Extracto
Antecedentes
Se necesita adecuada selección de pacientes para terapias dirigidas que son eficaces sólo en pacientes con alteraciones genéticas específicas. El objetivo fue definir subgrupos de pacientes con genes conductor candidato en pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
Métodos
Los pacientes con cáncer de pulmón primario que se sometieron a pruebas de genética clínica en el Hospital General de Guangdong se matricularon . genes conductor se detectaron mediante secuenciación, análisis de fusión de alta resolución, qPCR, o PCR múltiple y métodos RACE.
Resultados
524 pacientes fueron incluidos en este estudio, y las diferencias en alteraciones genéticas controlador entre los subgrupos se analizaron sobre la base de la histología y el hábito de fumar. En un subgrupo de los no fumadores con adenocarcinoma, EGFR fue el gen más frecuentemente alterado, con una tasa de mutación de 49,8%, seguido de EML4-ALK (9,3%), PTEN (9,1%), PIK3CA (5,2%), c- Met (4,8%), KRAS (4,5%), STK11 (2,7%), y BRAF (1,9%). Los tres genes alterados con más frecuencia en un subgrupo de los fumadores con adenocarcinoma eran EGFR (22,0%), STK11 (19,0%), y KRAS (12,0%). Sólo nos encontramos EGFR (8,0%), c-Met (2,8%), y PIK3CA (2,6%) alteraciones en el no fumador con carcinoma de células escamosas de subgrupos (SCC). PTEN (16,1%), STK11 (8,3%), y PIK3CA (7,2%) fueron los tres genes enriquecido con mayor frecuencia en los fumadores con SCC. DDR2 y FGFR2 sólo se presentan en los fumadores con SCC (4,4% y 2,2%, respectivamente). Entre estos cuatro subgrupos, las diferencias en el EGFR, las mutaciones KRAS, y PTEN fueron estadísticamente significativas.
Conclusión
Los rasgos distintivos de alteraciones genéticas conductor en diferentes subgrupos basados en la histología y la condición de fumadores eran útiles en la definición de los pacientes para futuros ensayos clínicos que se dirigen a estos genes. Este estudio también sugiere que podemos considerar los pacientes con alteraciones poco frecuentes de los genes del conductor como de las enfermedades raras o huérfanas que deben ser manejados con terapias dirigidas molecularmente especiales
Visto:. Un SJ, Chen ZH, Dom J, Zhang XC , Zhong WZ, Yang JJ, et al. (2012) La identificación de conductor enriquecido Gene Las alteraciones en los subgrupos de células no pequeñas cáncer de pulmón Los pacientes base de la histología y tabaquismo. PLoS ONE 7 (6): e40109. doi: 10.1371 /journal.pone.0040109
Editor: Usted Ming, Colegio Médico de Wisconsin, Estados Unidos de América
Recibido: December 11, 2011; Aceptado: 1 de junio de 2012; Publicado: 29 Junio 2012
Derechos de Autor © 2012 An et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este trabajo fue apoyado por becas de la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de china (Nos. 30772531, 81071699, 30871126, 81172090, 81001031 y 81101549), Fundación de Guangdong Departamento de Ciencia y Tecnología (2006B60101010 y 2007A032000002), y la Fundación de Investigación del cáncer china de pulmón. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer de pulmón es la principal causa de muerte por cáncer en hombres y mujeres en los Estados Unidos y en todo el mundo. A pesar de que varios agentes quimioterapéuticos fueron desarrollados a finales de los años 1980 y 1990, los tratamientos como la terapia de platino doblete parecen haber alcanzado una meseta terapéutica, con una tasa de respuesta objetiva del 30-40% y una mediana de supervivencia de aproximadamente 1 año para los pacientes en estadio IIIB o fase IV de la enfermedad [1]. Para mejorar aún más los resultados del tratamiento, las nuevas estrategias dirigidas a las anormalidades moleculares genómicas son objeto de investigación intensiva.
