Extracto
Antecedentes
La preservación de los microRNAs en el tejido fijado en formol e incluido en parafina (FFPE) los hace particularmente útil para los estudios de biomarcadores. La utilidad de la pequeña secuencia de ARN para la expresión de microARN de perfiles de muestras FFPE aún no se ha determinado.
Métodos
ARN total fue extraído de muestras FFPE con parafina-DE y tratados con proteinasa K (15- 20 años) de 8 tumores de adenocarcinoma de pulmón humano por cromatografía de afinidad en columnas de sílice. Los microARN en las preparaciones de ARN se cuantificaron por la plataforma de secuenciación de Illumina HiSeq 2000 con las bibliotecas de secuenciación preparados con el Kit de Preparación de la muestra TruSeq Small RNA (versión 2.0) para obtener lecturas no pareada de 50 b para fragmentos de ARN pequeños. Los microARN también se cuantificaron utilizando Agilent miARN humana (liberación 16,0) micromatrices que pueden detectar 1.205 microRNAs maduros y por transcripción inversa cuantitativa (RT) -PCR ensayos.
Resultados
Entre 9.1-16.9 millones de lecturas se obtuvieron mediante la secuenciación de pequeños ARN de muestras de ARN extraídos. De éstos, sólo 0,6 a 2,3% (media = 1,5%) representado microARN. El método de secuenciación detectó 454-625 microRNAs /muestra (media = 550) en comparación con 200-349 (media = 286) microRNAs detectada por microarrays. En los análisis de correlación de Spearman, el coeficiente de correlación promedio para los 126 microRNAs detectados en todas las muestras de ambos métodos fue de 0,37, y & gt; 0,5 durante 63 microRNAs. En los análisis de correlación de la sequencing- y mediciones basadas en RT-PCR, los coeficientes fueron 0,19 hasta 0,95 (media = 0,73) y & gt; 0,7, respectivamente, para 7 de 9 examinado microRNAs. El coeficiente medio de Spearman entre la replicación de correlación para el método de secuenciación era 0,81.
Conclusiones
Small secuenciación de ARN puede ser usado para obtener perfiles de microARN de muestras de tejido FFPE con características de rendimiento similares a las de microarrays , a pesar de la fragmentación de ribosomal y mensajero ARN que reduce la capacidad informativa del método. La exactitud del método concebible puede ser mejorada mediante el aumento de la profundidad de secuenciación y /o ozono FFPE ARN de tejido de fragmentos de ARN ribosomal
Visto:. Buitrago DH, Patnaik SK, Kadota K, Kannisto E, Jones DR, Adusumilli PS (2015) de RNA Secuenciación de perfiles de microARN en el largo plazo en conserva fijado en formol e incluidas en parafina de células no pequeñas tumorales del cáncer de pulmón. PLoS ONE 10 (3): e0121521. doi: 10.1371 /journal.pone.0121521
Editor Académico: Soheil S. Dadras, Universidad de Connecticut Health Center, Estados Unidos