Extracto
Antecedentes
Los microARN (miRNA) son una clase de pequeños ARN no codificantes que regulan la expresión génica. Se expresan de forma aberrante en muchos tipos de cánceres. En este estudio, hemos determinado los perfiles de miARN en todo el genoma de un carcinoma urotelial de vejiga mediante secuenciación profunda.
Metodología /Principales conclusiones
Hemos detectado 656 miRNAs humanos expresados diferencialmente conocido y secuencias no codificantes de los genes miARN (miARN * s) en la vejiga y nueve pacientes con carcinoma urotelial de secuenciación profunda. Muchos miRNAs y miARN * s se upregulated o downregulated en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normales significativamente.
hsa-miR-96
fue el miARN y upregulated significativamente más
hsa-miR-490-5p
se downregulated significativamente más uno. miRNAs upregulated fueron más comunes que los regulados negativamente. El
HSA-mir-183
,
hsa-miR-200b~429
,
hsa-miR-200c~141
y
hsa-miR-17~ 92
grupos fueron significativamente upregulated. El
hsa-miR-143~145
clúster se downregulated significativamente.
hsa-miR-182
,
HSA-mir-183
,
hsa-miR-200a
,
HSA-mir-143
y
HSA-mir-195
fueron evaluados por PCR cuantitativa en tiempo real en un total de pacientes con carcinoma urotelial de vejiga cincuenta y uno. Ellos se expresaron de manera aberrante en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normal (p & lt; 0,001 para cada miARN).
Conclusiones /Importancia
Hasta la fecha, este es el primer estudio para determinar genome- amplios patrones de expresión de los genes miARN en carcinoma urotelial de vejiga humano mediante secuenciación profunda. Hemos encontrado que una colección de miRNAs se expresaron de manera aberrante en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normales, lo que sugiere que podrían desempeñar funciones como oncogenes o supresores tumorales en el desarrollo y /o progresión de este cáncer. Nuestros datos proporcionan nuevos conocimientos sobre la biología del cáncer
Visto:. Han Y, Chen J, Zhao X, C Liang, Wang Y, Sun L, et al. (2011) La expresión de microARN de Firmas de cáncer de vejiga revelado por secuenciación profunda. PLoS ONE 6 (3): e18286. doi: 10.1371 /journal.pone.0018286
Editor: Stefan Wölfl, Universität Heidelberg, Alemania |
Recibido: 16 Julio, 2010; Aceptado: March 2, 2011; Publicado: 28 Marzo 2011
Derechos de Autor © 2011 Han et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este trabajo fue apoyada por las subvenciones del Programa de alta Tecnología Nacional de Investigación y Desarrollo de China (Programa 863, 2006AA02A302 y 2009AA022707) y el Programa de Promoción para la clave de laboratorio de Shenzhen, Shenzhen, China (CXB200903090055A), Banco de datos clínicos de las principales enfermedades y muestras biológicas de Shenzhen (CXC201005260001A). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer de vejiga es una de las enfermedades más prevalentes en el mundo. Alrededor de 357.000 casos de cáncer de vejiga se diagnosticó y 145.000 muertes relacionadas con el cáncer se estimaron en 2002 [1]. El carcinoma urotelial de la vejiga, el tipo histopatológico más común de cáncer de vejiga, tiene una variedad de características genéticas y fenotípicas. Muchos factores, tales como anomalías cromosómicas, polimorfismos genéticos, alteraciones genéticas y epigenéticas, contribuir a la tumorigénesis y progresión del carcinoma urotelial de la vejiga [2].
Los microARN (miRNA) son endógenas, que no codifican moléculas de ARN de aproximadamente 22 nucleótidos de longitud que regulan la expresión de genes [3]. Se unen al ARN inducida por silenciar complejo para regular su ARN mensajero específico (mRNA) mediante la represión de la traducción del ARNm y /o dirección de ARNm división [4]. miRNAs juegan un papel importante en el desarrollo normal, el crecimiento celular, la diferenciación y la apoptosis en mamíferos [5].