Varias alteraciones moleculares se sabe que se producen en los genes que codifican las proteínas esenciales para la proliferación celular y la supervivencia de señalización. Estos genes se han definido como "genes del controlador". En el adenocarcinoma de pulmón, tales genes de controlador incluyen el receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR), KRAS, BRAF, PIK3CA, y EML4-ALK. Las mutaciones en estos genes son responsables tanto para la iniciación y el mantenimiento de malignidad [2], [3]. Otros genes controladores se han definido más recientemente, incluyendo STL11 (también conocido como LKB1), PTEN, DDR2, y FGFR2 [4] - [8]. Mediante la comprensión de las funciones de estos genes conductor, puede ser posible desarrollar terapias específicas para tumores malignos con mutaciones del gen controlador conocidos
.
inhibidores de tirosina quinasa (TKI) dirigidos a EGFR, incluyendo gefitinib y erlotinib, se han convertido en el estándar de primera línea de tratamiento para los pacientes con cáncer no microcítico de pulmón avanzado de células (CPNM) que albergan mutaciones activadoras del EGFR [9], [10]. Sin embargo, casi todos los pacientes finalmente desarrollan resistencia a los ITC del EGFR. Una serie de mecanismos de resistencia, incluyendo la mutación KRAS, EGFR mutación T790M exón 20, y la amplificación del gen MET, han sido reportados. Por lo tanto, se necesita un perfil molecular amplio para comprender tanto la sensibilidad y resistencia a la terapia dirigida molecular de cáncer de pulmón [11].
Dada la importancia de la selección de biomarcadores a las terapias dirigidas cáncer, nuestro grupo inició el Hospital General Guangdong Proyecto del cáncer de pulmón mutación (GGHLCMP). El objetivo de este proyecto es explorar el impacto del consumo de tabaco y el tipo histológico sobre la incidencia de las mutaciones del gen del conductor y para definir subgrupos de pacientes en los que se enriquecen alteraciones genéticas maquinista que la solicita. Aquí nos informe sobre un espectro de genes conductor, incluyendo EGFR, KRAS, c-Met, PIK3CA, BRAF, STK11, PTEN, gen de fusión EML4-ALK, DDR2, y FGFR2 en una población de pacientes chinos con cáncer de pulmón primario.
Métodos
Declaración de Ética y selección de pacientes
Un total de 1800 pacientes fueron remitidos al hospital general de la provincia de Guangdong (GGH) para estudios genómicos entre enero de 2007 y diciembre de 2009 (Figura 1). Los criterios de elegibilidad incluyeron los siguientes: diagnóstico histológico del cáncer de pulmón primario; disponibilidad de datos demográficos, como la edad, el sexo, el tabaquismo, la histología y el estadio de la enfermedad; la disponibilidad de los datos de supervivencia; disponibilidad de muestras de tumor para el análisis genómico; y la prestación de consentimiento informado. diagnóstico de cáncer de pulmón fue confirmado por un patólogo independiente. Los datos clínicos se obtuvieron de las historias clínicas de los pacientes en el hospital. Los no fumadores se definieron como pacientes que habían fumado & lt; 100 cigarrillos en su vida; los fumadores incluidos los fumadores actuales y anteriores. Se excluyeron los pacientes con otros tumores malignos o benignos tumores de pulmón. El estudio fue aprobado por el comité de ética del Hospital General de la provincia de Guangdong. Todos los pacientes dieron su consentimiento informado por escrito.
