Extracto
La evidencia acumulada ha apoyado recientemente la asociación de la infección bacteriana con el crecimiento y desarrollo de los cánceres, particularmente en los órganos que están constantemente expuestos a las bacterias como los pulmones, el colon, el cáncer de cuello uterino, etc Nuestra
in silico
estudiar en el proteoma de
Chlamydia pneumoniae
sugiere una idea sin precedentes de la etiología de la cáncer de pulmón y han puesto de manifiesto que la infección de
C
.
pneumoniae
se asocia con el desarrollo del cáncer de pulmón y el crecimiento. Es razonable suponer que
C
.
pneumoniae
transporta a sus proteínas dentro de orgánulos huésped-intracelular durante la infección, en los que pueden trabajar con proteoma de la célula huésped. El presente estudio se realizó para la predicción de la proteína de direccionamiento nuclear de
C
.
pneumoniae
en la célula huésped usando predictores de bioinformática, incluyendo la herramienta ExPASy pi /Mw, traductor de señales de localización nuclear (NLS), equilibrada sub localización celular predictor (BaCeILo) y Hum-mPLoc 2.0. Predijimos 47/1112 proteínas nucleares de metas de
C
.
pneumoniae
conectado con varias alteraciones posibles en la replicación y transcripción de acogida durante la infección intracelular. Estas proteínas nucleares de metas pueden dirigir a las interacciones competitivas de host y
C
.
pneumoniae
proteínas con la misma disponibilidad de sustrato y pueden estar implicados como agentes etiológicos en el crecimiento y el desarrollo de cáncer de pulmón. Se espera que estos nuevos hallazgos acceder a una mejor comprensión de la etiología del cáncer de pulmón y la identificación de dianas moleculares para la terapia
Visto:. Khan S, Imran A, AA Khan, Abul Kalam M, Alshamsan A (2016) Enfoques de sistemas Biología para la predicción de la posible función de los
Chlamydia pneumoniae
las proteínas en la etiología del cáncer de pulmón. PLoS ONE 11 (2): e0148530. doi: 10.1371 /journal.pone.0148530
Editor: Carl G. Maki, Rush University Medical Center, Estados Unidos |
Recibido: 19 Noviembre 2015; Aceptado: 20 de enero de 2016; Publicado: 12 de febrero 2016
Derechos de Autor © 2016 Khan et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos:. Todo relevante los datos están dentro del apoyo de sus archivos de información en papel y
Financiación:. Este proyecto fue financiado por el Programa de Grupos de Investigación (Research Group número RG-1436-027), Decanato de Investigación Científica, Universidad rey Saud, Riad, Arabia Saudita
Conflicto de intereses:.. los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
los pulmones cáncer es la causa más común de muerte en todo el mundo [1]. En 2013, de acuerdo con informes de cáncer de CA, el cáncer de pulmón es el segundo cáncer más frecuente en los Estados Unidos, ya que había un estimado de 159,480 (118,080 hombres y 110,110 mujeres) muertes por cáncer de pulmón y 228.190 (varón 87,260 y 72,220) nuevos casos de cáncer de pulmón reportados [ ,,,0],2]. El proceso de la carcinogénesis del cáncer de pulmón todavía no se entiende completamente. Al lado de fumar, hay otros posibles factores genéticos y ambientales como la exposición al asbesto y metales definitivas de radón, el humo de carbón, varias hormonas, y la contaminación del aire, así como la incompatibilidad genética y las infecciones crónicas de las bacterias y los parásitos se han conectado a la carcinogénesis pulmonar incluyendo
C
.
Pneumoniae
, [3-6]. La asociación equívoco de agentes infecciosos en la etiología del cáncer se ha centrado el interés de los científicos en años recientes.
