples pasos que implica las anormalidades en importantes funciones celulares tales como la reparación del ADN, la adhesión, la transducción de señales, la diferenciación celular y otros [4,5]. La alquilación de carcinógenos como N-nitrosodimetilamina, metilo Nitrosourea (NMU), N-metil-N'-nitro-N-nitroguanidina etc. conducen a la formación de O
6-metilguanina, un aducto de ADN cuya presencia conduce a la inducción de mutaciones ( G: C-A: T transición) y los resultados en el desarrollo del cáncer [6-10].
MGMT
es la enzima responsable de la reparación aductos O
6-metilguanina [11-13]. MGMT es una enzima suicida que elimina un grupo metilo de la S
6-posición en guanina y la transfiere a su propio residuo de cistina en el codón 145 en la proteína, inactivando de este modo en sí durante la reparación guanina [14]. Bajo la exposición de NMU, los ratones MGMT-defectuosos han sido vistas a desarrollar cáncer [15], mientras que los ratones transgénicos que llevan como copias adicionales del gen MGMT extranjera eran menos propensos a la enfermedad [16] .La, el polimorfismo genético de esta enzima tiene demostrado ser un factor de riesgo potencial para el cáncer [17-22]. Por tanto, este estudio se centra en los perfiles mutacionales de error región propensa del Exón 5 de MGMT que codifica para el sitio activo de la proteína, es decir sitio activo rodeado por los dominios responsables de la celebración en DNA [13]. La población representativa de los pacientes con cáncer gástrico que ha sido seleccionado para este estudio presenta una cohorte única esencialmente siendo altamente expuestos a agentes alquilantes dietéticos [6, 23-28].
El uso de
Insilico
técnicas para conocer el efecto del polimorfismo en la estructura de la proteína y la dinámica ha sido en la práctica y una gran cantidad de trabajo se ha hecho en este sentido [29-32]. Los asistido por ordenador utilizando métodos de predicción basada en la predicción de la evolución y la estructura da una idea de la capacidad dañina del polimorfismo [33]. La dinámica molecular se pueden utilizar para observar los cambios conformacionales del polimorfismo puede infligir en la proteína. Estos cambios conformacionales en la estructura tridimensional de la proteína puede afectar a las afinidades fisiológicas y diversas interacciones vía bioquímica. Para examinar el efecto de la mutación en la evolución, así como a nivel atómico, las predicciones Insilico utilizando diferentes servidores así como MDS de la Wildtype (WT) y mutante (Mu) proteína MGMT se llevó a cabo. Para trayectorias de proteínas MDS y análisis de la interacción atómica, Gromacs se utilizaron herramientas incorporadas. Se realizó un análisis de componentes principales (PCA) para estimar la flexibilidad de ambas estructuras. paisajes de energía libre (FEL) de nativos y Mu MGMT fueron también estudiados para comprender el efecto de la mutación.