Gene Alteraciones Detección
Los tejidos tumorales biopsias se congelaron en nitrógeno líquido y se almacenan a -70 ° C hasta su análisis. Se evaluaron los tejidos antes de la detección genética utilizando tinción HE. Las muestras con células tumorales ≥50% se inscribieron en este estudio. 357 muestras se obtuvieron a partir de muestras de tumor resecado y 167 muestras fueron a partir de biopsias de núcleo. ADN y ARN fueron extraídos por el Aqua-SPIN Aislamiento ADNg de tejidos /células Mini Kit (Biowatson, Shanghai, China) y RNeasy Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA), respectivamente. La integridad y la cantidad de ARN y ADN se evaluaron mediante electroforesis en gel y análisis de Thermo Manodrap 1000 (Thermo, MA, EE.UU.). cDNA fue sintetizado utilizando un ABI alta capacidad de cDNA transcripción reversa kit con RNasa Inhibidor (ABI, CA, EE.UU.). Las mutaciones en EGFR y KRAS se detectaron mediante la secuenciación basada en la PCR [12]. mutaciones PIK3CA y BRAF se detectaron por análisis de fusión del ADN de alta resolución [13]. mutaciones EML4-ALK se analizaron por PCR múltiple y RACE en ADNc [14]. la amplificación de c-Met se determinó por qPCR en el ADN [15]. PTEN (ADNc), STK11 (ADNc), DDR2, y FGFR2 (ADN) se detectaron mutaciones por secuenciación basada en la PCR (Tabla S1). Todos los procedimientos de prueba fueron descritas anteriormente en las referencias.
Análisis estadístico
Las alteraciones entre los diferentes subgrupos estratificados por histología y ser fumador fueron analizados por Chi-cuadrado y la prueba exacta de Fisher cuando sea apropiado. El análisis de supervivencia se realizó mediante el análisis de Kaplan-Meier con un test de log-rank. Un análisis multivariante se realizaron utilizando el modelo de riesgos proporcionales de Cox (Forward: Wald, p = 0,05, entrada; P = 0,10, Remoción). Todos los valores de p fueron de dos caras, y P & lt;. 0.05 se supone que es significativa
Resultados
Características de los pacientes
Un total de 524 pacientes elegibles fueron matriculados; las características de los pacientes se resumen en la Tabla 1. La proporción hombre-mujer era 2.2:1. La edad media de los pacientes fue de 59,3 años de edad, que van desde 23 a 88 años de edad. Un total de 292 pacientes fueron los no fumadores (55,7%) Hubo más pacientes con adenocarcinoma (67,6%) que el carcinoma de células escamosas (27,5%). etapa temprana el cáncer de pulmón resecable representó el 41% de la población estudiada. datos de los resultados de supervivencia se cortaron el 1 de agosto de 2011, y un total de 138 episodios de muerte se produjeron.
Incidencia de genes conductor
Las mutaciones en los exones 18-21 para EGFR, exones 9 y 20 para PIK3CA, los exones 11 y 15 para BRAF, los exones 1-9 para de PTEN, los codones 12, 13, 59, y 60 para KRAS, los exones 6, 9,14, 16 y 18 para DDR2, los exones 6, se detectaron los 7 y 14 para FGFR2, los exones 1-5 de STK11, y variaciones de fusión EML4-ALK (gráficos representativos se indican en las figuras S1, S2, S3, S4 y S5). El punto de corte para amplificaciones de alto nivel c-Met se define como la media + 5SD del grupo de control como se describe anteriormente [15].
Debido a que más de 23 pruebas se realizaron para los genes en este estudio , algunos especímenes no estaban disponibles en cantidades suficientes para todas las pruebas a realizar. Los detalles de cada gen en cada subgrupo se pueden encontrar en la tabla de la frecuencia de las alteraciones de genes conductor. Las tarifas de alteración de los genes en los subgrupos se calcularon como muestras positivas /detectados. La tasa de mutación de EGFR en CPNM fue de 28.4% (147/517), PTEN fue del 9,5% (21/220), STK11 fue del 7,9% (8/101), EML4-ALK fue del 6,3% (15/239), fue KRAS 5,4% (27/498), c-Met fue del 4,5% (20/448), PIK3CA fue del 4,4% (20/452), BRAF fue del 1,5% (7/452), DDR2 fue de 1,2% (2/166), y FGFR2 era 0,6% (1/165), respectivamente. Las características de mutación de estos genes se muestran en la tabla 2. Hemos encontrado 5 pacientes con EGFR concurrente exón 21 y el exón 20 L858R mutación, y 3 pacientes con EGFR concurrente exón 21 y el exón 19 L858R eliminación (Figura 2).
el exón 20 + 21, las mutaciones del exón 20 y el exón 21 al mismo tiempo que se presenta en los mismos pacientes; Exon19 + 21, las mutaciones del exón 19 y el exón 21 al mismo tiempo que presenta en los mismos pacientes.