Más de la mitad de los genes miARN se encuentran en regiones genómicas asociadas con el cáncer o en sitios frágiles [6]. miRNAs expresadas aberrantemente han demostrado que se asocia con muchos tipos de cánceres. Tanto las pérdidas y ganancias de los genes miARN función contribuyen al desarrollo del cáncer. miRNAs actúan como oncogenes o supresores de tumores [7]. Lo más importante, diferentes tipos de cáncer, fases o estados de diferenciación tienen perfiles de expresión de los genes miARN únicos, lo que sugiere que los miRNAs pueden funcionar como nuevos biomarcadores para el diagnóstico del cáncer [8], [9].
Varias investigaciones anteriores se utilizan microarrays miARN con limitada y variadas sondas para el perfil de expresión de los genes miARN en el cáncer de vejiga y sus resultados no siempre indican resultados consistentes [10] - [13]. Para entender mejor el papel de miRNAs en el desarrollo de cáncer de vejiga y la progresión, se requiere un análisis exhaustivo de la expresión y la abundancia de miRNAs en este tipo de cáncer. Con el mérito de la tecnología profunda secuenciación de alto rendimiento, los miRNAs de cáncer en todo el genoma pueden determinarse cuantitativamente y con precisión. A continuación, se presentan los perfiles de miARN en todo el genoma en nueve pares de carcinoma urotelial de vejiga congelaron rápidamente y emparejado urotelio histológicamente normal mediante secuenciación profunda. Hemos encontrado que una colección de miRNAs se expresaron de manera aberrante en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normales, varios de los cuales fueron evaluados por PCR cuantitativa en tiempo real en un total de pacientes con carcinoma urotelial de vejiga cincuenta y uno.
Resultados
Vista general de los genes miARN perfiles
conocidos archivos de expresión de los genes miARN entre carcinoma urotelial de vejiga y urotelio emparejado histológicamente normales de cada paciente fueron comparados para averiguar los miRNAs expresados diferencialmente. La expresión de miRNAs en muestras pareadas se muestra mediante el cálculo de registro
2Ratio. Los procedimientos se muestran a continuación: (1) Normalizar la expresión de miRNAs en dos muestras (tumor frente normal) para obtener la expresión de la transcripción por millón (TPM). expresión normalizada = recuento real miARN /recuento total de limpia lee * 1000000. (2) Calcular factor de cambio y el valor p de la expresión normalizada. Entonces Calcular registro
2Ratio. Pliegue de cambio = log
2Ratio (tumor /normal). Determinamos 656 miRNAs humanos expresados diferencialmente conocido y secuencias no codificantes de los genes miARN (miARN * s) en miRBase14.0 en nueve pacientes con carcinoma urotelial de vejiga (Tabla S1).
Hemos identificado un gran número de miRNAs y miARN * s que signicativamente se upregulated o downregulated en estos pacientes y podría discriminar carcinoma urotelial de vejiga de urotelio normal correspondiente.
hsa-miR-96 gratis (log
2Ratio = 4.664328) fue el miARN más significativamente upregulated y
hsa-miR-490-5p
(log
2Ratio = -5,79794) era la más downregulated significativamente (Tabla 1). Seleccionados miRNAs expresados diferencialmente fueron validados por qPCR en tiempo real. Los resultados qPCR en tiempo real correlacionan bien con el análisis de secuenciación. La comparación entre los resultados en tiempo real qPCR y resultados de la secuenciación de profundidad se muestra en la Figura 1. Los cargos de miRNAs upregulated y downregulated variaron en diferentes pacientes. miRNAs upregulated fueron más comunes que los regulados negativamente (Figura 2). Además, hemos identificado una notable divergencia de los niveles de expresión entre miARN y miARN * emparejado. Los niveles de expresión de miRNAs eran generalmente más alta que la de emparejado miARN * s (Figura 3)
.
Para la comparación entre los datos de secuenciación de profundidad y tiempo real qPCR resultados,
hsa-miR-182
,
HSA-mir-183
,
hsa-miR-200a
,
HSA-mir-143
y
hsa-miR-195
determinó que se expresó diferencialmente en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normales en nueve pacientes por secuenciación profunda se validaron utilizando en tiempo real qPCR. Las alturas de las columnas en el gráfico representan los cambios de transformación logarítmica la mediana de plegado (tumor /normal), en la expresión a través de los nueve pacientes para cada uno de los cinco miRNAs validados; las barras representan errores estándar. Los resultados de la validación de los cinco miRNAs indicaron que los datos de secuenciación profunda correlacionan bien con los resultados en tiempo real qPCR.