Resultados y Discusión
El segmento de exón 5 del gen MGMT, se amplificó con éxito de todas las muestras . Amplificados después de la secuenciación mostraron una mutación en el codón transversión 151AGC, cuyas secuencias se han presentado al GenBank números de acceso de rodamiento KM000795 y KM000796. fueron seleccionados meticulosamente en las herramientas de la silico para estudiar el posible efecto perjudicial de la mutación, de manera que cada factor se examinó y se verificó mediante otra herramienta que utiliza diferentes algoritmos. Los detalles de los servidores que se utilizan en nuestro estudio se describen en la Tabla S1, donde hay algoritmo, de trabajo y se le da criterios para la predicción. servidor seleccionado predice la mutación sea perjudicial. Las trayectorias de simulación MDS para una duración de 30 ns peso de proteínas y mutante se analizaron utilizando extensivamente gromacs herramientas incorporadas. S1 figura muestra una nsSNP en el codón 151 que conduce a una mutación sin sentido de Ser a Ile, si no en su forma de tipo salvaje ayuda en las interacciones proteína-ADN [34-36]. Como se muestra en la figura 1, wtMGMT. (PDBID: 1T39) SER 151, además de hacer la interacción electrostática normal con timina también formado dos enlaces de hidrógeno con él a través de nitrógeno de la amida
Fig 2 muestra las instantáneas de ambos WT y las estructuras de Mu en diferentes intervalos de tiempo, que estipula la sinopsis del efecto de la mutación sobre la dinámica estructural de MGMT. De instantáneas, la estructura Mu otro de revelar la conformación, conformación helicoidal formada también se expandió en el número de aminoácidos 87 a 90, que da una idea de que la mutación no favorece la compacidad estructural de la proteína, que inturn lleva a su conformación comprometido y con aberraciones que tiene un cambio estructural considerable que es fundamental en la causa de la función de proteínas desaparecida [37]. Después del análisis visual, herramienta g_rms se utilizó para calcular la RMSD de átomos de la proteína, utilizando la estructura de partida como referencia. La estructura mutante mostró elevación brusca de RMSD en alrededor de 17 ns. En la observación de la anomalía en el nivel de la estructura, se encontró que helicoidal y bucle contenido de la estructura mutante variado (Fig 3A). El RMSD de la media de tiempo se denomina como RMSF, g_rmsf se utilizó para calcular la desviación estándar atómico y en la observación, la estructura Mu mostró una mayor flexibilidad. La RMSF de ambas estructuras mostró un ligero cambio en el residuo 151, pero está variando considerablemente en una región de bucle de proteína de 27 a 53 (Fig 3B), lo que podría ser la resultante de una variación intermolecular interacción terciaria de largo alcance. En r_rmsf herramienta se utilizó la opción-oq para convertir el valor de la FMR en valores de factor B y les implícita en la estructura media (azul que representa el más fluctuante más estable y rojo). La proyección factor B comparativa (Fig S2A) en peso y Mu MGMT indica principalmente variaciones fluctuaciones dentro de la estructura media, que nos da una idea de que el cambio en el patrón fluctuante entre las dos estructuras. El patrón de coloración es por defecto que oscila entre el azul al rojo. Un cambio significativo en la fluctuación observada en la estructura Mu además que la disposición promedio estructura secundaria (S2B Fig) difería considerablemente, lo que de nuevo implica que el Mu puede ser desventajoso para la reparación del ADN.
Las instantáneas fueron recuperados en cada intervalo de 5 ns a lo largo de la simulación 30 ns.
(recuadros a y B) muestra las estructuras relativas en el punto de RMSD salto. FMMR residuo (b) MGMT a lo largo del MDS y la flecha señalando a la región que muestra la fluctuación máxima. (C) El RMSD vs. unidades atómicas. Gráfico que muestra la curva de Mu altamente inestable en rojo.