Se encontró que un número de pacientes que tienen múltiples alteraciones genéticas controlador (Tabla 3). Un total de 23 pacientes con mutaciones de EGFR tenía amplificaciones c-MET o mutaciones de STK11, PIK3CA, PTEN o BRAF. De particular interés, un paciente con la fusión de EML4-ALK tenían una mutación de EGFR activación, y otro paciente tenía una mutación PTEN. Otras mutaciones comunes duales se produjeron en pacientes con KRAS BRAF y, o BRAF y mutaciones PIK3CA. Sólo un paciente tenía una triple mutación del EGFR, PIK3CA, y BRAF. EGFR y KRAS, PTEN y KRAS, PIK3CA y PTEN son mutuamente excluyentes en este estudio.
Estado del tabaquismo se asocia con alteraciones génicas conductor
Se analizaron las relaciones entre los genes del conductor y el consumo de tabaco (Tabla 4). las tasas de mutación de EGFR fueron significativamente mayores en los no fumadores que los fumadores [40,9% (119/291) vs. 12,4% (28/226),
X
2
= 50.791,
P
& lt; 0,0005, prueba de ji cuadrado, 2 caras]. las tasas de mutación KRAS fueron significativamente inferiores en los no fumadores que los fumadores [3,6% (10/279) vs. 7,8% (17/219),
X
2
= 4.177,
P
= 0,041]. STK11 mutaciones de PTEN y en los no fumadores eran más bajos que en los fumadores, pero la diferencia fue de significación marginal [2,1% (1/48) y 6,3% (7/112) vs. 13,2% (7/53) y 13.0% ( 14/108),
X
2
= 4,274 y 2,87,
P = 0,062
y 0,09, respectivamente]. No se encontraron mutaciones DDR2 y FGFR2 estar presente sólo en los fumadores, pero no se encontraron diferencias significativas. No se encontraron c-Met, PIK3CA, BRAF, y ALK mutaciones que estar relacionado con el consumo de tabaco.
Diferentes tipos histológicos están asociados con diferentes genes conductor
Se analizaron las diferencias de controlador mutaciones de genes entre los diferentes subtipos histológicos (Tabla 4). Las tasas de mutación de EGFR en adenocarcinoma (AC), carcinoma de células escamosas (SCC), y carcinoma de células grandes (LCC) fueron 40,3% (140/347), 4,4% (6/144), y 3,8% (1/26) , respectivamente (
X
2
= 73.595,
P Hotel & lt; 0,0005, prueba de Chi-cuadrado, 2 caras). las tasas de mutación KRAS en AC, SCC, y LCC fueron del 7,1% (24/340), 1,5% (2/132), y el 3,8% (1/26), respectivamente (
X
2 =
6.124,
P = 0,039
, la prueba exacta de Fisher,). las tasas de mutación de PTEN en AC, SCC, y LCC fueron del 7,0% (8/115), 10,6% (10/94), y el 27,3% (3/11), respectivamente (
X
2 =
4.642,
P = 0,084
, la prueba exacta de Fisher). mutaciones BRAF se encuentran sólo en la CA; DDR2 y FGFR2 mutaciones sólo se presentan en SCC, pero no se encontraron diferencias significativas. Las diferencias de c-Met amplificaciones de alto nivel, mutaciones PIK3CA y STK11, y fusiones EML4-ALK en pacientes con diferentes tipos histológicos no alcanzaron significación estadística. Solapamientos de estas alteraciones se presentan principalmente en pacientes con AC, y sólo 2 pacientes con SCC y 2 pacientes con LCC.
Distintas enfermedades clasificadas por los genes de controladores basados en la histología combinado con el consumo de tabaco.