El papel de
C
.
pneumoniae
como un carcinógeno infecciosa en cáncer de pulmón se ha estudiado desde hace más de 10 años [7, 8]. asociaciones epidemiológicas indican que
C
.
pneumoniae
es potencialmente asociados con el crecimiento y el desarrollo de carcinoma de células de los pulmones [9]. Varios estudios fueron realizados luego de analizar la posible conexión entre el
C
.
pneumoniae
la infección y el riesgo de cáncer de pulmón, pero los resultados no han sido consistentes [10]. Se propone que el
C
.
pneumoniae
actúa como un cofactor con otras causas de la progresión y el desarrollo de los pulmones Caner [7, 8, 11, 12]. Se ha observado que los títulos de
C
.
pneumoniae
elevados de anticuerpos en pacientes con cáncer de pulmón. Entre bruja, los pacientes con altos títulos de anti-
C
.
pneumoniae
anticuerpos IgA tienen un riesgo diez veces de los adenocarcinomas y carcinomas de células pequeñas del pulmón [9]. Esta posibilidad se ve reforzada específicamente en pacientes fumadores varones con infección crónica de
C
.
pneumoniae
[11]. Un hallazgo más han demostrado una conexión importante entre la elevación de
Chlamydia HSP-60
seropositividad y el riesgo de cáncer de pulmón, lo que puede sugerir el papel etiológico de
C
.
pneumoniae Hoteles en el crecimiento y el desarrollo de cáncer de pulmón [3].
C
.
pneumoniae
es un patógeno intracelular respiratoria común que requiere la regulación de la célula huésped para su supervivencia y crecimiento. Se han sugerido los siguientes mecanismos para dilucidar cómo la infección crónica de
C
.
pneumoniae
podría aumentar la posibilidad de cáncer de pulmón. Un mecanismo potencial es mediada a través de la generación de especies reactivas de oxígeno durante la inflamación, lo que puede contribuir al daño del ADN [7]. Además, los resultados de la inflamación en la lesión celular y la posterior reparación que pueden aumentar la velocidad de la división celular. La multiplicación de las células aumentará el riesgo de una mutación a través de una tasa fija de daño en el ADN, lo que puede conducir al cáncer [13]. La recopilación de pruebas propone que los eventos inmunológicos contribuyen en parte en la acción cancerígena de
C
.
pneumoniae
. A principios de
in vitro
estudios han demostrado, de hecho, que el TNF-α, IL-1β, IL-8, y los radicales de oxígeno superóxido liberado por los macrófagos alveolares de personas saludables juegan un papel crucial en el tejido pulmonar y el daño del ADN [14].
C
.
pneumoniae
es también inductor eficaz de TNF-α, IL-1β, IL-6 y en las células monocíticas del huésped que pueden contribuir potencialmente en la carcinogénesis. En este trabajo, estamos tratando de predecir las proteínas nucleares específicas de
C
.
pneumoniae
debido a su posible papel en la regulación de las células huésped y la participación en la progresión y el desarrollo de cáncer de pulmón.
Resultados
Selección de datos de proteínas
Hemos seleccionado TW-183 cepa de
C
.
pneumoniae
ya que contiene mayor número (1112) de proteínas en el proteoma completo G /11222. Sin embargo, el resto de las cuatro cepas incluir AR39, LPCoLN, CWL029 y J138 haber 1109, 1105, 1052, 1069 y proteínas, respectivamente [15-18].
Predicción de la señal de localización nuclear
el asignador CNLS predijo la localización de la proteína en el citoplasma, tanto núcleo y el citoplasma, parcialmente en el núcleo, y localizado en el núcleo con el corte de valor 1-2, 3-5, 7-8 y 8-10, respectivamente. Los resultados se ilustran en los datos adicionales (S1 Tabla).
Predicción de la localización subcelular de los orgánulos de células eucariotas
Los resultados de la evaluación BaCeILo de la proteína total de
C
.
pneumoniae
resumen en la Tabla 1. El resultado mostró que BaCeILo predijo citoplasmática total de (515), mitocondrial (183), nuclear (98) y (318), las proteínas secretoras.