Para analizar la forma de la proteína en cada momento dado, g_ girar herramienta fue utilizada, que calcula el radio de giro de un grupo de átomos a lo largo de la x -, y y del eje Z, como una función del tiempo. Nuestros resultados demuestran la desviación importante en radios de giro en la estructura de Mu, aprobada después de 17 ns run (Fig S3). Mientras que como se sabe que la estructura MGMT no varía a la gran medida en comparación con la estructura de ADN-MGMT determinada, indicativa de la estructura unida estable a través de estrecha asociación de restos de reconocimiento (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 y Gly132), y Ser93, Thr95, Gln115, Asn123, y Ser151, interactuando con la cadena principal de fosfato del ADN [36] Sin embargo desde que se registró la radi de giro para ser aumentado debido a la mutación y por lo tanto lo que sugiere la estructura de la proteína volcado expandido presumiblemente torpemente desplaza el dedo Arginina (intrahelical posicionado Arg128) de su posición, que se encarga de promover el volteo de nucleótidos en el sitio activo de MGMT, por tanto, podría poner en peligro la diligencia necesaria para retirar aducto O
6-metiltransferasa de ADN
Además, como se sabemos que cada aminoácido tiene su propia hidrofobia-valor, el resto de tipo salvaje original y residuos mutante recién introducido diferir en esta propiedad. Para evaluar esto, se utilizó la herramienta que calcula g_sas SASA hidrófobo, hidrófilo y total de la proteína con el tiempo. La estructura mutante tiene una mayor SASA que se correlaciona con nuestra anterior constatación de una mayor Rg en la estructura mutante (Fig S4). Para comprobar el efecto de la Mu en la estructura de MGMT se acopló con ADN AP ID: 1T39 [38], se utilizó el estudio para detectar para colorear y calcular la hidrofobicidad de acuerdo con la escala de Kyte-Doolittle (S5 figura). La hidrofobicidad en peso y cinco residuo se ejecuta hidrofobicidad promedio fueron -0,8 y 0,94, respectivamente, mientras que los valores correspondientes para residuo Mu eran considerablemente más altos en 4,5 y 2, mostrando así que el residuo de Mu es más hidrofóbico que el residuo en peso. La desviación indizada en los valores de hidrofobicidad mutante proteína en relación con la proteína de peso podría afectar profundamente a la stiochiochemistry de la formación de enlaces de hidrógeno entre la enzima y el ADN, como se desprende de la figura S5. Posteriormente, la desfavorable de acoplamiento de la enzima-ADN puede conducir a la falta de respuesta de la enzima con respecto a su funcionamiento cooperativo.
Para facilitar la comprensión de la mutación sobre la dinámica de las proteínas, hemos dividido importantes aminoácidos que participan en la interacción física con ADN y Mg
+ iones en grupos (figura 4), dependiendo de su posición y contribuciones en acoplamiento ADN, base flipping y la reparación del ADN [36]. Cluster1 contenía cinco aminoácidos que involucran a saber en acoplamiento ADN. SER93, PHE94, THR95, ASN123 y LYS125. El grupo 2 contenía un solo aminoácido ARG 135 también involucrado en acoplamiento ADN. El grupo 3 contenía tres aminoácidos TYR114, GLN115 y SER151 donde TYR 114 está involucrado en base flipping requerido para la reparación del ADN y los otros dos tienen papeles en acoplamiento ADN. Cluster 4, además de contener clúster 3 aminoácidos, contenía CYS145 que es un sitio activo de MGMT, responsable de la reparación del ADN. Grupo 5 consisten en tres aminoácidos (CYS24, HIS29 y HIS85) todos los cuales interactúan con Mg
+ iones. herramienta g_rama se utilizó para generar combinaciones diedros psi /PHI de conglomerados seleccionados y se utilizó para calcular los ángulos como una función del tiempo. Su gráfico de contorno se ha generado utilizando los mínimos de energía para entender su respectiva movilidad (S6 figura). Todos los grupos seleccionados se vieron afectados por la mutación de SER151 a ILE151. Para entender el efecto, sobre todo en el grupo 3 y 4, las distribuciones Psi /PHI pertenecientes a los mínimos de la energía etiqueta se representaron gráficamente (Figura 5). La diferencia en la región de pico de las mínimas de energía se puede observar en los correspondientes grupos wt y Mu, dando la impresión distintiva de la posible disparidad en la reparación del ADN.
Para una comprensión más profunda de la variación estructural observó hasta ahora, nos fijamos en la formación de enlaces de hidrógeno dentro de los conglomerados seleccionados utilizando g_hband herramienta, cuyos resultados se han mostrado en la figura 6. Todos los grupos seleccionados para este análisis muestran la disminución en el número medio de enlaces de hidrógeno por cada trama en la estructura mutante esperar Cluster 1. el aumento en el número de enlaces de hidrógeno promedio por trama en el grupo 1 es delgado en comparación con las variaciones que observamos. La disminución total en la formación de enlaces de hidrógeno por medio de marco está en correlación con el aumento de la FMR y Rg en la estructura mutante. El resultado generado por este análisis es concluyente que impliquen la anomalía observada hasta ahora con el cambio en el patrón de enlace de hidrógeno intra.