Los análisis realizado mayor estratificación basado en tipos histológicos (CA y SCC) y el hábito de fumar juntos. Los pacientes se clasificaron en cuatro subgrupos (Figura 3, Tabla 4). En el subgrupo no fumador AC, EGFR fue el gen más frecuentemente alterado (49,8%, 114/229), seguido de fusión EML4-ALK (9,3%, 8/86), entonces la mutación PTEN (9,1%, 7/77) , PIK3CA mutación (5,2%, 11/210), la amplificación de c-Met (4,8%, 10/207), la mutación KRAS (4,5%, 10/223), la mutación STK11 (2,7%, 1/37), la mutación BRAF ( 1,9%, 4/210), DDR2 mutación (0%, 0/71), y la mutación FGFR2 (0%, 0/70). En el subgrupo fumador AC, el gen más enriquecido era también mutación EGFR (22,0%, 26/118), seguido por mutación STK11 (19,0%, 4/21), entonces la mutación KRAS (12,0%, 14/117), EML4- fusión ALK (4,5%, 2/44), la amplificación de c-Met (4,0%, 4/101), la mutación BRAF (3,1%, 3/97), PTEN mutación (2,6%, 1/38), y PIK3CA (2.1 %, 2/97). Sólo nos encontramos EGFR (8,0%, 4/50), c-Met (2,8%, 1/36), y PIK3CA (2,6%, 1/38) alteraciones en el no fumador con subgrupo SCC. En el fumador con el grupo SCC, los genes enriquecido con mayor frecuencia fueron mutaciones PTEN (16,1%, 10/62), seguido por mutación STK11 (8,3%, 2/24), entonces la mutación PIK3CA (7,2%, 6/83), EML4 Alq de fusión (6,5%, 4/62), la amplificación de c-Met (6,3%, 5/80), DDR2 mutación (4,4%, 2/45), la mutación KRAS (2,3%, 2/88), FRFR2 mutación ( 2,2%, 1/45), la mutación de EGFR (2,1%, 2/94), y BRAF (0%, 0/94). Entre estos cuatro subgrupos, las diferencias en el EGFR, KRAS, y las mutaciones de PTEN fueron estadísticamente significativas (X
2 = 92.991, 11.951, 8.628. P = 0,0005, 0,005, y 0,023, respectivamente, prueba de chi-cuadrado o la prueba exacta de Fisher cuando sea apropiado). mutaciones DDR2 y FGFR2 sólo se presentan en el subgrupo fumador SCC. La tasa de variación desconocida de los pacientes en el SCC subgrupo no fumador fue de aproximadamente 86,6, que era la más alta de estos cuatro subgrupos. El análisis de supervivencia basada en los cuatro subgrupos no reveló diferencias entre los subgrupos (Figura 3)
.
(a), el análisis de subgrupos, la supervivencia (b) Las tasas de variaciones genéticas controlador de subgrupos. NS con el AC: Los pacientes con adenocarcinoma en los no fumadores, S con AC: pacientes con adenocarcinoma en los fumadores, NS con SCC: pacientes con carcinoma de células escamosas en los no fumadores, S con SCC:. Pacientes con carcinoma de células escamosas en los fumadores
análisis de supervivencia de pacientes con diferentes genes Características del controlador
sobre la base de las mutaciones de EGFR, que clasifica a los pacientes en dos subgrupos para el análisis de supervivencia; Mutación de EGFR grupo positivo y negativo. No se encontraron diferencias en el tiempo de supervivencia entre los dos subgrupos para la mutación del EGFR total detectado población de pacientes (
X
2
= 0,957,
P = 0,328
. Figura 4). El análisis multivariable de regresión de Cox incluyendo la mutación de EGFR, estadio, histología, el sexo, el tabaquismo y la edad indicó que sólo la etapa fue el factor pronóstico independiente de los pacientes (
X
2
= 16.607,
P Hotel & lt; 0,0005, Adelante: Wald;
P = 0,05
, entrada;
P = 0,10
, Remoción). Se realizó un análisis más detallado de estratificación basado en los estadios clínicos de los pacientes. Para la etapa 1, los pacientes, los pacientes con mutación de EGFR positivo tuvieron tiempo de supervivencia que los pacientes con EGFR negativo (
X
2
= 3,947,
P = 0,047
, Figura 4).