Predicción de la localización subcelular de los organelos celulares humanas
los resultados de Hum-mPLoc espectáculos 2.0 en la Tabla 1 y en comparación con los resultados de BaCeILo. El resultado mostró que Hum-mPLoc 2,0 predijo citoplásmico total (250), mitocondrial (196), nuclear (292) de la membrana de plasma 94, el retículo endoplásmico 63, aparato de Golgi 05, peroxisomas 11, microsoma 01, lisosoma 11, extracelular 179, centrosoma 05 , 01 y citoesqueleto (04) proteínas desconocidas.
sincronización de BaCeILo predijo proteínas con Hum-mPLoc 2.0 predictor
la sincronización resultados indicaron que entre los BaCeILo predijo citoplasmática total de (515), mitocondrial ( 183), (318), las proteínas nucleares (98) y de secreción, no todas siguen la misma predicción resultados por Hum-mPLoc 2.0 (Tabla 2). Cuando estas proteínas BaCeILo más en comparación con el Hum-mPLoc 2.0 resultados, sólo 47 proteínas se encuentran en consonancia con los resultados mostraron BaCeILo y localización nuclear a través de
in silico
predicción por ambas herramientas computacionales.
estas proteínas nucleares orientados por 47 receptores ilustran en la Tabla 3 y dispuestos de acuerdo con su valor de corte NLS. El aumento del valor de corte de NLS monopartite están vinculadas con una disminución de focalización nuclear, mientras que el patrón inverso se observa con valores bipartitos NLS, donde el valor de corte alta mejora el porcentaje de proteína de direccionamiento al núcleo excepto valor de corte & gt; 8 (Tabla 3). La Tabla S1 proporciona detalles acerca de predecir las proteínas se dirigen al núcleo durante la
in silico
análisis.
Sin embargo, no se encontró ninguna relación exacta entre la proteína de direccionamiento nuclear y el peso molecular, pero el aumento peso molecular aumentó consistentemente nuclear orientación excepto la gama de peso molecular de 60-80 kDa, las proteínas de mayor peso molecular (& gt; 80 kDa). se observaron proteínas más específicas a núcleo de la célula huésped (Tabla 4)
Además, el valor del punto isoeléctrico (pI) no mostró ningún patrón constante para la orientación mitocondrial (Tabla 5).
los patrones de
C
.
pneumoniae
proteína de direccionamiento en el núcleo de la célula huésped con diferente parámetro muestra en la figura 1, mientras que las proteínas de la orientación de todos los
C
.
pneumoniae Hoteles en componentes de células huésped con diferentes parámetros ilustra en la figura 2. Los datos suplementaria proporciona detalles con respecto a las proteínas predichas para apuntar núcleo de la célula huésped durante nuestro análisis (Tabla S1).
Discusión
informes epidemiológicos han fundado varios factores potenciales bien definidos para el crecimiento y el desarrollo de cáncer tales como la herencia, la edad, el consumo de tabaco, la dieta, la inflamación y las infecciones crónicas con patógenos. La infección es la causa de aproximadamente el 16% de todos los tumores malignos en todo el mundo [19]. Un número de bacterias han demostrado la capacidad de alterar muchas vías y moléculas de células huésped para su supervivencia intracelular en el huésped. La idea de que una infección de bacterias podría promover la carcinogénesis no tiene en cuenta inicialmente. Sin embargo, estudios de referencia a principios de 1990 establecieron
C
.
pneumoniae
como un agente causante de diferentes tipos de cáncer de pulmón, dando lugar a una nueva orientación de la atención científica hacia patrones de asociación bacteriana con cánceres (5, 6).