Muchas miRNAs se determinaron a ser significativamente upregulated o downregulated en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con histológicamente emparejado urotelio normal en los nueve pacientes por secuenciación profunda. Los cargos de miRNAs upregulated y downregulated variaron a través de los nueve pacientes. En ocho de los nueve pacientes con carcinoma urotelial de vejiga miRNAs upregulated fueron más comunes que los regulados negativamente. En sólo un paciente (paciente Nº B13), miRNAs upregulated fueron menos comunes que los regulados negativamente.
Una colección de miRNAs y secuencias no codificantes de los genes miARN pareadas (miARN * s) estaban decididos a ser expresada en nueve urotelial pacientes de carcinoma de vejiga por secuenciación profunda. Se identificaron una notable divergencia de la expresión entre miARN y miARN * emparejado. La expresión de los genes miARN /* miARN pares se muestran en la gráfica de dispersión con el sistema de coordenadas logaritmo; Cada punto representa la expresión de los genes miARN /* miARN par. En la mayoría de los genes miARN /miARN * pares, el nivel de expresión de los genes miARN fue mayor que la de los pares de genes miARN *. En un pequeño número de genes miARN /* miARN pares, miARN era menos abundante que empareja miARN *.
Además de los conocidos miRNAs y miARN * s, se detectaron 92 nuevos candidatos miARN secuencia en nuestra estudio (Tabla S2). La mayoría de ellos se expresaron en niveles muy bajos y sólo en algunas muestras. Sus patrones de expresión y posibles funciones necesitan más investigaciones.
La expresión de miRNAs en clúster
Hemos encontrado que una colección de clústeres miARN desregulados se expresaron. El
HSA-mir-183
,
hsa-miR-200b~429
,
hsa-miR-200c~141
y
hsa-miR-17~ 92
grupos fueron significativamente upregulated. El
hsa-miR-143~145
clúster se downregulated significativamente.
en tiempo real qPCR validación
hsa-miR-182
,
HSA-mir-183
,
hsa-miR-200a
,
HSA-mir-143
y
hsa-miR-195
fueron evaluados por Real- Tiempo de qPCR en un total de pacientes de carcinoma urotelial cincuenta y uno de la vejiga.
hsa-miR-182
,
HSA-mir-183
y
hsa-miR-200a
se sobreexpresa
HSA-mir-143 y
HSA-mir-195
se underexpressed en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normal (p & lt; 0,001 para cada miARN). (Tabla S3)
Discusión
El desarrollo de la tecnología de secuenciación de alto rendimiento de profundidad ofrece la posibilidad de una visión casi completa de los perfiles de miARN. la tecnología de secuenciación profunda tiene el potencial de identificar miRNAs específicos novela de tejido [14]. Se determina la abundancia absoluta de miRNAs y puede descubrir nuevos miRNAs que han sido perdidas por clonación y secuenciación de métodos comunes [15]. la tecnología de secuenciación de profundidad es superior a la que se determinan los microarrays limitan miRNAs conocidos y por lo general no contienen la lista completa de los genes miARN secuencias antisentido conocidos. Hasta ahora la tecnología de secuenciación profunda ha sido el estándar de oro para el análisis exhaustivo de miRNAs.
Las investigaciones han revelado que los miRNAs pueden ser utilizados como biomarcadores de diferentes tipos de cáncer [8], [9]. Algunos miRNAs como biomarcadores son capaces de rastrear el tejido de origen de los cánceres de origen primario desconocido [16]. firmas específicas de miARN son superiores a las firmas de ARNm para predecir el pronóstico del cáncer de pulmón [17].
En este trabajo, hemos utilizado la tecnología de secuenciación profunda para determinar los perfiles de expresión de los genes miARN integrales en nueve pares de urotelial de vejiga congelaron rápidamente carcinoma y emparejado urotelio histológicamente normal. Muchos miRNAs se upregulated o downregulated en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normal en estos pacientes, lo que sugiere que estos miRNAs expresadas aberrantemente podrían desempeñar un papel en estos tipos de cáncer significativamente. El upregulated significativamente más miARN
hsa-miR-96
se ha informado de que oncogénico [18], pero el papel de los genes miARN downregulated significativamente más
hsa-miR-490-5p
no es claro. Una gran cantidad de miARN * s fueron desregulados significativamente en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normales en este estudio. Algunos de los genes miARN * s puede unirse a la ARN inducida por silenciar complejo y tienen la función inhibitoria [19].