(a), el análisis de supervivencia de todos los de la EGFR detectado pacientes; (B), el análisis de la supervivencia de la etapa I de pacientes. NR:. No alcanzado
Discusión
Para nuestro conocimiento, este es el primer estudio que investiga un perfil entero de ambos el más conocido, así como nuevos genes conductor, como PTEN , DDR2, y FGFR2, en pacientes con CPNM, teniendo en cuenta los distintos tipos histológicos y el hábito de fumar en pacientes con cáncer de pulmón chinos. Diferentes estudios sobre los genes controladores pueden obtener diferentes resultados debido a la etnia o la información clínica de los pacientes [16] - [22]. El tamaño de la muestra y el complejo composición de nuestra población de pacientes nos permitió comparar las diferencias entre los subgrupos de pacientes. La mayoría de los estudios publicados anteriormente que investigan los genes conductor sólo se han centrado en un subgrupo específico de pacientes con CA o los no fumadores [3], [15], [21]. El cáncer de pulmón Mutación Consorcio patrocinado por el NCI también está interesado en los pacientes con adenocarcinoma [23]. La gestión de NSCLC se está moviendo actualmente a partir de un nivel de atención basada en el escenario y el estado funcional de las terapias más individualizadas basadas en datos clínicos, histológicos y moleculares [24]. En consecuencia, nuestro estudio proporciona la primera imagen clara de cómo los genes de controlador en una población NSCLC pueden variar en función de la histología del tumor y el consumo de tabaco y se encuentra subgrupos de pacientes en los que las alteraciones en estos genes candidatos más se enriquecieron; Por lo tanto, estos genes pueden ser objeto de terapias individualizadas. Además, se analizó el impacto de las alteraciones genéticas conductor en la supervivencia global de los pacientes.
Las características específicas de los genes controladores asociados a cada subgrupo sugieren que estos subgrupos pueden de hecho ser diferentes enfermedades que, en el futuro, requerir diferentes terapias dirigidas. Características epidemiológicas, moleculares y clínicos-patológicos han demostrado que el NSCLC en los fumadores nunca es una entidad distinta [25]. Nuestro análisis de subgrupos de NSCLC base de la histología y ser fumador mostró que la histología y el hábito de fumar podrían influir significativamente las alteraciones de los genes del conductor, especialmente para EGFR, KRAS, STK11 y PTEN. mutaciones de EGFR fueron enriquecidos en pacientes no fumadores con aire acondicionado, KRAS en los fumadores con aire acondicionado, y STK11 y PTEN en los fumadores. A pesar de un subtipo de pacientes no fumadores con aire acondicionado ha sido intensamente investigado debido a su sensibilidad a EGFR-TKI, subtipos de pacientes fumadores con aire acondicionado rara vez se estudiaron. Nuestro estudio reveló que las mutaciones de KRAS y BRAF en pacientes fumadores AC fueron las más altas entre estos subtipos. Este estudio también indica que los pacientes no fumadores con RCS presentaron los más altos alteraciones desconocidas entre los cuatro subgrupos. No hay alteraciones del gen KRAS, BRAF, PTEN, ALK, DDR2, y FGFR2 se encontraron en pacientes no fumadores con subgrupo SCC. Las tasas de alteración de EGFR, c-Met, y PIK3CA fueron ligeramente más bajos entre estos subtipos. Esto demuestra que los pacientes no fumadores con SCC pueden tener diferentes mecanismos patogénicos que a partir conocidas alteraciones genéticas conductor. Este estudio también reveló que un subtipo de los fumadores con SCC tenía características especiales como DDR2 y FGFR2 sólo se presentan en este subgrupo. Con la excepción de BRAF, que sólo presenta en AC, todos los otros genes se pueden encontrar en un subtipo de los fumadores con SCC. mutaciones PIK3CA y las tasas de amplificación de c-Met en los fumadores con subtipo SCC fueron los más altos entre este subtipo. Aunque nuestro tamaño de la muestra LCC era pequeña, se encontró que la tasa de mutación PTEN (27,3%) en LCC fue la más alta entre todos los subtipos. Nuevas datos revela que la histología del tumor puede estar relacionado con los beneficios de las quimioterapias específicas o regímenes de terapia dirigida [24]. Este tipo de relaciones también pueden estar asociados en parte con diferencias de genes conductor. La composición de estos genes en diferentes subtipos, por tanto, puede ser útil para definir variaciones específicas de los genes de controlador que podrían refinar considerablemente tratamiento de NSCLC [26].