C
.
pneumoniae
moléculas efectoras derivadas de bacterias puede cambiar el ambiente interno de la célula huésped a través de la producción de la inflamación crónica, la inhibición de los mecanismos supresores de tumores, la inducción de la inmunosupresión, y la transformación de las células mediante la transferencia de oncogenes [7, 13, 14 , 20-22]. Las proteínas de
C
.
pneumoniae
se existía en la célula huésped durante la infección crónica y algunas proteínas pueden migrar a los muchos orgánulos de la célula huésped, tales como núcleo, retículo endoplasmático, aparato de Golgi, mitocondrias etc. Las proteínas entran en los núcleos de acogida tener muchos efectos adversos que pueden inhibir o promover ciertas actividades biológicas importantes que conducen al desarrollo de cáncer.
subcelular de proteínas de orientación puede ser predicho por varias herramientas, que trabaja en diferentes principios y parámetros diferentes. Estos parámetros incluyen motivos compuesto a través de la red de alimentación directa neuronal artificial, diferentes ranuras de unión de α importin, sencillo modelo oculto de Markov, la identidad /de búsqueda de alineación, motivos lineales y su papel en la señalización y regulación celular, máquinas de vectores soporte (SVM), y información de dominio funcional junto con información de la evolución secuencial [23-28]. Predijimos sub proteínas celulares dirigidos usando CNLS asignador, BaCeILo and Hum-mPLoc 2.0 predictores con el fin de lograr resultados más precisos y consistentes.
señales de localización nuclear (SNL), son muy críticos para asegurar el transporte selectivo de las proteínas en el núcleo [29]. La herramienta CNLS Mapper localiza correctamente las señales de localización nuclear (SNL), sobre todo a la vía α /β importin mediante la predicción de las puntuaciones NLS. El NLSs calculado se divide en dos clases, monopartite (1 racimo básico) y bipartito (2 clúster básico) NLSs, de acuerdo con la existencia de grupo de residuos de aminoácidos básicos ricos. Por otra parte, las puntuaciones de NLS se evalúan con cuatro clases de perfiles con valores de corte especificados. Los valores más altos de NLS puntuación mostrar más actividades NLS. Las proteínas con valor de corte 8-10 se predijo como localizado en el núcleo, como 8-10 parcialmente en el núcleo, 3-5 ya que tanto en el núcleo y el citoplasma, y 1-2 como particularmente en el citoplasma. Las proteínas de
C
.
pneumoniae
indicando intermediario valor de corte se incluyó en un rango específico de valor de corte en la lista de la proteína tal como un valor de corte de 7,5 o superior se redondea a 8, mientras que 7,4 o inferior se redondea hacia abajo a 7. CNLS mapper se utilizó para calcular la actividad de NLS en lugar de la secuencia NLS porque las secuencias NLS no son estrictos suficiente [26]. Sin embargo, se debe recordar que los perfiles de NLS de CNLS mapper fueron producidos por ensayos de importación nuclear utilizando los datos de la levadura. Por lo tanto, la predicción de la NLS para otras especies puede no ser tan precisa como en la levadura, aunque la vía α /β importin de los eucariotas es muy conservadas. estudio reciente ha identificado una nueva proteína bacteriana a SINC que se dirige a la envoltura nuclear en la célula huésped vecino infectadas y no infectadas con el potencial de modificar las funciones envoltura nuclear. Estas capacidades de
C
.
psittaci
bacterias pueden promover el proceso de patogénesis destructiva [30].
BaCelLo es un predictor de cálculo utilizado en nuestro estudio para la localización subcelular de las proteínas en eucariotas. Animales, plantas, hongos y predictores fueron implementados en BaCelLo; por lo tanto, hemos utilizado predictor específico animal. Se basa en diversos SVMs para la predicción de nuclear, citoplásmica, mitocondrial, secretora, y la orientación del cloroplasto proteínas [24]. BaCelLo predice subcelular de orientación sobre la base de información de la secuencia de residuos y la información evolutiva incluido en los perfiles de alineación dentro de los extremos N y C y toda la secuencia de proteínas.