Para entender el efecto de esta mutación en movimientos globales correlacionados en las simulaciones atómicas, PCA, un matemático técnica que es eficaz en la caracterización de las características de plegado general y no de plegado de la proteína, se utilizó. La técnica identifica movimientos dominantes en la proteína mediante la extracción de los modos principales que participan en el movimiento involucrado en la molécula. Los principales componentes de movimiento proteína se calcularon como los vectores propios (EV) de la matriz de covarianza de masa ponderado de átomos de la proteína. El cálculo de estos valores se llevó a cabo utilizando el método de la dinámica esenciales (ED) según el protocolo estándar [39] disponible en el paquete de software GROMACS. Dos de los ocho primeros Ev de esa cuenta para más que el 85% de movimiento del sistema en su conjunto fueron seleccionados para el análisis, la proyección con el tiempo y la fluctuación de la FMR de los cuales se representa en la figura 7. Tanto el Ev del fueron combinadas en una sola trayectoria; la combinación produce un conjunto común de vectores propios de Componentes Principales (PC) para peso y Mu MGMT, lo que hace posible una comparación directa entre los diferentes sistemas. Las trayectorias se obtuvieron usando g-COVAR y G-anaeig de GROMACS utilidades. En la figura 8 (A) de las proyecciones, PC 1 vs. PC 2, de ambas estructuras se proyectan (negro en peso Mu rojo /), el grupo obtenido a partir de la estructura en peso es estable, en tanto que la proyección de dos primera PC de mutante cubre una área grande. A fin de analizar las proyecciones de PC, se trazaron sus superficies de energía libre (Fig 8B), que reveló que la estabilidad de peso en el largo es uniforme en el tiempo en comparación con Mu basado en las cuencas de los mínimos de energía formados por ambos. Las estructuras con energía mínima se recuperaron del scape de la tierra libre de la energía en diferentes puntos de tiempo. Las estructuras en el lado derecho de cada proyección en la figura 8 (C) de PC son desde el comienzo de la simulación a la izquierda desde el extremo más cercano de la simulación. Este análisis fue crucial para dilucidar el panorama de la energía libre de la estructura comprometida Mu, una observación que, además de corroborar con nuestros resultados anteriores, ha implicado de manera concluyente un cambio conformacional drástico en la estructura de Mu.
de color verde Negro y representa en peso y Mu respectivamente (b) la FMR de todos los átomos de ambos vectores.
(b) FEL tanto de los movimientos generados por separado. (C) Separar dos representaciones tridimensionales de PCA tanto de MGMT en peso y Mu con la inserción de tres estructuras más estables en diferentes puntos de tiempo.
Conclusión
Las incongruencias de reparación del ADN y la etiología del cáncer son sinónimos de una manera que es la aparición de la mutación que ha sido ampliamente aceptado como la base de cáncer. Una mutación en una proteína de reparación del ADN que podrían dañar sus funciones (Fig S7) puede crear un ambiente pretumorigenic y puede ayudar en la progresión del cáncer en cualquier etapa. MGMT ser una de las proteínas de reparación del ADN importantes tiene un papel esencial en el mantenimiento de la estabilidad genómica mediante la eliminación de O
aductos 6Methyleguanine. Por lo tanto, un polimorfismo genético significativo en esta proteína tendrá un efecto sobre el desarrollo del cáncer y su progresión. Como ninguno de los estudios hasta la fecha se ha informado de análisis mutacional de MGMT usar MDS, que nos ha impulsado principalmente para estudiar la posibilidad de MGMT está mutado en una población clasificada en donde el consumo de alimentos que contienen niveles más altos de compuestos N-nitroso es común y gástrica el cáncer es frecuente.