Nuestros resultados indican que todos los otros genes están alterados con poca frecuencia (& lt ; 10%) en pacientes con CPNM china, excepto las mutaciones de EGFR (28,4%). mutaciones del conductor se producen en genes que codifican proteínas que son críticos para la proliferación celular y la supervivencia de señalización [1]. Junto con nuestros hallazgos, esto implica que un nuevo método de clasificación para los pacientes con CPNM puede ser propuesto basado en los biomarcadores moleculares. Los pacientes con alteraciones poco frecuentes de los genes conductor podría considerarse que tienen enfermedades raras o huérfanas y se deben considerar diferentes, desde un punto de vista de la investigación y la terapia individualizada y en el futuro. Un análisis de subgrupos de estos genes controladores en nuestro estudio fue muy útil para la definición de los pacientes con diferentes alteraciones genéticas controlador para obtener ensayos clínicos.
La alteración de algunos genes conductor tiene una pequeña diferencia de los estudios publicados, que puede debido a la diferente población estudiada [20], [21]. El estudio informó que se observaron mutaciones en EGFR y KRAS en 7 (7%) y 36 (38%) pacientes, respectivamente [22]. Otros informaron de que las mutaciones KRAS se detectaron en 75 de 395 (19%) y 40 de 233 (17%) pacientes con NSCLC, respectivamente [16], [17]. Curiosamente, aunque la tasa de mutación KRAS es diferente, pero la preferencia de los pacientes es la misma, es decir mutación parece ser más frecuente en los fumadores y AC, actuales o ex fumadores tenían una mayor frecuencia de mutaciones de KRAS que nunca han fumado [18], [19].
Overlap mutaciones de genes conductor revelaron la complejidad de la terapia individualizada en el cáncer de pulmón en el futuro. EGFR y KRAS eran los dos genes más importantes estudiados por muchos investigadores. Nuestro estudio encontró mutación de EGFR podría solaparse con los otros genes detectados excepto KRAS, DDR2 y FGFR2. RAS y varios de sus efectores aguas abajo, incluyendo BRAF, ya que se ha demostrado que ser comúnmente mutado en amplia gama de cánceres humanos y estudios biológicos han confirmado que la activación de la vía RAS promueve la iniciación del tumor, progresión y diseminación metastásica en muchos contextos [28]. Aunque en nuestro estudio la tasa de mutación BRAF en el CPNM es poco frecuente 1,5% (7/452), 2 de los 7 pacientes albergaban EGFR concurrente y mutaciones de BRAF. Esto es diferente de la informado de que las mutaciones de BRAF son mutuamente excluyentes para EGFR y KRAS mutaciones [29], [30]. ALK se encontró en 1 paciente con CA a ser concurrentes presentado con mutación de EGFR. Eso es diferente a la anterior informó resultados que las fusiones EML4-ALK eran mutuamente excluyentes con mutaciones en el gen EGFR [31], [32]. Creemos que cada vez más las superposiciones de los genes controladores serán reportados en el futuro, por lo que la práctica clínica no sólo tendrá que considerar la mutación sensible, pero también tenemos que considerar la mutación de resistencia en los mismos pacientes para la misma terapia de destino o combinado terapia.