predicción de la localización subcelular de las proteínas en humanos es una tarea más difícil. Otra herramienta de predicción de la localización subcelular Hum-mPLoc 2.0 se utilizó para hacer frente a la segmentación nuclear de la proteína en el sistema humano. La herramienta Hum-mPLoc 2.0 predice las proteínas de orientación sobre la base de la información de dominio y la información de la evolución secuencial. El predictor calcula 14 localizaciones subcelulares incluyendo núcleo, citoplasma, mitocondria, membrana plasmática, retículo endoplásmico, extracelular, aparato de Golgi, citoesqueleto, endosoma, lisosomas, peroxisomas, microsomas, sinapsis, y centríolo. Aunque los resultados comparativos de BaCeILo and Hum-mPLoc 2.0 se demostraron ligera diferencia en la localización subcelular de
C
.
pneumoniae
proteínas en orgánulos de acogida, la ligera diferencia en los resultados de BaCeILo y Hum-mPLoc 2.0 puede ser debido a la existencia de diferentes datos en sus respectivos conjuntos de datos usados durante la predicción. Por lo tanto, las pequeñas variaciones en los resultados obtenidos a partir de diferentes herramientas pueden ser consecuencia justificada.
En este estudio, se presenta una predicción computacional sistemático de
C
.
pneumoniae
proteínas usando predictores de manera diferente que funcionan: asignador de NLS, BaCeILo, and Hum-mPLoc 2.0 que funciona en diferentes bases de datos. La predicción de BaCeILo basa en el conjunto de datos de los animales, mientras que el Hum-mPLoc 2.0 trabajó en conjuntos de datos específicos humanos que incluye 3.681 proteínas humanas clasificadas en 14 localizaciones subcelulares humanos diferentes. Por lo tanto, los resultados se estrechan aún más abajo y examinadas después de usar predictor específico humanos de datos. Se ha informado de que muchas proteínas pueden localizar en el núcleo en ausencia de NLS [24, 31]. Además, las proteínas de menos de 40 kD puede libremente difusa de núcleo [32]. De acuerdo con nuestras predicciones, poca variación en los resultados esperados debido a la utilización de diferentes herramientas. Por lo tanto, estos resultados de
in silico
predicción requieren verificación experimental aún más antes de cualquier conclusión definitiva. Por otra parte, nos hemos centrado en los efectos potenciales de estas proteínas de direccionamiento al núcleo en la tumorigénesis y el desarrollo de cáncer.
replicación del ADN y las proteínas de unión al ADN
La inestabilidad genómica es un factor crucial en el cáncer. Sin embargo, los mecanismos de su crecimiento y desarrollo no permanecen entienden completamente. Un supuesto indicado con frecuencia es que las anomalías en la síntesis de ADN translesion o fenotipos propensos a errores en la replicación del ADN participan en la inestabilidad ADN genómico y son causa importante del desarrollo de cáncer. Tales mecanismos de replicación del ADN, erróneas se han implicado como un factor etiológico en muchos tipos de cáncer [33-35].
Por ejemplo, la proteína ADN polimerasa beta está implicado en aproximadamente un 30% todos los tumores humanos reportados hasta la fecha debido a mutaciones [33, 34]. El bacteriana ADN polimerasa III subunidad beta tiene un homólogo del antígeno nuclear de proliferación celular eucariota (PCNA). PCNA es identificado como un marcador molecular para la proliferación celular durante la replicación [36, 37]. En nuestro estudio, hemos encontrado la localización nuclear de la proteína ADN polimerasa III subunidad beta. PCNA se caracterizó como un antígeno potencial que se expresa durante la fase de síntesis de ADN en el ciclo celular y participa en la carcinogénesis [38]. Por lo tanto, durante la infección, la posible existencia de dos proteínas homólogos en la misma célula con la acción enzimática única altera la actividad relativa de la proteína huésped. Como la ADN polimerasa III de la subunidad beta es un ADN de replicación proteínas conectado, la anomalía en la replicación del ADN también puede actuar como un factor para el crecimiento y desarrollo del cáncer.
Otra proteína chaperona DnaJ un homólogo de HSP40 también se predice como objetivo nuclear y que puede cambiar la actividad de HSP40 e implicados en la carcinogénesis [39, 40]. Además, cierta replicación del ADN y las proteínas de unión también se prevé como proteínas nucleares de orientación, como la ADN girasa subunidad A, proteína de unión a ADN de cadena simple (SSB), y la proteína primosomal, que también pueden estar implicados en el desarrollo del cáncer.