el uso de dinámica molecular para estudiar el efecto de la nueva mutación en el codón
151 nos ha dado una idea de la arquitectura de ambas estructuras a nivel atómico durante un periodo de ejecución de 30 ns . El efecto de la mutación no sólo se limita a su proximidad, pero también hace incidir sobre la estructura global que incluye elementos secundarios en diferentes lugares de la proteína. Las transiciones estructurales observados en los elementos secundarios, promueve el colapso de la arquitectura estructural de la proteína MGMT Mu. El FEL obtenido mediante análisis quasiharmonic (PCA) también llegó a la conclusión de que la mutación afecta considerablemente la estabilidad de la MGMT en el tiempo, un factor que puede obstaculizar la moda estequiométrica normal de reparación del ADN de MGMT
.
La mutación en el exón explorado 5 parece estar asociada con la mutación conductor, que parece afectar a la interacción de ADN /proteína, un factor importante que podría afectar de acoplamiento DNA, base flipping y en última instancia reparar mecanismo, que si deteriorada, también podría dar lugar a gran aumento del genoma en O
6 metilo aductos de guanina representan un aumento de la inestabilidad genómica.
Materiales y Métodos
declaración ética
los protocolos /experimentos que implican el uso de muestras humanas fueron debidamente examinados y aprobados por la Universidad Comité de Ética humana (UHEC), Universidad de VIT, Vellore (UHEC-VIT /2011).
pacientes y recogida de tejidos
Un total de 30 pacientes con diagnóstico de carcinoma gástrico admitido a Sheri-Cachemira Instituto de ciencias médicas (espumas), Srinagar fueron considerados para el estudio. Los pacientes sometidos a cirugía como tratamiento primario en diferentes etapas de la enfermedad fueron reclutados para el estudio con su consentimiento. Las características de los pacientes estudiados se enumeran en la Tabla S2.
Las muestras tumorales 5 mm
3 fueron extirpados de especímenes resecado quirúrgicamente dentro de la masa tumoral, excluyendo el margen. muestras no neoplásicas adyacentes de dimensión similar, se toman de la margen de resección, aproximadamente 10 mm desde el borde del tumor macroscópico y posteriormente confirmaron como benignos por histopatología de rutina en espumas. Se recogieron un total de 30 tumores y 30 muestras de tejido normal, y se almacena a -80
° C hasta su análisis.
Extracción de ADN y reacción en cadena de la polimerasa
ADN se extrajo de 2 mm
3 muestras de tejido utilizando el kit de extracción de ADN (Hola Pura mamífero genómico Aislamiento de ADN kit-HiMedia). La concentración y la calidad del ADN se midió por análisis de spectrophotometeric rutina. La amplificación del exón 5 regiones del exón MGMT, se llevó a cabo en Minicycler gradiente (Eppendorf) en una mezcla de reacción de 25 l que contiene 1 l (400 ng /l) de ADN genómico, ADN polimerasa {1X tampón de PCR (Tris HCl 200 mM, 200 mM KCl, 50 mM, (NH4) 2 SO4) suministrado con 25 mM de MgCl2, Fermentas}, nucleasa agua libre y 1 l de hacia adelante (5'-GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ') e inverso (5'-AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3') primers cada uno. La temperatura de recocido se optimizó a 65,5 ° C. Para facilitar la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) análisis de productos para la mutación, la secuenciación de productos PCR se llevó a cabo.
SNP Predicción de daño.