Muchos grupos miARN desregulados se expresaron de acuerdo a nuestro análisis de secuenciación profunda. Se encontró que el
HSA-mir-183
clúster se sobreexpresa en el cáncer de vejiga. Este cluster se compone de
hsa-miR-96
,
hsa-miR-182
y
HSA-mir-183
y se encuentra en el cromosoma 7. Estos tres son los miRNAs upregulated en carcinoma de próstata [18]. El patrón de co-expresión de los miRNAs de este grupo en los cánceres sugiere que podrían desempeñar papeles juntos. El
hsa-miR-200
familia de miRNAs (
hsa-miR-200a /b /c
,
hsa-miR-141
y
HSA-mir -429
) se sobreexpresa en el cáncer de vejiga. El
hsa-miR-200b~429
clúster se encuentra en el cromosoma 1 y el
hsa-miR-200c~141
clúster se encuentra en el cromosoma 12. La expresión conjunta de estos grupos sugiere que podría ser controlado por factores comunes y desempeñar papeles juntos.
hsa-miR-200b
,
hsa-miR-200a
y
hsa-miR-429
miRNAs están codificadas por un único transcrito policistrónico y negativamente regulados por ZEB1 y SIP1 [20]. TGFß 1 puede regular a la baja la
hsa-miR-200
familia que conduce a la regulación al alza de ZEB1 y ZEB2 [21]. El
hsa-miR-200
familia también se sobreexpresa en los cánceres de ovario y de cuello uterino [22] - [24], lo que sugiere esta familia miARN son oncogénicos en los cánceres seveval. El
hsa-miR-17-92
clúster se encuentra en el cromosoma 13 y actúa como oncogenes. E2F1 y E2F3 pueden activar directamente la transcripción de estos miRNAs [25]. El
hsa-miR-143~145
clúster se encuentra en el cromosoma 5 y downregulated en muchos tipos de cáncer, incluyendo el cáncer de vejiga y sus líneas de células [13], [26]. Nuestros resultados proporcionados más evidencia para apoyar que el
hsa-miR-143~145
clúster es supresor tumoral en el cáncer de vejiga.
En este estudio, Real-Time PCR cuantitativa se realizó para evaluar la los patrones de expresión de
hsa-miR-182
,
HSA-mir-183
,
hsa-miR-200a
,
HSA-mir-143
y
hsa-miR-195
en un total de pacientes con carcinoma urotelial de vejiga cincuenta y uno.
hsa-miR-182
,
HSA-mir-183
y
hsa-miR-200a
se sobreexpresa
HSA-mir-143 y
hsa-miR-195 se
underexpressed en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normal. Estos resultados confirman nuestro análisis de secuenciación profunda.
Se han comparado nuestros resultados con los datos publicados hasta la seacrch para las validaciones externas independientes.
hsa-miR-182
,
HSA-mir-183
y
hsa-miR-224 ¿Cuáles son regulados positivamente y
hsa-miR-1 |,
hsa-miR-101
,
HSA-mir-143
,
hsa-miR-145
,
hsa-miR-127
y
hsa-miR-29c ¿Cuáles son downregulated en carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normales [27]. Nuestros resultados de la secuenciación de profundidad fueron en gran medida consistentes con estos resultados. La regulación positiva de
HSA-mir-182
y
HSA-mir-183
y la regulación a la baja de
HSA-mir-143
fueron encontrados en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normal en nuestra evaluación en tiempo real qPCR. El perfil de los miRNAs en 106 cánceres de vejiga y 11 muestras normales utilizando microarrays ha puesto de manifiesto que un conjunto de miRNAs son upregulated o downregulated en los cánceres de vejiga [13]. De estos miRNAs desregulados,
hsa-miR-21
,
hsa-miR-20a
,
HSA-mir-184
,
hsa-miR-26a
,
hsa-miR-125 ter
,
hsa-miR-29a
,
hsa-miR-29c
y así en la cuota de los patrones de expresión similares con nuestros resultados.