Gene
regulación de traducción es un proceso crucial en la progresión y el desarrollo de cáncer. Gestiona tanto la expresión global de la síntesis de proteínas y la traducción de los ARNm específicos selectivos que pueden apoyar diversas propiedades oncogénicas incluyendo la transformación celular, la supervivencia de células tumorales, invasión, metástasis y angiogénesis. La focalización nuclear de estas proteínas de expresión génica implica sus funciones potenciales en el crecimiento y desarrollo de cáncer de pulmón. En consecuencia, la alteración en la expresión génica está conectado con el crecimiento y desarrollo del cáncer a través de la desregulación de muchos genes críticos. La desregulación puede dirigir la activación de proto-oncogenes y la supresión de los anti-oncogenes [41].
Los resultados de nuestro estudio muestran que el ADN-ARN polimerasa dirigida β y subunidades beta 'de
C
.
pneumoniae
están dirigidos a acoger núcleo de la célula. Esto es coherente con otros informes que demostraban una alteración en los niveles de expresión génica en muchos anfitriones eucariotas, incluyendo humanos y otros, como una acción de la ARN polimerasa bacteriana. Por ejemplo, diversos genes humanos pueden ser transcritos a través de la participación de los reguladores de la transcripción bacteriana usando
E
.
coli
dirigida por ADN ARN polimerasa II [42, 43]. Estas proteínas asociadas a la transcripción predichos se pueden unir de manera eficiente para albergar el ADN y por lo tanto obstaculizar la afinidad de unión de los reguladores de la transcripción de acogida y en última instancia desregular la expresión de genes [42]. Aunque se ha confirmado que
C
.
pneumoniae
se asocia con alteración de la expresión de genes de acogida [21], su implicación en la progresión y el desarrollo de cáncer de pulmón en humanos requiere una evaluación experimental. Nuestro resultado abarca hallazgos importantes que pueden contribuir a este campo emergente.
daño en el ADN y las proteínas de reparación
estudio anterior mostró que
C
.
pneumoniae
tiene la capacidad de inducir daño en el ADN a través de la inducción de especies reactivas del oxígeno (ROS) [13]. Nuestros resultados han demostrado direccionamiento nuclear de las proteínas que dañan el ADN incluyendo exonucleasa V RecB subunidad, ribonucleasa R, exodeoxyribonuclease VII subunidad pequeña, y exodeoxyribonuclease VII subunidad grande. Además, se encontró que el desajuste de reparación del ADN es esencial para mejorar la fidelidad de la replicación en la mayoría de los organismos, incluyendo bacterias, levaduras, y los seres humanos, etc. MutS ha sido identificado como una proteína de la superfamilia ABC ATPasa, que está implicado en desapareado y mispaired bases en el ADN de doble cadena que inicia la reparación de genes. La mutación en MutS puede ser una posible causa del crecimiento y desarrollo del cáncer [44, 45]. Hemos previsto la localización nuclear de ADN de reparación desajuste proteínas MutS y MutL durante el análisis. La alteración en las proteínas de reparación de genes potencialmente se asocia con varios tipos de cánceres humanos incluyendo cáncer de pulmón.
Conclusión
Nos propone una nueva e integradora
in silico
enfoque para identificar el papel sospechoso de
C
.
pneumoniae
proteínas en el crecimiento y el desarrollo de cáncer de pulmón en humanos. Los resultados de
in silico
predicción revelaron 47 candidatos proteínas. De los cuales, varias proteínas pueden tener el potencial de desencadenar el crecimiento del cáncer a través de la alteración en la replicación, transcripción, y el mecanismo de reparación del ADN daños. Se confirma que varias proteínas de
C
.