La predicción daño de la polymorphisim se llevó a cabo usando SIFT [40] , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], SNPs & amp; Ir [45] y la música pop [46].
simulación de dinámica molecular
MDS estudios fueron realizados por Gromacs 4.5.3 paquete [47]. Para MGMT en peso, la estructura PDB 1QNT [48] se utiliza como estructura de partida para MDS. Accelrys Descubrimiento estudio [49] se utilizó para hacer el único punto de mutación en la estructura de tipo salvaje. Ambos, en peso y Mu MGMT se aplicaron con el campo de fuerza GROMOS96 43a1 y luego se coloca en un modelo de un baño de agua pre-equilibrada y contra-iones se añadieron para lograr una caja neutra con la función "Genion" que viene junto con el paquete gromacs. moléculas de disolvente fueron restringidos a la posición original con una restricción fuerza de 100 kcal /mol para 5000 pasos antes de ser sometida a minimización de energía para 5000 iteración. Para regular la temperatura dentro de la caja, se utilizó Berendsen método de acoplamiento de temperatura [50]. interacciones electrostáticas se calcularon utilizando el método de partículas de malla Ewald [51]. estado de los residuos, la presión y otros parámetros ionizante se encuentra en la gama estándar. Lista de par no unida se actualiza después de cada 10 pasos y conformaciones se almacenaron cada 2 picosegundos (ps). Posición de simulación de sujeción para 500 ps se llevó a cabo para permitir que las moléculas de disolvente para entrar en la región de la cavidad de la estructura. Por último, el sistema se sometió a MDS por 30 segundos nano (ns). Desviación cuadrática media (RMSD), Root Mean Square Fluctuación (FMR), accesible al disolvente de superficie (SASA), Radio de giro (Rg) y PCA se llevaron a cabo mediante el uso de herramientas GROMACS incorporadas. g_hbond se utilizó para calcular el número de enlaces de hidrógeno formados por distintos residuos específicos de otros aminoácidos dentro de la proteína durante las simulaciones (NH enlace). g_sham fue ampliamente utilizado para obtener energía libre paisaje. Los gráficos se representaron usando Gracia herramientas GUI versión 5.1.22, mientras que los paisajes de energía libres se representaron usando gnuplot versión 4.6.0. Todas las visualizaciones se llevaron a cabo utilizando PyMoI, Ligplus, VMD [52] y los gráficos se representaron mediante el programa de Gracia [53] y GNUPlot. Las trayectorias se analizaron utilizando la herramienta incorporada en la distribución GROMACS.
Apoyo a la Información
S1 Fig. a) Un cromatograma representativo de MGMT exón 5 que muestra el único par de bases, G & gt;. T en la posición 151 como se indica por una flecha en el cromatograma neoplásica
b) Alineación del exón 5 secuencia que se amplificó a partir neoplásicas y no neoplásicas tejidos (adyacente normal) con la de tipo salvaje (Referencia secuencia adquirida de NCBI) se tradujo y se asigna el SNP fue demostrado que el cambio de serina a isoleucina
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S2 Fig. (A) las estructuras terciarias Promedio de color de acuerdo a los valores Bfactor (b) Promedio de estructura secundaria representación de ambas estructuras
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S3 Fig. (A) Los radios de giro de MGMT en peso y Mu se muestra por separado.
(b) Rg de todos los átomos de peso y Mu MGMT en función del tiempo a 300K.
Peso está por represted Negro y Mu por Green.
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S4 Fig. Disolvente accesible superficie de peso (negro) y Mu MGMT (verde) con el tiempo a 300K
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S5 Fig. Variación en el color (superficie de la proteína de acuerdo con la escala de Kyte-Doolittle) en la región mutada y la representación gráfica de la variación en la escala de Kyte-Doolittle en un solo aminoácido y cinco hidrofobicidad promedio de ejecución de ambos en peso y Mu MGMT
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S6 Fig. El tiempo depende gráfico de Ramachandran contorno de todos los conglomerados seleccionados en el tiempo, cada línea que muestra la transición de 1.
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S7 Fig. Representación gráfica de GC: En la transición de MGMT deteriorada
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Tabla S1. Polimorfismo de predicción utilizando diferentes servidores
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S2 tabla. Características de los sujetos de estudio
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Reconocimientos
Los autores desean reconocer el Dr. Daniele Granata por su insumos en especie en paisajes de energía libre.