HSA-miR-133a
,
hsa-miR-133b
y
hsa-miR-195 ¿Cuáles son downregulated en los cánceres de vejiga [28]. Estos miRNAs mostraron regulación a la baja en nuestro análisis de secuenciación y
hsa-miR-195
regulación a la baja se comfirmed por Real-Time PCR cuantitativa en este estudio.
Se utilizó emparejados adyacentes histológicamente urotelio normal de control en nuestro estudio . Se ha informado de que seleccionan muestras de urotelio histológicamente normal de pacientes con cáncer de vejiga tienen alteraciones genéticas [29]. Algunas aberraciones cromosómicas compartidos por tanto un tumor y un tejido en busca histológicamente normales adyacente al tumor pueden causar cambios similares de expresión de los genes miARN. Para compensar esta debilidad, comparamos nuestros resultados con varios informes publicados que urotelio de las normales como control [10], [13], [28]. Una gran colección de hallazgos fueron comparables entre ellos y nuestro. Nuestros resultados también fueron consistentes con aquellos papeles que utilizan urotelio histológicamente normal anexa adaptada como control relativas a una gran cantidad de miRNAs [26], [27]. La superposición de los resultados entre los datos publicados y los resultados se muestran en la Tabla 2.
A lo mejor de nuestro conocimiento, este es el primer nivel de perfiles genoma de miRNAs en el cáncer de vejiga humana por secuenciación profunda. Hemos encontrado que una colección de miRNAs desregulados se expresaron de manera aberrante en el carcinoma urotelial de vejiga en comparación con emparejados urotelio histológicamente normales, lo que sugiere que podrían desempeñar funciones como oncogenes o supresores tumorales en el desarrollo y /o progresión de este cáncer. Nuestros datos proporcionan nuevos conocimientos sobre la biología del cáncer. Se necesita más trabajo para determinar la posible función de miRNAs como biomarcadores de diagnóstico y dianas terapéuticas candidatos para el cáncer de vejiga.
Materiales y Métodos
Las muestras de pacientes
consentimiento informado por escrito obtuvo de todos los pacientes y el estudio fue aprobado por el Comité de Ética del hospital de la Universidad de Pekín Shenzhen. Cincuenta y un pacientes con carcinoma urotelial de la vejiga que recibieron cistectomía parcial o radical se incluyeron en el estudio. De estos pacientes, nueve fueron utilizados para el análisis de secuenciación profunda inicial de miRNAs y cuarenta y dos fueron utilizados para una evaluación adicional. El carcinoma urotelial de vejiga se diagnosticó histopatológicamente. El carcinoma de vejiga urotelial y emparejados urotelio histológicamente normales de cada sujeto se snap-congelado en nitrógeno líquido immmediately después de la resección. La información detallada de los pacientes de carcinoma urotelial de vejiga y nueve en el sistema de secuenciación profunda se resume en la Tabla S4.
La extracción de RNA
Cuando la proporción de células cancerosas en una sección de tejido fue mayor del 80%, el congeladas bloque se sometió a extracción de ARN. ARN total fue extraído de cincuenta y un pares de carcinoma urotelial de vejiga congelaron rápidamente e igualó urotelio histológicamente normales usando reactivo Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.) de acuerdo con el protocolo del fabricante. La integridad del ARN se evaluó por Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Palo Alto, CA, EE.UU.).
miARN secuenciación y análisis
Dieciocho pequeñas bibliotecas de ARN preparadas a partir de nueve pares de vejiga congelaron rápidamente carcinoma urotelial y emparejados urotelio histológicamente normales se construyeron, se amplifican y se secuencian. El ARN total se utiliza para miRNA secuenciación. Después 5'adapter y 3'adapter se ligaron a los pequeños RNAs, se llevó a cabo la transcripción inversa. A continuación, se realizó la PCR y los productos de PCR se purificaron. Por último, las bibliotecas de genes miARN se construyeron y se secuenciaron por la estación Cluster Illumina y Genoma Analizar (Illumina Inc, CA, EE.UU.) en el Instituto de Genómica de Beijing a Shenzhen de acuerdo con el protocolo del fabricante.