pneumoniae
puede apuntar a diferentes orgánulos, incluyendo el núcleo y otras partes de las células huésped, que pueden ser una causa etiológica de cáncer de pulmón. Nuestros datos de predicción demostraron más exactitud de la predicción computacional debido al uso de diferentes herramienta de predicción basado en diferentes conjuntos de datos, lo que puede sugerir que la orientación nuclear de proteínas
C
.
pneumoniae
pueden ser objetivos potenciales para el tratamiento del cáncer de pulmón. Por lo tanto, el resultado de este
in silico
estudio puede abrir la nueva vía para la investigación del cáncer de pulmón. A pesar de la contribución potencial oncogénico y significativo de esta proteína dirigido al núcleo de
C
.
pneumoniae Hoteles en el crecimiento y desarrollo del cáncer fue sugerido por nuestro conocimiento y análisis computacional, los papeles de confirmación y especificidad de estas proteínas previsto en proceso de carcinogénesis requieren validación experimental.
Materiales y Métodos
Selección de datos de proteínas
C
.
pneumoniae
es un patógeno gram negativa intracelular obligado, infecta a los seres humanos y recelo que participan como agente etiológico de cáncer de pulmón [5, 46]. El proteoma de
C
.
pneumoniae
TW-183 fueron descargados de la base de datos Uniprot. Cinco proteomas de diferentes cepas de
C
.
pneumoniae
estaban disponibles [15-18]. El proteoma de TW-183 cepa de
C
.
pneumoniae
se analizó para la predicción de la señal de localización nuclear y celular humana localización subcelular utilizando diferentes herramientas computacionales.
Predicción de la señal de localización nuclear
CNLS herramienta asignador de células eucariotas se utilizó para la predicción de la señal de localización nuclear de la proteína TW-183 de
C
.
pneumoniae
[23]. La secuencia completa de cada
C
.
pneumoniae
proteína se utilizó para la predicción de monopartita y la secuencia NLS bipartita.
Predicción de la localización subcelular de los orgánulos de células eucariotas
Se utilizó el predictor localización subcelular equilibrada (BaCeILo) para predecir la localización subcelular de la proteína TW-183 de
C
.
pneumoniae Hoteles en compartimentos celulares eucariotas. BaCelLo ha basado en tres predictores específicos para reinos eucariotas, incluyendo animales, plantas y hongos [24]. BaCeILo predecir cinco clases de localización celular sub incluyendo nuclear, mitocondrial, citoplasmática, secretora, y cloroplasto. Estábamos hecho con la predicción de predicción específica en animales utilizando proteínas de TW-183 cepa de
C
.
pneumoniae
.
Predicción de la localización subcelular de los organelos celulares humanas
Además, se utilizó la proteína humana localización subcelular Hum-mPLoc 2.0 (Hum-mPLoc 2.0) para predecir el predictor localización subcelular de TW-183 de
C
.
pneumoniae
proteínas en el núcleo y otros orgánulos celulares en humanos [25]. Hum-mPLoc 2.0 predecir los catorce clases de localización subcelular que incluye núcleo, citoplasma, mitocondria, retículo endoplásmico, centríolos, citoesqueleto, endosoma, extracelular, aparato de Golgi, lisosomas, microsomas, peroxisomas, membrana plasmática, y la sinapsis.
sincronización de BaCeILo predijo proteínas con Hum-mPLoc 2.0 predictor
Además de sincronización se preformados para la predicación de la proteína de direccionamiento nuclear en humanos utilizando Hum-mPLoc 2.0. Los resultados de BaCelLo se utilizó para delimitar la localización subcelular de
C
.
pneumoniae
proteínas.
Apoyo a la Información sobre Table S1. Tabla S1 proporciona información de detalles de predecir las proteínas dirigidas al núcleo de las células anfitrionas
doi:. 10.1371 /journal.pone.0148530.s001 gratis (DOC)
Reconocimientos
Este proyecto fue financiado por el Programa de Grupos de Investigación (Research Group número RG-1436-027), Decanato de Investigación Científica, Universidad rey Saud, Riad, Arabia Saudita.