Overlap mutaciones de genes conductor reveló la complejidad de la terapia individualizada en el cáncer de pulmón en el futuro. EGFR y KRAS eran los dos genes más importantes estudiados por muchos investigadores. Nuestro estudio encontró mutación de EGFR podría solaparse con los otros genes detectados excepto KRAS, DDR2 y FGFR2. RAS y varios de sus efectores aguas abajo, incluyendo BRAF, ya que se ha demostrado que ser comúnmente mutado en amplia gama de cánceres humanos y estudios biológicos han confirmado que la activación de la vía RAS promueve la iniciación del tumor, progresión y diseminación metastásica en muchos contextos [27]. Aunque en nuestro estudio la tasa de mutación BRAF en el CPNM es poco frecuente 1,5% (7/452), 2 de los 7 pacientes albergaban EGFR concurrente y mutaciones de BRAF. Esto es diferente de la informado de que las mutaciones de BRAF son mutuamente excluyentes para EGFR y KRAS mutaciones [28], [29]. ALK se encontró en 1 paciente con CA a ser concurrentes presentado con mutación de EGFR. Eso es diferente a la anterior informó resultados que las fusiones EML4-ALK eran mutuamente excluyentes con mutaciones en el gen EGFR [30], [31]. Creemos que cada vez más las superposiciones de los genes controladores serán reportados en el futuro, por lo que la práctica clínica no sólo tendrá que considerar la mutación sensible, pero también tenemos que considerar la mutación de resistencia en los mismos pacientes para la misma terapia de destino o combinado la terapia.
Se analizó la importancia pronóstica de estos subgrupos y alteraciones genéticas conductor. No se encontró ninguna diferencia en la supervivencia global entre estos subgrupos sobre la base de la histología y ser fumador. Nuestro estudio y otro estudio indicaron que la mutación del EGFR en pacientes en estadio I puede ser un biomarcador pronóstico favorable [32]. Por lo tanto, estos genes controladores pueden ser utilizados como biomarcadores predictivos si los compuestos especiales se dirigen a estos genes se encuentran.
Nuestros resultados pueden ser ligeramente sesgada debido a la tasa de variación muy baja de la mayoría de los genes examinados, el tamaño pequeño de la muestra de algunos subgrupos, los métodos de detección diferentes, los diferentes tamaños de muestra de diferentes genes, y el análisis repetido de las mismas muestras para diferentes genes. Como todas las muestras de pacientes son realmente precioso, un método de alto rendimiento para la detección de alteraciones genéticas controlador necesita ser establecido tan pronto como sea posible.
En resumen, nuestro estudio demuestra que los subtipos de NSCLC definidos por la histología y ser fumador aparecen como entidades patológicas distintas con alteraciones genéticas específicas y controlador podría considerarse diferentes enfermedades. Los pacientes con alteraciones poco frecuentes de los genes conductor a entender que se trata de enfermedades raras o huérfanas que deben ser tratadas desde un punto de vista diferente en el futuro. Características de los subgrupos caracterizados pueden ayudar a seleccionar a los pacientes con alteraciones del gen controlador específico para futuros ensayos clínicos y estudios de terapia individualizada.
Apoyo a la Información
Figura S1.
gráficos de mutación BRAF y representativos de PIK3CA.
doi: 10.1371 /journal.pone.0040109.s001 gratis (TIF)
figura S2.
gráficos representativos de mutación de EGFR.
doi: 10.1371 /journal.pone.0040109.s002 gratis (TIF)
Figura S3.
gráficos de mutación KRAS y representativos de FGFR2.
doi: 10.1371 /journal.pone.0040109.s003 gratis (TIF)
figura S4.
gráficos representativos de mutación DDR2.
doi: 10.1371 /journal.pone.0040109.s004 gratis (TIF)
Figura S5.
gráficos representativos de mutación STK11 y PTEN.
doi: 10.1371 /journal.pone.0040109.s005 gratis (TIF)
Tabla S1.
secuencia de cebador utilizado en el estudio
doi:. 10.1371 /journal.pone.0040109.s006 gratis (DOC)
Reconocimientos
Queremos agradecer a los Dres. Hong-Yan Tang, Hong-Sui Wu, Wei-Bang, Guo y Shi-Liang Chen por su ayuda en la recogida de muestras de ADN y ARN y extracción.