Extracto
Varias regiones alterado el número de copias (CNA) se han identificado en el genoma del cáncer de cuello uterino, en particular, las amplificaciones de 3q y 5p. Sin embargo, la contribución de las alteraciones del número de copias de la carcinogénesis cervical no se ha resuelto porque en todo el genoma existe una falta de correlación entre las alteraciones del número de copias y la expresión génica. En este estudio, se investigó si la CNA en las líneas celulares Calo, CaSki, HeLa y SiHa se asociaron con cambios en la expresión génica. En promedio, el 19,2% de los genomas de línea celular tenía CNA. regiones sin embargo, sólo el 2,4% componen mínimos recurrentes (MRRS) comunes a todas las líneas celulares. Mientras que 3q habían limitado las ganancias comunes (13%), 5p fue duplicada en su totalidad de forma recurrente. De todo el genoma, sólo el 15,6% de los genes localizados en el CNA cambio de expresión génica; Por el contrario, la tasa de MRRS era hasta 3 veces este. Chr 5p fue confirmado por completo amplificado por FISH; Sin embargo, el máximo del 33,5% de los genes explorados en 5p fueron desregulados. En 3q, esta tasa fue del 13,4%. Incluso en 3q26, que tenía 5 MRRS y 38,7% SNPs obtenidos de forma recurrente, la tasa fue sólo del 15,1%. Curiosamente, hasta el 19% de los genes desregulados en 5p y el 73% en 3q26 fueron regulados a la baja, lo que sugiere factores adicionales estaban involucrados en la represión de genes. Los genes desregulados en el 3T y 5p ocurrieron en racimos, lo que sugiere la cromatina factores locales también pueden influir en la expresión génica. En regiones amplificadas de forma discontinua, genes downregulated aumentaron constantemente a medida que el número de SNPs amplificados se incrementó (p & lt; 0,01, de correlación de Spearman). Por lo tanto, la amplificación de genes parcial puede funcionar en el silenciamiento de la expresión génica. genes adicionales en el 1T, 3T y 5p podrían estar implicados en la carcinogénesis cervical, específicamente en la apoptosis. Estos incluyen
PARP1 Hoteles en 1q,
TNFSF10
y
ECT2 Hoteles en 3q
y CLPTM1L
,
AHRR
,
PDCD6
, y
DAP Hoteles en 5p. En general, la expresión génica y el número de copias perfiles revelan factores distintos de la dosis de genes, como epigenéticas de la cromatina o dominios, pueden influir en la expresión de genes dentro de los segmentos de genoma completo amplificados
Visto:. Vázquez-O Mena, Medina-Martínez I , Juárez Torres-E, V Barrón, Espinosa A, Villegas-Sepúlveda N, et al. (2012) Los genes amplificados pueden estar sobreexpresado, sin cambios o downregulated en líneas celulares de cáncer de cuello uterino. PLoS ONE 7 (3): e32667. doi: 10.1371 /journal.pone.0032667
Editor: Alessandro Marcello, Centro Internacional de Ingeniería Genética y Biotecnología, Italia