La baja calidad se lee y se eliminaron las secuencias adaptadoras se cortaron con precisión con la ayuda de un algoritmo de programación dinámica antes de un análisis adicional. Después de la eliminación de duplicados lee, lee el resto de al menos 18 nt fueron asignadas a un genoma de referencia humana (hg19) utilizando SOAP V2.0 [30]. Para identificar las etiquetas de secuencias procedentes de los exones de codificación, repeticiones, rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA y, UCSC RefGene, RepeatMasker, datos NCBI Refseq y las anotaciones NcRNA compilados a partir de los datos NCBI Genbank (http://www.ncbi.nih.gov ) fueron usados. Para identificar nuevos genes miARN, se identificaron todas las estructuras de ARN de tipo horquilla que abarcan etiquetas pequeñas de ARN utilizando MIREAP (http://sourceforge.net/projects/mireap).
confirmación en tiempo real qPCR y los métodos estadísticos
Tres sobreexpresado (
hsa-miR-182
,
HSA-mir-183
y
hsa-miR-200a) y dos miRNAs underexpressed (
HSA-mir-143
y
hsa-miR-195
) se evaluaron en todos los pacientes incluidos en este estudio. Se seleccionaron estos miRNAs, ya que fueron desregulados significativamente en el análisis profundo sequecing inicial. snRNA U6 se utilizó como control endógeno. Real-Time PCR cuantitativa se realizó mediante el miARN QRT-PCR Kit All-in-One ™ de Detección (GeneCopoiea Inc, Rockville, MD, EE.UU.). 10 g de RNA total se convirtió en cDNA de acuerdo con el protocolo del fabricante. La PCR se realizó en un volumen total de reacción de 20 l, incluyendo 10 l de qPCR mezcla 2xAll-in-One ™, 2 l de Adaptador universal de PCR Primer (2 M), 2 l de All-in-One ™ qPCR primer (2 m), 2 l de First-Strand cDNA (diluido en 1:05), 50xROX Referencia Dye 0,4 ly 3,6 l de agua doble destilada. Las reacciones se realizaron y analizaron utilizando el sistema ABI PRISM 7000 PCR cuantitativa fluorescente (Applied Biosystems, Foster City, CA, EE.UU.). Las reacciones de PCR se llevaron a cabo para el cáncer y de ADNc normales por triplicado para cada conjunto. Los parámetros de ciclación de PCR fueron las siguientes: (1) una etapa de desnaturalización inicial de 15 min a 95 ° C; (2) 40 ciclos, con 1 ciclo que consta de 15 s a 95ºC, 20 s a 55 ° C, y 30 s a 70 ° C. Los números de catálogo de All-in-One ™ miARN qPCR primers se enumeran en la Tabla S5. La mediana en cada triplicado se utilizó para calcular las concentraciones relativas de los genes miARN (Ct = Ct
medianmiRNA-Ct
mediansnRNAU6). cambios en la expresión de plegado se calcularon utilizando 2
-ΔΔCt métodos [31]. Se analizaron las diferencias de expresión de los genes miARN entre el cáncer y el control utilizando
t de Student
dentro de SPSS (versión 16.0 de SPSS Inc.). Un valor de p & lt; 0,05 fue considerado estadísticamente significativo
Apoyo a la Información sobre Table S1..
miRNAs fueron expresados diferencialmente entre carcinoma urotelial de vejiga y urotelio corresponden histológicamente normal.
doi: 10.1371 /journal.pone.0018286.s001 gratis (XLS)
Tabla S2.
Se detectaron las secuencias de nuevos candidatos miARN en el carcinoma urotelial de vejiga y urotelio corresponden histológicamente normal.
doi: 10.1371 /journal.pone.0018286.s002 gratis (XLS) sobre Table S3. Los valores de Ct-Delt
de Real-Time PCR cuantitativa en pacientes con carcinoma urotelial de vejiga cincuenta y uno.
doi: 10.1371 /journal.pone.0018286.s003 gratis (DOC) sobre Table S4.
La información del paciente en el conjunto de la secuenciación profunda.
doi: 10.1371 /journal.pone.0018286.s004 gratis (DOC) sobre Table S5. Catálogo de
Primer.
doi: 10.1371 /journal.pone.0018286.s005 gratis (DOC)
Reconocimientos
Agradecemos a todos los donantes que han participado en este programa, todos nuestros compañeros de trabajo que contribuyeron a la construcción del tejido urológica Banco en el hospital de la Universidad de Pekín Shenzhen y todos los que dedica al servicio de secuenciación profunda en el Instituto de Genómica de Beijing a Shenzhen.